福澤的“赤穗非義士論”與“權(quán)助論”，由于完全顛覆了日本國民心目中的忍辱負重為主君復仇的赤穗義士，與為主人盡忠的仆人權(quán)助的光輝形象，所以很快就遭到其他報紙、雜志的口誅筆伐。再加上第4篇中福澤以自身不依靠政府，在民間辦教育的事例批判當時其他學者加入政府為其服務，也遭到西周、加藤弘之等其他明六社同仁的批判。一時之間福澤周圍風聲鶴唳，多位朋友勸他暫時擱筆避避風頭。

但福澤認為無需退縮。他一邊繼續(xù)執(zhí)筆為自己辯護，一邊撰文續(xù)寫《勸學書》。與此同時，他開始構(gòu)思《文明論概略》，準備系統(tǒng)地闡述自己的思想。《勸學書》第八～十三篇的文章，就是在這樣的環(huán)境與心境下，以每月一篇左右的速度寫就發(fā)表的。但是很明顯，這幾篇文章的內(nèi)容大多圍繞著已經(jīng)討論過的問題進行補充，缺少前面文章中的激情與尖銳。第八、十一兩篇繼續(xù)批判上下名分與政府專制，但議論的重點已經(jīng)轉(zhuǎn)變?yōu)閺娬{(diào)政府制定的法律的重要性，要求國民嚴格遵守法律。第九、十、十二這三篇的中心仍是議論自由與獨立，但此時個人追求自由、獨立的原因是為了日本國家的獨立這個目的——即為了國家主義而追求。

第十三篇中福澤筆鋒一轉(zhuǎn)，以“怨恨”為題展開論述。文章的中心最終落在批判政府的言論管制，認為“人的原本性情無法自由釋放，就必然會對給他制造障礙的人產(chǎn)生怨恨”，國民“應該多接觸事物，才能把人天生的活力迸發(fā)出來”。

第三類的文章內(nèi)容與福澤的另一部代表作《文明論概略》有極大的關(guān)聯(lián)。其中第十四篇的主題“照顧”中，對政府專制的批判已經(jīng)非常微弱，僅指出政府不接受民間的意見，是對國民的“保護過度”而已。第十五篇中論述做學問的方法應該有懷疑的態(tài)度，并指出當時日本全面西化、表面西化的一些問題。第十六篇中論述“獨立”分為物質(zhì)的獨立和精神上的獨立兩種，且后者重要，并強調(diào)知行合一。第十七篇中福澤認為“榮譽和人望是值得積極爭取的事物”，呼吁國民應該追求積極地出世，有所作為。并指出“通曉語言”、“溫和率真”、“廣交好友”這三種方法。以上諸篇的內(nèi)容都可以在《文明論概略》中看到更加詳細、精彩的論述。

一般說來，《勸學書》是福澤啟蒙思想的序章，而《文明論概略》則是本論部分。但從前者到后者的大約三年間，福澤的思想發(fā)生了巨大的轉(zhuǎn)變。

在《勸學書》中，福澤總體崇尚個人的自由、平等、獨立，主張個人應該通過學習近代科學安身立命，并為國家的獨立、發(fā)展作出貢獻。在國際關(guān)系中，推崇自然法理解的國際法原則，如國與國間權(quán)利平等，互相尊重交往等的“天理”。在福澤看來，自由、平等、獨立等價值，既適用于個人，同時也適用于國際間；既是日本國內(nèi)應遵循的規(guī)范，也是國際間的行動準則，是具有超越的、先驗性格的永遠的普世價值。在政府與國民的關(guān)系中，雖然也批判不學的“愚民”，主張國民應該嚴格遵守法律，但也批評、告誡政府不要專制壓迫。

但在《文明論概略》中，這些價值都被作了“現(xiàn)今的”限定，一切都讓位于本國的獨立這種“私情”和“偏頗態(tài)度”。國際間的秩序，也成為以物競天擇、優(yōu)勝劣汰的社會進化論為基礎的，所有人對所有人的戰(zhàn)爭般瘋狂的世界。福澤曾經(jīng)信奉的國際正義、國際道德都已經(jīng)蕩然無存。個人的自由、平等也讓位于“國家獨立”這個終極目的，成為對外擴張國權(quán)的手段。

因此，盡管《勸學書》中有愚民論、唯學問論等的缺陷，但強調(diào)自由平等、天賦人權(quán)主旨的該書，或許可以認為是福澤諭吉啟蒙思想的最杰出的代表作。