戰(zhàn)事在1400年秋天略有起色，時為建文二年九月，南軍在新擢兵部尚書鐵鉉、歷城侯盛庸的統(tǒng)領下再度北伐，并在十二月間與燕軍會戰(zhàn)于東昌（今山東聊城）一帶。是役，燕軍大敗，傷亡數(shù)萬人，朱棣突圍而出，要不是建文帝有不得傷其叔父性命的死命令，朱棣早就不知死了多少回了。后來朱棣也看出了端倪，一遇戰(zhàn)敗就殿后押陣，把自己當作掩護撤退的盾牌，“官軍相顧愕眙，不敢發(fā)一矢”，好多回就看著他這么大模大樣地跑掉了。

1401年的戰(zhàn)事呈膠著狀態(tài)，雙方在山東和中原地區(qū)屢有交手，互有勝負。到了1402年春天，戰(zhàn)爭的天平曾短暫地向南軍一邊傾斜。這年四月，雙方主力大戰(zhàn)于安徽宿州，當時燕軍連失大將，再加不慣江南初夏天氣溽熱，于是拔營北撤。這本是南軍大舉進攻的最好時機，但建文帝在這關鍵時刻又一次舉置失當，他聽信身邊廷臣的建議，以為燕軍已退，京師不可無良將，于是命魏國公徐輝祖統(tǒng)兵撤回南京。孰料燕軍趁機反撲，輕騎南下焚毀糧草，大敗南軍于靈璧，隨即于五月占揚州，六月自瓜洲渡過長江，下鎮(zhèn)江，直圍京師。此時京師已無險可守，被輕而易舉攻占，建文帝則下落不明。

打了三年的“靖難之役”，以朱棣完勝而告終。是年六月，朱棣在奉天殿即皇帝位，改元永樂，是為明成祖，又稱明太宗。

清洗記憶

雖說是因為大臣們屢聲“勸進”才即位，但明擺著是打進了京師才做成皇帝，要擺脫篡奪之嫌疑，堵天下人之口，首先要做的是否定前朝的合法性。坐上了帝位的朱棣既不給建文帝應有的謚號，甚至不承認建文的年號，把建文四年改稱洪武三十五年，表示他這個帝位不是從建文帝那里繼承來的，而是直接繼承自太祖高皇帝。他甚至還暗示，老皇帝在世之日，就很喜歡他，和大臣動議過易儲一事，想讓他燕王取代皇孫承續(xù)大統(tǒng)，考慮到秦、晉二王在世，且比他年長，這才沒有堅持。

其次是改出身?；饰焕^承，講究嫡長之分，為了讓自己的得位顯得合法，他將建文帝時代所修的《太祖實錄》修改了兩次，稱自己是太祖高皇帝的元配馬皇后所生，與懿文太子朱標及秦、晉二王同母，因他的這幾個兄長已經(jīng)亡故，諸王中自己居長，所以從倫序上說，入續(xù)大統(tǒng)是理所當然。修《永樂實錄》時，更是直接把“高皇帝生五子”寫了進去。但后來修《明史》者不知是疏忽大意還是有意為之，在好幾處都透露出朱棣并非嫡出。

他要讓人們的大腦徹底洗去建文朝的一切記憶，于是建文時期的政府檔案被大量銷毀，宮廷檔案和皇帝起居錄等被涂寫和修改，一切記載這一政變的私家記述和文獻都被禁止，事實情形就像后世歷史學家所說：“建文一朝之政治，其真實記載，已為永樂時毀滅無遺……成祖以為罪則罪之，既篡之后，誰與抗辯？”