等到馮國璋率各部北洋軍匯集南京后，雙方勢力更為懸殊，但即使在這種情況下，南京保衛(wèi)戰(zhàn)仍舊堅持了20天，這與何海鳴等人及其革命士兵艱苦卓絕的革命精神是分不開的。在這20天里，南京守軍與北洋軍在雨花臺、紫金山、天保城、幕府山等地展開了激烈的爭奪，“討袁軍”并未明顯落于下風(fēng)。

在此期間，安徽“討袁軍”總司令柏文蔚從蕪湖率衛(wèi)隊1營及憲兵約1000多人來到南京，這給南京“討袁軍”以極大的鼓舞。但是，何海鳴、張堯卿與柏文蔚之間出現(xiàn)不和，柏文蔚帶領(lǐng)少數(shù)人從水西門出走，而他帶來的大部分人卻自愿留在南京繼續(xù)作戰(zhàn)，足見當(dāng)時城內(nèi)的革命氣氛是何等的濃烈。

9月1日晨，北洋軍對南京城發(fā)起總攻擊。張勛的辮子兵在朝陽門一帶挖地道進(jìn)去，用炸藥將城墻轟塌兩丈有余（當(dāng)年湘軍攻下天京也是用的這招，主要是朱元璋修的城墻實(shí)在太厚）后，辮子兵隨即蜂擁而入。這時，太平門、通濟(jì)門、神策門也相繼被攻破，何海鳴等人率領(lǐng)士兵們在鐘樓、內(nèi)橋、鴿子橋、花牌樓等處與北洋軍展開殘酷的巷戰(zhàn)，戰(zhàn)斗一晝夜后仍不屈服，并于次日上午在雨花臺同北洋軍進(jìn)行了最后的決戰(zhàn)，在傷亡殆盡的情況下才最終潰散，何海鳴等人在武定橋下乘小船逃走。

南京城破后，“二次革命”也就基本結(jié)束。在上海，盡管陳其美已經(jīng)宣布獨(dú)立，并屢次進(jìn)攻制造局，但終究因為不是正規(guī)軍而一再遭到失敗。等到袁世凱用軍艦將大批的北洋軍載來后，上海的討袁軍也就風(fēng)流云散，完全瓦解；安徽的獨(dú)立，從一開始就是“假獨(dú)立”，柏文蔚雖然是名義上的安徽討袁軍總司令，但軍隊實(shí)際上被師長胡萬泰和民政長孫多森所控制。等到北洋軍的倪嗣沖部及張鎮(zhèn)芳部大兵壓境， 安徽那些搞假獨(dú)立的人也就立刻撕下面紗、宣布擁袁，這就是柏文蔚率衛(wèi)隊出走南京的原因。

至于福建，都督孫道仁本就是在師長許崇智等人的脅迫下宣布獨(dú)立的，當(dāng)許崇智提議出兵援贛及北伐時，孫道仁總以餉械缺乏為由，加以拒絕。等到大局明朗，孫道仁自然發(fā)出通電，向袁世凱陳述“冤情”，宣布取消獨(dú)立。在廣東，袁世凱的手法也非常成功，他不僅安排了龍濟(jì)光和陸榮廷兩個楔子迫使廣東討袁力量無可動彈，還用金錢收買了廣東的將領(lǐng)，使得胡漢民和陳炯明失去了對軍隊的控制，胡、陳兩人也被逼走。湖南的情況和福建差不多，在江西和南京的討袁軍失敗后，湖南都督譚延闿也就宣布取消獨(dú)立。至于四川方面，熊克武在獨(dú)立一個月后，便自己宣布解職下野了。

在各地的討袁軍相繼失敗后，袁世凱指“黃興、陳其美、鈕永建、何海鳴、岑春煊”五人為這次戰(zhàn)亂的一等犯，其余如“孫中山、張繼、李烈鈞、柏文蔚、譚人鳳、陳炯明”等人也都在通緝之列。在此之前或之后，孫中山、黃興、李烈鈞、柏文蔚、陳其美、居正等人也都先后亡命日本，重新開始了他們的流亡生涯。

令人遺憾的是，對于那些信念最堅定的革命黨人所發(fā)起的這次革命，當(dāng)時的大部分國人似乎不予理解也不予支持。時任記者的老同盟會員梁漱溟曾在一次公開演講中說：“現(xiàn)在很清楚擺在外面的，就是武人勢力的局面。至于說到助長這種武人勢力的原因，卻不能不責(zé)備革命先輩，他們無論如何，不應(yīng)用‘二次革命’那種手段?！胃锩瘜?shí)在是以武力為政爭的開端。從此以后，凡是要為政治活動的，總要去奔走武人的門下，武人的威權(quán)從此一步一步地增長，到現(xiàn)在而達(dá)極點(diǎn)?！?/p>

一直跟蹤報道“宋案”并認(rèn)定袁世凱為殺宋主謀的著名記者徐血兒，也在《民立報》上發(fā)表文章稱：“今日已為民國，茍對于民國而謀亂，即是自絕于國，罪在不赦。即政府為惡，法律與國會，終應(yīng)有解決之能力，無俟謀亂，以擾蒼生。故謀亂之事，為商民所疾視，亦明達(dá)所摒棄也。”

后來在護(hù)國戰(zhàn)爭中大展神威的云南都督蔡鍔，當(dāng)時也毫不含糊地公開聲明：“宋案應(yīng)以法律為制裁，故審判之結(jié)果如何，自有法律判判。試問我國現(xiàn)勢，弱息僅存，邦人君子方將戮力同心，相與救亡之不暇，豈堪同室操戈，自召分裂!誰為禍?zhǔn)?，即屬仇讎。萬一有人發(fā)難，當(dāng)視為全國公敵?！?/p>