1928年后，章太炎開(kāi)始隱居不出，專(zhuān)心學(xué)問(wèn)。據(jù)章太炎的私淑弟子、上海名醫(yī)陳存仁說(shuō)，當(dāng)時(shí)章太炎處境頗為困窘，唯一的收入，只靠賣(mài)字（多賣(mài)給朵云軒）；因?yàn)樗Ｄ昊加斜歉]炎，每天所吃的無(wú)非是腐乳、花生醬、咸魚(yú)、咸蛋等；常年衣衫不過(guò)三四套，從未見(jiàn)他換過(guò)新衫；因?yàn)槌Ｅc人交惡，拜訪他的人也很少……

陳存仁是醫(yī)生，章太炎對(duì)中醫(yī)也有很深的造詣，尤其對(duì)《傷寒論》文獻(xiàn)的研究，更有獨(dú)到之處。章太炎著有《霍亂論》、《猝病新論》、《章太炎先生論傷寒》等醫(yī)學(xué)書(shū)，曾有人問(wèn)他：“先生的學(xué)問(wèn)是經(jīng)學(xué)第一，還是史學(xué)第一？”章太炎答：“實(shí)不相瞞，我是醫(yī)學(xué)第一！”

據(jù)陳存仁說(shuō)，某年春間他與另一名弟子章次公陪同章太炎夫婦去杭州，在那里待了數(shù)月而歸。到杭州的第二天，章太炎一大早就去原曲園拜祭老師俞樾，不料此時(shí)已經(jīng)物是人非，主人也已數(shù)易其主，竟不知此為俞樾故居。又一日，章太炎去樓外樓飯店吃飯，吃完后為樓外樓主人寫(xiě)一首極長(zhǎng)的張蒼水絕命詩(shī)，這時(shí)蔣介石夫婦由杭州市長(zhǎng)周象賢陪同，也簡(jiǎn)裝輕行地來(lái)到樓外樓吃飯，雙方因?yàn)榛ゲ幌嘧R(shí)，也就未打招呼。

蔣介石夫婦吃飯很快，在臨行之前，周象賢低聲對(duì)蔣介石說(shuō)，對(duì)面那個(gè)寫(xiě)字的就是章太炎。蔣介石聽(tīng)后立刻過(guò)來(lái)招呼說(shuō)：“太炎先生你好嗎？”章太炎說(shuō)“很好很好”，蔣介石又問(wèn)他近況如何，章太炎說(shuō)“靠一支筆騙飯吃”。蔣介石說(shuō)：“我等你一下，送你回府，你有什么事可以隨時(shí)關(guān)照象賢。”

章太炎頻說(shuō)“用不到，用不到”，并堅(jiān)持不肯坐車(chē)。蔣介石沒(méi)辦法，只好將自己的手杖送給了章太炎，作為紀(jì)念。章太炎對(duì)這根手杖倒是頗為滿意，稱(chēng)謝握手而別。

次日，杭州各大報(bào)大登“章太炎‘杖國(guó)杖朝’、蔣主席關(guān)心故舊”的新聞。其實(shí)，在章太炎的眼里，蔣介石不過(guò)是個(gè)革命晚輩，何況他還親自帶人刺殺了同道陶成章，“故舊”一說(shuō)，實(shí)難成立。而且，章太炎終身與蔣介石交惡，從無(wú)善言，這則故事的真?zhèn)?，尚不得而知?/p>

章太炎晚年居住在上海時(shí)，常鬧笑話。有一次他出門(mén)買(mǎi)書(shū)，叫人力車(chē)送去，看了半天，一本沒(méi)買(mǎi)，然后又施施然地出來(lái)，坐上另一輛人力車(chē)，車(chē)夫問(wèn)他去哪里，他不記得自家地址，只說(shuō)往西走。人家拉了他半天，問(wèn)他到底住在哪里。章太炎說(shuō)：“我是章太炎，人稱(chēng)章瘋子，上海灘人人知道我的住址，難道你不知道嗎？”車(chē)夫連連搖頭，只好自認(rèn)倒霉。

