華盛頓為了促使蘇聯(lián)參加對(duì)日作戰(zhàn)，卻又不愿意以犧牲美、蘇關(guān)系為代價(jià)來扶助一個(gè)腐敗的國民黨政府。羅斯福曾告訴孔祥熙，如果中國同蘇聯(lián)鬧糾紛的話，在目前這種情況下，美國無法提供任何幫助。結(jié)果，國民黨的反蘇情緒暫時(shí)被抑制下去了。國民黨官員似乎已經(jīng)形成這樣一種認(rèn)識(shí)：當(dāng)戰(zhàn)爭正在進(jìn)行之際，抱怨來自蘇聯(lián)的威脅，那是非常愚蠢而危險(xiǎn)的?，F(xiàn)在說蘇聯(lián)的不是，對(duì)國民黨沒有多大好處。

這個(gè)時(shí)候，新疆問題對(duì)中蘇關(guān)系無疑是一個(gè)嚴(yán)峻考驗(yàn)。蘇德戰(zhàn)爭爆發(fā)后，蘇聯(lián)在戰(zhàn)爭初期遭遇了極大困難。新疆的盛世才以為蘇聯(lián)可能支撐不住了，在國民黨政府的拉攏下，于1942年8月投靠了蔣介石，迫使蘇聯(lián)的勢(shì)力退出新疆。蔣介石把新疆的歸順稱為“國民政府成立以來最大之成功”。中蘇關(guān)系也由此降到了自“九一八”事變以來的低谷。

1944年春夏，白俄羅斯戰(zhàn)役結(jié)束，蘇聯(lián)對(duì)德戰(zhàn)爭的勝利局勢(shì)已基本確定。莫斯科開始考慮對(duì)日作戰(zhàn)的問題了，斯大林已決定派遣華西列夫斯基元帥指揮蘇聯(lián)遠(yuǎn)東部隊(duì)。蘇聯(lián)又有時(shí)間和精力策劃對(duì)新疆的卷土重來。在組織上，蘇聯(lián)積極幫助新疆少數(shù)民族建立各種秘密團(tuán)體。在軍事方面，蘇聯(lián)向新疆少數(shù)民族反抗組織提供了大量武器，還在蘇聯(lián)境內(nèi)為武裝暴動(dòng)培訓(xùn)軍事干部，甚至派遣軍事顧問直接參與對(duì)新疆游擊活動(dòng)的領(lǐng)導(dǎo)和組織。蘇聯(lián)在阿拉木圖和安集延建立了兩個(gè)軍事基地，專門訓(xùn)練逃亡到蘇聯(lián)境內(nèi)的新疆少數(shù)民族反抗人士。阿拉木圖基地負(fù)責(zé)正規(guī)戰(zhàn)訓(xùn)練，安集延基地負(fù)責(zé)游擊戰(zhàn)。1944年4月上旬，蒙古人民共和國領(lǐng)導(dǎo)人喬巴山來到新疆青河縣，會(huì)見了當(dāng)?shù)胤纯菇M織首領(lǐng)，給他們派來了一批軍事顧問，還運(yùn)送了武器彈藥。在阿山暴動(dòng)過程中，他們不斷從蒙古得到大批武器。

對(duì)于蘇聯(lián)重新染指新疆的行為，蔣介石的態(tài)度起初十分強(qiáng)硬。他甚至調(diào)兵遣將，準(zhǔn)備不惜同蘇聯(lián)一戰(zhàn)。同時(shí)，蔣介石還向羅斯福告斯大林的狀，希望美國對(duì)蘇聯(lián)施加壓力。3月17日，蔣介石致電羅斯福，說他對(duì)標(biāo)有蘇聯(lián)徽記的飛機(jī)對(duì)外蒙古邊境上的新疆軍隊(duì)進(jìn)行攻擊深感不安。他警告說：不能簡單地把這看作是一種地方性事件，而應(yīng)當(dāng)把它看成是“對(duì)蘇聯(lián)當(dāng)前和未來的遠(yuǎn)東政策的極其重要的說明”。蔣介石還告訴羅斯福，他對(duì)新疆、俄國人、外蒙古和中國共產(chǎn)黨使中國布爾什維克化的意圖感到焦慮。