作為代校長，值此全校同樂、皆大歡喜之時，不得不給學生潑冷水，實在是校長臉上無光之事。蔣夢麟處境之困窘，可想而知。

1923年北大開學典禮，蔣夢麟講話說：“學校在這種政治和經(jīng)濟的關(guān)系之下，竟能如期開學，是同人精神奮斗的結(jié)果。至于物質(zhì)方面，可說已到了山窮水盡的地步……政府里積欠了我們8個月的經(jīng)費，計有50余萬，此外學校里還墊出了17萬余。兩項共計70余萬，差不多一年的經(jīng)費沒有了，所以去年開學時我們說過要建筑大會堂和圖書館的計劃都成了泡影。同人數(shù)月來終日奔走經(jīng)費的事，忙得不得了，幾乎天天在街上跑。”因為經(jīng)費有限，招生人數(shù)大大削減，1923年報考北大的近3000人，最后只招了160余人。外界對北大也有各種責難。有人竟謠傳要放火點了北大第一院，為防備起見，蔣夢麟決定把行政各機關(guān)移到易于防范的第二院去。

1923年11月蔣夢麟給胡適寫信說：“我現(xiàn)在忙得‘不亦樂乎’，有幾分厭倦。教育部無人負責，他校大都不死不活。京師教育事務，我首當其沖，簡直是大學校長而兼教育總長。我現(xiàn)在買了一架汽車，天天在街上跑，真是和gasoline（汽車）有仇。”

萬般無奈情況下，蔣夢麟也沒有當逃兵，而是想方設法維持，“至少也要維持北大的生命，決不讓它中斷。”

其實這一決心在蔣夢麟1919初入北大時就已下定了的。他在給友人的信中說：“我21日（按：指1919年7月21日）到北京以來，吃了不少的苦，好像以一個人投在蛛網(wǎng)里面，動一動就有蛛子從那屋角里跳出來咬你。唉！若無破釜沉舟的決心，早被嚇退了。人人說市中有虎，我說我任虎吞了我就罷了；沒有吞我以前，我不妨做些人應該做的事?！焙髞硭o胡適的信中也發(fā)出類似的感嘆，“蔡先生致評議會函，又屬我代理校長。半年的欠款，六百的饑餓的教職員，三千惹禍的學生，交到我手里，叫我怎么辦！我昨晚一夜睡不著覺……到了這時候，我已失去自由，只好被人宰割罷了?！?

蔣夢麟之所以能獻身北大，其中原因很多，如他是搞教育出身的、北大諸多朋友的關(guān)系、蔡元培的厚愛等，而更為關(guān)鍵的恐怕是北大校風傳統(tǒng)與他的教育思想契合。他熱愛北大，熱愛北大的青年，愿意為他們奮斗，同時實現(xiàn)他教育救國的理想。初到北大，他對朋友說：“（北大）教職員方面，精神一致，都天天興高采烈地做事……學生方面更不必說了，這班青年，個個是很可愛的。并不是說空話，我實在愛他們。他們對我說，此后他們要一心盡瘁學術(shù)，定要把這個北大變成中國文化最高中心；這般青年的眼光，是很遠的。我有一句話，要給在上海的諸位先生講，北大學生是全體一個精神的，并沒有分迎甲迎乙的派別。”熱愛北大學子之心，溢于言表。正因為愛北大之深，發(fā)展北大之切，所以要和干涉、破壞教育的北洋政府斗爭。在罷免彭允彝、五卅學潮、三？一八慘案中，蔣夢麟均代表北大出面周旋應對，最后上了北洋政府的黑名單，不得不躲藏出逃。