在皇帝授意下，經(jīng)一班文臣的遮掩粉飾，正統(tǒng)的官方歷史把這場政變?nèi)缡菙⑹觯汉槲淙迥炅拢ㄕ堊⒁饽甏谋硎龇绞剑?，靖難的軍隊打到了南京金川門外，“建文君欲出迎，左右悉散，惟內(nèi)侍數(shù)人而已，乃嘆曰，‘我何面目相見耶！’遂闔宮自焚”。稱“建文君”而不稱建文帝，暗示他不是合法的皇位繼承人，又說他因無臉見人，慚愧而自殺，御用史家的春秋筆法顯露無遺了。在他們的筆下，“今上”的姿態(tài)則要高得多，他摒棄前嫌，即命太監(jiān)前往援救，施救不及，太監(jiān)只好把“建文君”尸體從火中找出來，報告燕王，燕王哭著說：果然如此癡呆？我來是為了幫助你做好皇帝，你竟渾然不覺，走上了絕路！

這假惺惺的眼淚能蒙世人一時，血的事實卻任誰也掩飾不了。城破后，建文帝的幾個弟弟無一幸免，小兒子圭甫，當(dāng)時只有兩歲，朱棣派人把他幽禁到安徽鳳陽老家，直到三世以后明英宗時，這個廢皇子才重新得見天日，那時他已五十有七，智力水平卻像個孩子一樣，連大街上在走的牛馬都分不清楚。此是后話不提。

對一班主張削藩的儒生，朱棣更是恨之入骨，大兵一入南京城，就“大索齊泰、黃子澄、方孝孺等五十余人，榜其姓名曰奸臣”，對他們展開了毫不手軟的屠殺，這些人多遭族誅，株連甚廣，人稱“瓜蔓抄”。南京陷落時，齊泰正出外募兵徒勞而返，為了不讓燕王認出，他就把騎著的白馬用墨涂黑，馬跑得大汗淋漓，涂上去的墨汁全都洗掉了，有認得他的馬的大叫，這是齊尚書的馬！于是被燕兵逮住，押往京城處斬，他的從兄弟敬宗等皆坐死，叔時永、陽彥等謫戍，才六歲的兒子免死為奴。黃子澄還想圖謀起事，被人告發(fā)抓住后，朱棣親自審問，不屈，被磔死。族人無論年少年長全都問斬，姻親全都發(fā)配戍邊。

而至為酷烈的，莫過于方孝孺因不肯為朱棣撰即位詔，“夷十族”，誅殺八百七十三人。

朱棣兵發(fā)北平時，姚廣孝特地以方孝孺為托。他對朱棣說，南京城破之日，方孝孺一定不肯降服，不管如何千萬別殺他，“殺孝孺，天下讀書種子絕矣”。朱棣答應(yīng)了他。

一向目無余子的姚廣孝如此垂目的方孝孺，可說是明初知識界的一面旗幟，以道德學(xué)問著稱于世。方孝孺是開國儒臣、大學(xué)問家宋濂的學(xué)生，“幼警敏，雙眸炯炯”，手不釋卷的他童年時就被鄉(xiāng)人目為“小韓子”。日后成為建文朝典章制度執(zhí)筆者的他，年輕時卻自恃才華看不起文章事業(yè)，認為那只是雕蟲小技，他真正的志向是輔佐明主成就一番事業(yè)。早年在臺州府寧海縣鄉(xiāng)下的時候，他生了病，家里又斷了糧，他卻不以為憂，那副安貧樂道的樣子讓周圍人都覺得此人真是不可理喻。如同他的名字所透露出來的氣息，方孝孺最早是以一個孝子的形象出現(xiàn)在世人面前。1376年秋天，他的父親、曾任濟寧知府的方克勤因“空印案”株連死在北京，他一路扶櫬南歸，哀慟于路，曾引得許多同樣身受冤屈而又不得放言的人們?yōu)橹粸⑼橹疁I。