半年后，皇后武則天難產，祈求佛教佑護，提出所生孩子將皈依三寶，屆時請玄奘為孩子授戒。玄奘啟奏她必定平安，會順利生下一個男嬰。男嬰生下后，皇室沒有違背許下的承諾，由玄奘收為徒兒，玄奘為他起名佛光子。從此佛教在皇室中有了代理人，這就是后來的唐中宗。他雖然并未正式出家，但當上皇帝后，崇尚佛教，“造寺不止”，“度人不休”，可見玄奘的良苦用心。

在與皇室的交往中，玄奘除了不斷爭取對譯經的支持之外，還一直在試圖影響唐朝的宗教政策，但是這種影響并沒有達到他預期的效果。雖然唐高宗在玄奘的一再陳奏之下，廢除了當時以世俗法律制裁僧人的規(guī)定，但是調整佛道次序的問題始終擱淺下來。太宗沒有解決的事，高宗是不會輕易插手的。

當初玄奘向唐太宗提出要在少林寺譯經時沒有被允準，十二年后他向高宗提出了同樣的請求，再次被拒絕。在高宗看來，玄奘越是表現出志在出世、成就事業(yè)的宗教品格，愈是令人放心不下。此時的玄奘是位名振五印、譽滿華夏，一旦入山修禪，三學齊備而四眾歸信，必然成為事實上的法門領袖。而將其困于京城內宮、皇家寺院，以譯事相牽，以雜事相擾，以公卿與之交接，使其既無修定的余暇，又無行動的自由，法門領袖自然就徒有其名。

歸隱少林成為玄奘終生沒有實現的愿望。少林寺的翻譯堂，玄奘仰慕已久，公元508年北魏宣武帝時，北印度高僧菩提流支和中印度高僧勒拿摩提，曾經聯手在那里翻譯出了《十地經論》，這樣的翻譯盛事一直是玄奘企圖效仿的榜樣。另外，當西行時染上的冷病越來越頻繁地侵蝕他的身體，健康狀況每況愈下的時候，玄奘想去少林寺的愿望就更加強烈。那里距離他的出生地僅十二公里，在生命進入晚年時，除了譯經之外，他大概還希望進一步修習禪觀，并“以此送終”，這個遺憾一直伴隨他到生命的最后時刻。

在玄奘歸來后的十九年里，幾乎一半以上的時間都不得不周旋于宮廷之間，陪伴在皇室左右，但對玄奘來說，譯經始終是壓在心上的頭等大事。十九年里，玄奘只有兩個四年的時間用于專心譯經。一個是在太宗去世后的四年，一個是自己生命的最后四年。八年的時間畢竟太有限，《慈恩傳》中描述玄奘在慈恩寺四年的譯經生活時這樣寫道：他“無棄寸陰，每日自立課程，若白天有事，務必兼夜完成。三更才眠，五更復起”。

玄奘在長安的譯場有四處，它們先后是弘福寺譯場、慈恩寺譯場、西明寺譯場和玉華寺譯場，其中慈恩寺譯場最為有名，也是唯一留存下來的。公元648年，當時身為太子的李治，為了追念十二年前去世的母親長孫皇后，特意下令建寺。同年12月，寺院落成，太宗親臨現場，并舉行了盛大的慶祝儀式。太子禮請玄奘任上座，同時將譯場遷至這里。這座由皇室改建的寺院，占地將近27萬平方米，規(guī)模宏大，建筑雄偉。今天的慈恩寺是原來建筑的一個院落——西塔院，占地面積僅相當于當年整個寺院的九分之一。