后來(lái)，章太炎稍微有了點(diǎn)錢(qián)，便在蘇州買(mǎi)了棟房子，搬到那里定居。在蘇州期間，章太炎辦了國(guó)學(xué)講習(xí)會(huì)，傳授《小學(xué)略說(shuō)》、《經(jīng)學(xué)略說(shuō)》、《史學(xué)略說(shuō)》、《諸子學(xué)略說(shuō)》等，收徒甚眾，為保存國(guó)學(xué)做了很大的貢獻(xiàn)。章太炎一生著作頗多，約有400余萬(wàn)字，其在文學(xué)、史學(xué)、語(yǔ)言學(xué)、醫(yī)學(xué)、詩(shī)詞、書(shū)法等方面均有成就，所著《國(guó)學(xué)概論》、《國(guó)學(xué)論衡》等著作可稱(chēng)得上民國(guó)時(shí)期的儒學(xué)經(jīng)典。章太炎由才子到“瘋子”、由革命家到國(guó)學(xué)大師，其一生并未虛度。

1936年夏，章太炎在國(guó)學(xué)講習(xí)會(huì)給學(xué)生講完《尚書(shū)》后，于6月14日在蘇州病逝（病因應(yīng)系鼻竇癌），時(shí)年六十八歲。去世前，章太炎只留下一句話，“設(shè)有異族入主中原，世世子孫勿食其官祿”，他似乎已經(jīng)意識(shí)到今后的中國(guó)將發(fā)生什么危險(xiǎn)。

鑒于章太炎“革命元?jiǎng)住?、“?guó)學(xué)泰斗”的身份，南京國(guó)民政府下令舉行國(guó)葬。但后來(lái)因?yàn)榭箲?zhàn)爆發(fā)，時(shí)值亂世，章太炎遺骨一直未能安葬而是暫厝于蘇州錦帆路寓所，直到解放后，浙江方面才按其遺愿，將其安葬于杭州西湖南屏山南明遺臣張蒼水墓旁。

章太炎的一生都很矛盾，他既要革命，又想保留國(guó)粹；既要共和，又反對(duì)代議制政府；既是個(gè)儒者，又向往佛教……據(jù)陳存仁說(shuō)，章太炎嫉惡如仇，凡人有不善，必面加呵斥，不稍留余地。到了晚年，只要是他不喜歡看見(jiàn)的人，絕不接見(jiàn)；即使見(jiàn)了，也不多說(shuō)話，默尓顧他，不做灌夫之罵。章太炎晚年的志趣與早年迥然相異，日趨平實(shí)，其涵養(yǎng)功力日漸深邃，他曾給人寫(xiě)條幅，自嘲曰：“少年氣盛，立說(shuō)好異人，由今觀之，多穿鑿失本意，大抵十可得五耳。假我數(shù)年，或可以無(wú)大過(guò)?！?/p>

從突破傳統(tǒng)到最后回歸傳統(tǒng)，章太炎最終從斗爭(zhēng)中得到心靈的解脫。但不幸的是，他生活的那個(gè)年代，思潮越來(lái)越偏激、越來(lái)越激烈，他最終跟不上時(shí)代的潮流而被“革命”所拋棄，而他晚年在著作中表現(xiàn)出來(lái)的“瘋”，何嘗不是一種返璞歸真的“孤憤”！所幸的是，在閉門(mén)不出、專(zhuān)心學(xué)術(shù)后，章太炎并沒(méi)有辜負(fù)他的才華與早年的學(xué)術(shù)訓(xùn)練，終成一代國(guó)學(xué)大師；而與他同時(shí)代的一些才子佳人，在百年“革命潮”過(guò)去之后，早已湮沒(méi)無(wú)聞矣！