蔡鍔當時擔任了廣西兵備道總辦、參謀處總辦，同時還兼任了陸軍小學總辦，統(tǒng)領整個廣西的新軍及編練機構(gòu)事宜，軍權(quán)在握，權(quán)傾一時，很受巡撫張鳴岐的重視。不過，由于中國人的鄉(xiāng)土觀念很重，身為湖南人的蔡鍔在廣西混得太好，難免引起當?shù)厝说募刀?，結(jié)果惹出一場“驅(qū)蔡風潮”，令蔡鍔不得不退出廣西。

事情是這樣的，當時湖南人在廣西定居極多，在風氣、文化各方面又都比廣西本地人要好得多，因而不免發(fā)生一些利益沖突?！膀?qū)蔡風潮”最初發(fā)源于“干部學堂”，這個學堂原本是為廣西新軍培養(yǎng)軍事干部的，因為廣西在清末編練新軍時擬成立一鎮(zhèn)一協(xié)（即一師一旅），但后來因為經(jīng)費不足，所以只編成了一混成協(xié)。如此一來，干部學堂的兩百多畢業(yè)生就大大地供過于求，作為兵備道總辦的蔡鍔決定從這兩百多人中進行甄別考試，結(jié)果湖南籍的畢業(yè)生成績遠好于廣西本地學生，在留用的120人中，湖南人有90多個，而被淘汰的大多為廣西籍。

這下廣西人當然不干了，他們認為蔡鍔的考評袒護同鄉(xiāng)，有失公允，因此在干部學堂內(nèi)掀起“驅(qū)蔡運動”并很快波及其他學堂。不久，廣西諮議局的議員們也群起彈劾蔡鍔，使得風潮進一步擴大，廣西人甚至罷市罷課，一致要求蔡鍔離桂。在“驅(qū)蔡運動”的高潮時期，各學堂的學生排隊前往撫臺衙門請愿，弄得張鳴岐毫無辦法，最后蔡鍔只能在壓力之下灰溜溜地離開了廣西。

古話說得好，“失之東隅，收之桑榆”，蔡鍔在廣西以一種不體面的方式下臺后，云貴總督李經(jīng)羲卻隨后將之延攬到云南，并擔任了第19鎮(zhèn)第37協(xié)的協(xié)統(tǒng)(旅長)，這次是直接做上了帶兵官。就當時而言，帶兵與不帶兵的效果是完全兩樣的，蔡鍔之前做的大多是教官或者軍政管理工作，手頭沒有自己的子弟兵，因而在關(guān)鍵時候無人可用，這一次反而是因禍得福，收插柳之功了。

半年之后，武昌起義爆發(fā)；二十天后，云南的革命黨人也發(fā)起起義響應。在關(guān)鍵時刻，蔡鍔被推為起義軍臨時總司令，新、舊軍在激烈交戰(zhàn)一晝夜后，第19鎮(zhèn)統(tǒng)制鐘麟同被殺，云貴總督李經(jīng)羲被俘（后被禮送出境），身為協(xié)統(tǒng)的蔡鍔則被推為云南都督，當時年僅29歲。在當年的這場革命中，類似于蔡鍔經(jīng)歷的還有江西都督李烈鈞（29歲）、山西都督閻錫山（28歲）、貴州都督唐繼堯（28歲），這幾個人都從日本士官學校畢業(yè)回國并在各省新軍中擔任重要軍職。從這個意義上來說，辛亥革命實際上是一場全國意義上的兵變。

不過，當上都督的蔡鍔在民國后再次遭到云南當?shù)厝说呐艛D（所謂“滇人治滇”，當時各省自治就流行這個，即本省都督須由本省人擔任），正好袁世凱在1913年下令將他調(diào)往北京，于是蔡鍔順水推舟離開了云南，遺缺由原貴州都督唐繼堯接任。唐繼堯倒是云南人，他既是蔡鍔的學弟，也是其部屬，在革命前的云南新軍第19鎮(zhèn)第37協(xié)中，蔡鍔是協(xié)統(tǒng)，劉存厚是標統(tǒng)，唐繼堯為營管帶。辛亥時期，貴州革命不甚成功，應當?shù)厥考澮?，蔡鍔派唐繼堯入黔平亂，唐繼堯由此擔任了貴州都督。

袁世凱對蔡鍔很是欣賞，他將蔡鍔調(diào)到北京的原定目的是讓他擔任新組建的“模范團”團長，以對北洋軍進行改造并打造出一支新的軍隊。可惜的是，袁世凱引進“外人”的提議遭到北洋派內(nèi)部的強烈抵制，最后只能作罷。蔡鍔到京后，雖然也擔任過將軍府辦事員、參政院參政、經(jīng)界局督辦等職，但都是一些虛職，這使得正值當打之年的蔡鍔感到有志難伸，頗為郁郁寡歡。

在清朝覆亡之后，蔡鍔認為只有“強人政治”才能維護國家的統(tǒng)一并達到富強，而他心目中的“強人”正是袁世凱。因此，蔡鍔在民國初年一直站在袁世凱的一邊，對革命黨的“二次革命”不予支持。但是，蔡鍔到京后，發(fā)現(xiàn)民國的新氣象很快便陷于消亡，而他看重的強人袁世凱并非他心目的理想人選，特別在談判“二十一條”的過程中，蔡鍔更是對袁世凱失望至極。