朱家驊由大陸流亡臺(tái)灣，由于派系傾軋，加之與大權(quán)在握、日見(jiàn)走紅的臺(tái)灣省主席陳誠(chéng)不和，朱氏漸漸失去了蔣的信任，原來(lái)?yè)?dān)負(fù)的行政院副院長(zhǎng)等要職被革掉，只保留了“中央研究院”代院長(zhǎng)一職。而此時(shí)所謂的“中央研究院”只有史語(yǔ)所與數(shù)學(xué)所一部分遷到臺(tái)灣，基本屬于一個(gè)有名無(wú)實(shí)的空架子，如同一只被拔掉毛的老母雞，徒有其形——且是一個(gè)不怎么光鮮明亮的外形而已。1954年前后，位于南港的“中央研究院”院址具初步規(guī)劃時(shí)，朱家驊有擴(kuò)院建所的打算，并于史語(yǔ)所以外尋找其他人文研究所成立的可能，最先被考慮的是近代史研究所與民族學(xué)研究所兩機(jī)構(gòu)的組建。之所以如此考慮，一方面，鑒于國(guó)民黨政權(quán)遷臺(tái)不久，對(duì)民國(guó)成立以來(lái)的種種盤(pán)根錯(cuò)節(jié)、迷亂紛呈的歷史轉(zhuǎn)變因素的認(rèn)識(shí)和理清，頗有緊迫感和反思指導(dǎo)意義；另一方面，國(guó)民黨政權(quán)既以臺(tái)灣為盤(pán)據(jù)點(diǎn)，就不能做水中浮萍和無(wú)根之花，必須對(duì)臺(tái)灣本地的種種現(xiàn)象有所探究，否則，很容易在不經(jīng)意間于政治等各方面栽根頭、吃大虧，甚至被當(dāng)?shù)嘏_(tái)獨(dú)勢(shì)力擠垮，失掉政權(quán)，難以立足。因了這兩項(xiàng)重要原因和緊迫的現(xiàn)實(shí)問(wèn)題，1955年，兩個(gè)研究所的籌備計(jì)劃順利得到當(dāng)局批準(zhǔn)并得以開(kāi)辦。

當(dāng)兩個(gè)新辦的研究所如同新生嬰兒般，在動(dòng)蕩不安的臺(tái)灣孤島上晃晃悠悠站立起來(lái)時(shí)，學(xué)政兩界人心振奮。于是，一系列的物理所、化學(xué)所、植物所等研究所相繼組建，其風(fēng)頭之強(qiáng)悍，完全可與抗戰(zhàn)前蔡元培主持工作時(shí)的銳勢(shì)匹敵。正在這個(gè)由衰轉(zhuǎn)盛的關(guān)鍵時(shí)刻，接到了胡適要買(mǎi)地蓋房的消息。朱家驊同樣不敢隱瞞和擅自做主，便直接向蔣介石稟報(bào)。蔣聞?dòng)?，?dāng)場(chǎng)表示在“中央研究院”旁撥一塊地為胡氏置地建房，所需費(fèi)用由自己的稿費(fèi)中開(kāi)銷(xiāo)，以示對(duì)胡的照顧與敬重。此諭一下，搞得朱家驊和李濟(jì)都有些尷尬，但又不能推辭。在美國(guó)的胡適聞?dòng)嵣醺胁话?，認(rèn)為自己受主公之重托出來(lái)“看看”，結(jié)果什么也沒(méi)看到，無(wú)尺寸之功則要受賂，實(shí)感愧疚，便寫(xiě)信明確表示不能接受介公如此盛情厚意，堅(jiān)持要自己出錢(qián)購(gòu)置地皮。就在雙方為幾間房子或真或假地你來(lái)我往拖拍之時(shí)，針對(duì)朱家驊的一件禍?zhǔn)掳l(fā)生了。

據(jù)石璋如回憶：“四十六年（1957年）夏天，由于天氣炎熱，又沒(méi)有外人，尤其在星期六快下班和星期天的時(shí)候，同仁常穿著拖鞋、汗衫上班。在八月四日星期六，是個(gè)悶熱的陰天，下午五點(diǎn)多蔣總統(tǒng)突然偕蔣夫人、帶著隨扈來(lái)到院里，大概是要找朱家驊院長(zhǎng)的麻煩。蔣一行人抵院時(shí)，院方已經(jīng)下班了，多處門(mén)房深鎖，衛(wèi)隊(duì)直接到所上，就碰到還沒(méi)回家的嚴(yán)耕望先生。嚴(yán)先生先請(qǐng)一行人至?xí)h室暫坐，隨即來(lái)找我告知此事。我才剛到家脫下衣服，馬上穿回衣服出來(lái)。我到所時(shí)只見(jiàn)到蔣總統(tǒng)一行人已出所的背影，無(wú)法對(duì)他們有所招待，誰(shuí)知道這樣就出錯(cuò)了。‘中央研究院’有固定的上班時(shí)間，‘蔣總統(tǒng)’來(lái)所時(shí)已屬下班時(shí)間，不能說(shuō)‘中央研究院’偷懶不上班。后來(lái)不知道有誰(shuí)說(shuō)了什么話(huà)，朱家驊院長(zhǎng)就在十一月辭職?！盵40]

朱家驊突遭橫禍，廟堂與坊間滋生了許多說(shuō)法，但沒(méi)有一件能擺到桌面上的鐵證。有人說(shuō)，在1948至1949年國(guó)民黨大勢(shì)已去的重要?dú)v史轉(zhuǎn)折關(guān)頭，李宗仁、白崇禧等桂系軍閥聯(lián)合閻錫山輩趁機(jī)擁兵自重，逼蔣介石下野。蔣于萬(wàn)般無(wú)奈中只得屈從，由李宗仁代總統(tǒng)。蔣回到老家浙江奉化溪口暫時(shí)隱居后，李、白等軍閥集團(tuán)開(kāi)始拉閻錫山、朱家驊、王世杰、張治中、吳鐵城等各色官僚合作，并以“臥榻之側(cè)，豈容他人酣睡”的霸王姿態(tài)，逼蔣出洋流亡，永遠(yuǎn)在中國(guó)地盤(pán)上消失。蔣于1949年3月3日接到張治中親自上門(mén)敦促其出國(guó)的要求，甚感悲憤，悖然大怒曰：“他們（南按：李宗仁、白崇禧）逼我下野是可以的，要逼我亡命就不行！下野后我就是個(gè)普通國(guó)民，哪里都可以自由居住，何況是在我的家鄉(xiāng)?！盵41] 3月 4日，吳鐵城再次派李惟果前往溪口，轉(zhuǎn)達(dá)李宗仁集團(tuán)希望其盡快出洋之意，蔣更為盛怒，除大罵一頓“娘希匹”和李宗仁“不仁”之外，還差一點(diǎn)將李惟果抓起來(lái)“斬立決”。蔣介石背運(yùn)至此，李、白等輩逼宮至此，世道無(wú)常，政客無(wú)情由此可見(jiàn)。再后來(lái)，隨著國(guó)民黨軍棄守南京，李宗仁統(tǒng)率政府人員流竄到廣州。6月12日，由閻錫山出任行政院長(zhǎng)兼國(guó)防部長(zhǎng)，朱家驊出任行政院副院長(zhǎng)，以新任內(nèi)閣掣肘蔣的國(guó)民黨總裁權(quán)力。蔣介石把朱家驊這一做法看做是對(duì)自己的叛逆，遂懷恨在心，伺機(jī)發(fā)難。