一開始，崇禎重新起用袁崇煥，兩人處于蜜月期。袁崇煥在崇禎元年（公元1628年）七月接受皇帝召對時，夸下"五年平遼"的海口。這不但讓皇帝欣喜，更讓在旁的大臣們驚訝。因為，在當時明朝與后金的對抗中，明軍能在遼東抑住后金軍隊的進攻，已屬不易。"五年而遼東外患可平，全遼可復(fù)"的豪言壯語，無異夢囈。袁崇煥這么說，據(jù)他自己講，不過是為了"聊慰上意"，暫時寬慰寬慰思宗而已。然而，思宗是一個急于求功、遇事苛刻的主子，到時可是要循名責實的。袁崇煥向崇禎提出三項基本策略，循序漸進，以克竟全功。他上疏還表示，希望皇帝全力信任、支援，不要聽信朝臣的妒忌之言?；实圩匀粷M口答應(yīng)，還給他蟒袍、玉帶與銀幣，前二者袁崇煥以尚未建功，辭而不受。但很快，袁崇煥在崇禎心中的地位就由紅轉(zhuǎn)黑了。

袁崇煥擅殺毛文龍開始令崇禎生疑。毛文龍何許人也？他是明朝正式任命的東江總兵。東江就是鴨綠江近?？诘钠u，和鴨綠江的獐子島、鹿島構(gòu)成鼎足之勢，位于遼東、朝鮮、山東登萊二州的中間，號稱孔道。天啟三年，毛文龍率部攻陷了遼東要地金州，不但打通了水路到登州的糧道，還可和皮島互為犄角之勢，從陸路牽制后金的部隊。他也由此功，升任左都督，掛將軍印，并擁有了一把尚方寶劍，進一步擴大了他在東江的權(quán)力，成為當時遼東牽制后金的一支重要力量。

毛文龍作為封疆大吏，手握重兵，又孤懸海外，飛揚跋扈是難免的，但無論熹宗還是思宗，都對毛文龍十分倚重，并沒有過多的責難。這種狀況，一直持續(xù)到袁崇煥的再度啟用。對毛總兵的種種劣跡袁崇煥早有耳聞，這個毛文龍攀附朝中權(quán)貴、營私結(jié)黨，屢屢不聽調(diào)遣。不僅如此，毛文龍治軍不嚴，公然在軍營中蓄養(yǎng)倡優(yōu)，整個部隊軍紀渙散，戰(zhàn)斗力極弱。更讓袁崇煥不能容忍的是，一向虛報部隊員額，冒領(lǐng)巨額軍餉的毛文龍居然多次以軍餉不足來要挾，袁督師殺毛之心漸起。

崇禎二年五月二十九日，在支付了毛文龍十萬餉銀，平息了毛文龍的不滿后不久，袁崇煥親赴雙島，在那里會見了從皮島趕來的毛文龍，并于六月三日，檢閱了島上的軍隊。此時，袁崇煥的殺毛之心未決，他希望毛文龍能夠急流勇退。六月四日在毛文龍為袁舉辦的接風晚宴上，兩人的一番談話頗有些耐人尋味。

袁：久勞邊塞，杭州西湖盡有樂地。（告老還鄉(xiāng)吧。）

毛：久有此心，但唯我知滅奴孔核，滅了東夷，朝鮮文弱，可襲而有之。（我還年輕。）

袁：朝鮮不勤遠略，當有代勞者。（我有代替的人選。）

毛：此處誰代得？（還有誰比我更合適？）

然而，一切都在此后的一天發(fā)生了根本的逆轉(zhuǎn)。六月五日，在袁崇煥的營帳中，當著毛文龍的諸多親信，袁崇煥以殺降人，難民冒功；侵盜軍糧，擅開馬市；剽掠商船，強娶民女等十二大罪名，用尚方寶劍取了毛文龍的首級，并且收回了毛文龍的將軍印和尚方寶劍，同時也吞并了毛文龍的部隊。

不能說，袁崇煥殺毛文龍沒有道理，毛的桀驁不馴、擁兵自重、不服節(jié)制，都有礙于袁崇煥的平遼方略。但是否夠得上一個死罪，還有商榷的余地。畢竟，毛文龍守島有功；畢竟，毛文龍雖然平遼不足，牽敵有余；畢竟，毛文龍還是一位知曉軍事的干練統(tǒng)帥。

一位督師用尚方劍殺死了一位同樣擁有尚方劍的總兵官，應(yīng)該算是那個時代的一條爆炸性的新聞。崇禎聞之，"意殊駭念"，也嚇了一跳，但事已至此，還能有什么辦法呢，他決定堅定地站在袁崇煥的一邊。這完全是因為袁崇煥時握重兵，不得已而接受了這個事實，并不是真的從心里諒解了袁崇煥的做法。后來審訊袁崇煥時的罪狀之一就是"專戮大帥"，可為明證。

既然，皇帝已經(jīng)表態(tài)了，朝臣們也不敢有什么不同的意見，于是大家都向積極的一面思考。不去想，也不敢去想這是否應(yīng)該算是一件皇太極想做而不能做到的事。