同仁堂的原料和成品藥經(jīng)常是大進(jìn)大出的，庫房決不能少，因此，還設(shè)有藥庫、成藥庫、酒庫、細(xì)料庫等。細(xì)料庫存有牛黃、麝香、冰片、珍珠、朱砂、人參、羚羊角等貴重藥材。

在當(dāng)時(shí)，只有實(shí)力雄厚的藥鋪才采用這種“前店后廠”的形式，而以同仁堂的制藥作坊為最全，制作也最精良。樂鳳鳴為什么要建制藥作坊呢？

原來，這種前店后場(chǎng)的好處是自產(chǎn)自銷，產(chǎn)銷可以及時(shí)溝通，避免壓貨，又可以降低運(yùn)輸成本。不過，同仁堂采用這種方式還有更深層的原因。

當(dāng)年樂顯揚(yáng)利用太醫(yī)院的有利條件，發(fā)掘和整理了許多古方、宮廷秘方、家傳秘方、民間驗(yàn)方。樂鳳鳴雖然為了應(yīng)付科舉，不得不讀四書五經(jīng)，可是他自幼受父親的影響，也研讀過大量的方書。自從他決意轉(zhuǎn)向“濟(jì)世養(yǎng)生”的醫(yī)藥事業(yè)后，更是集中精力研究各類醫(yī)藥方面的典籍，尤其是父親整理過的藥方。后人曾這樣評(píng)價(jià)他:“自國初諸各醫(yī)循流溯源，上逮歧伯黃帝之屬，凡古方適用者，無不細(xì)心考究，炮制必依古法，購料不惜重貲……”

由樂顯揚(yáng)和樂鳳鳴整理出的經(jīng)典方劑共三百六十三種，其中有牛黃清心丸、女金丹、蘇合香丸、紫雪等。

自古以來，人們都說“一方難求”，只有高水平的處方才會(huì)有高水平的藥，中藥店鋪都明白這個(gè)道理。因此，那些自產(chǎn)自銷的大藥店都有自己的處方集，稱為“配本”，內(nèi)中有本店所產(chǎn)藥物的處方、炮制方法等。俗話說，“外行看熱鬧，內(nèi)行看門道”。一位行家能從中看出這家藥店實(shí)力如何，前景怎樣，有沒有自己的“絕活”，也就是有他人沒有的秘方，自然也就能拆解其中的奧秘和絕招，所以各家的配本都秘不示人。

樂鳳鳴經(jīng)過五年含辛茹苦的研究，將樂家世世代代掌握的藥方匯集成配本，名為《同仁堂樂氏世代祖?zhèn)魍枭⒏嗟は铝吓浞健?。其中丸、散、膏、丹分門別類，既詳盡又易于翻查。這些藥方基本上來自四個(gè)方面：古方、宮廷秘方、家傳秘方和民間驗(yàn)方。要將這些藥投產(chǎn)，就得有自己的作坊。

當(dāng)時(shí)藥品的生產(chǎn)和銷售比較混亂，同一種藥名，會(huì)有多種藥；同一種藥，又會(huì)有多種藥名。此外，還有同一種藥由多家生產(chǎn)的情況。不過，那時(shí)沒有統(tǒng)一的藥典，因此各家所用原料不同，炮制方式不同，藥效也大不一樣?！锻侍脴肥鲜来?zhèn)魍枭⒏嗟は铝吓浞健分性敿?xì)記載了每種藥的配方、規(guī)格、用量、粗細(xì)料的配比以及單味藥的炮制要求，哪種該切，哪種該炙，哪種該炒，確實(shí)是中醫(yī)藥學(xué)的一部經(jīng)典。為了保證這些藥方的療效，同仁堂也必須有自己的作坊。

建店難，制藥難，求良方更難，但最難的是怎么才能保證同仁堂的產(chǎn)品質(zhì)量上乘，經(jīng)久不變。樂鳳鳴為此制定了許多嚴(yán)格的規(guī)定。

首先，他要求藥工嚴(yán)格按配本制作，也就是要敬“遵肘后”?！爸夂蟆敝笗x代葛洪所著《肘后救卒》（又名《肘后方》、《肘后備急方》、《肘后救急方》等）。敬“遵肘后”的意思就是要嚴(yán)格依方配制，不得任意更改。

對(duì)藥材，他堅(jiān)持“取其地，采其時(shí)”，如人參必用吉林產(chǎn)的，山藥必用河南的光山藥，枸杞必用寧夏所產(chǎn)。

同仁堂對(duì)藥材的加工炮制更是一絲不茍，不僅吸收了《雷公炮炙十七法》的長處和明代陳嘉謨提出的水制、火制、水火共制三類方法，還有自己的發(fā)展和獨(dú)創(chuàng)。如鹿茸去毛，一般都是用火燎，同仁堂卻是用“酥炙”，就是涂上酥油，再用火炙，這樣既可助藥力，又不會(huì)傷茸；又如黃連，必須一根一根地去掉須根；制造“安坤贊育丸”的“絲綿炭”，必須專門購進(jìn)高檔絲棉，再用特殊工藝煅成。自道光之后，同仁堂就只從老字號(hào)“八大祥”之一的“謙祥益”綢布店進(jìn)地道的南方產(chǎn)高級(jí)絲棉了。