由于從氏族公社中才獨立出來的人民的反抗與斗爭，這種過渡終于不可避免了。例如，公元555年吉備的白豬（今之地名不詳）曾設過屯倉。由于田部的賦稅被免征者很多，公元569年，朝廷派來名為膽津的外來移民，調(diào)查了田部，編制了戶口，并任命膽津為田令即農(nóng)場長官。田部賦役被免征者很多，其含義就是指這些人的自主性加強了，以虛擬的氏族制再也管不住他們了。由于這一新的人民的動向，導致了一種苗頭，即朝廷不再用原有的，將人民作為一個整體由伴造統(tǒng)治的方式，而采取了將人民作為一個個的個體進行直接掌控的新的統(tǒng)治方式的萌芽。這并不單純是改變屯倉經(jīng)營方式，照此發(fā)展下去，按氏族原則形成的社會關系與統(tǒng)治方式的整個舊體系都將會受到影響。蘇我氏對此采取了積極的方針，相反物部氏則代表了保守派。

6世紀中期，蘇我稻目與物部尾輿之間圍繞著朝廷是否應承認佛教和信仰佛教問題，爆發(fā)了兩派之間的矛盾。接受佛教，意味著接受了超越了氏姓制度諸神的神。接受了佛教雖并不立即否定固有的神，但奉舊信仰和舊意識為至高無上的物部尾輿們卻激烈反對。他們列舉當時流行的瘟疫和饑荒等社會極度動蕩的形勢，認為，就因為頂禮膜拜蠻神（即外國的神）才引起了這樣的災難。而蘇我氏則認為信奉新神，以其威力就可消除社會動蕩?？傊?，這是以宗教問題為契機的統(tǒng)治人民的新舊方式之爭。

蘇我氏成了最后的、完全的勝利者。公元585年，蘇我稻目的外孫繼承了皇位（用明天皇），并倡導大興佛教。用明天皇死后，圍繞著皇位問題蘇我馬子與物部守屋發(fā)生矛盾，最后又發(fā)展為戰(zhàn)爭。蘇我馬子與用明天皇之子廄戶皇子（后來的圣德太子）一起消滅了物部守屋及其一族，擁立蘇我馬子自己的外甥為天皇即崇峻天皇。

宮廷里再也沒有人敢反抗蘇我馬子了。崇峻天皇憎惡蘇我馬子的跋扈，蘇我馬子惱怒，竟指使手下官員殺了崇峻天皇。隨后又擁立本族的皇女為天皇（即推古天皇），并由圣德太子（公元574—622年）充任攝政（公元593年）。從此蘇我馬子與圣德太子就實施了獨裁政治。

圣德太子與蘇我馬子的執(zhí)政

蘇我馬子和圣德太子執(zhí)政達30年。在這期間他們在東國等地大加擴展朝廷的屯田，同時也沒有忘記增加自家的田莊。在經(jīng)營方式上，上述白豬屯田用過的方式，很可能又得到進一步的發(fā)展。與此同時，近畿的國造們也開始具備了地方行政官的性質(zhì)。另外，在朝廷的組織方面，還出現(xiàn)了以財政機關為中心將舊“伴造”部民制改編為官府長官管轄官府駐地周圍的勞動者群的形式。蘇我馬子與太子就是如此的改組并加強了權利的物質(zhì)基礎，開創(chuàng)了官僚制機關，并著手創(chuàng)建以天皇著者注：過去稱“大王”，這時卻改稱為“天皇”，詳見后述。為至高無上的中央集權國家觀念即倡導佛教、制定十二級官級、頒布十七條憲法、編纂《天皇記》及《國記》等歷史，等等。

倡導佛教是有其政治意義的。它既可用這種超“氏”的新信仰統(tǒng)一貴族的思想，又使中央及地方的氏姓貴族和群眾對朝廷的威力有了強烈的印象。太子和蘇我馬子的朝廷，以巨額的國幣興建四天王寺、法興寺、法隆寺等與當時日本的建筑水平有天壤之別的、結構復雜又宏偉壯觀的大寺院，并從朝鮮招聘了大批僧侶以及佛畫、佛像和寺院建筑的專家。在這些人的教導下，還產(chǎn)生了外來移民血統(tǒng)的佛教美術家?，F(xiàn)藏于法隆寺的釋迦三尊銅像的作者鞍作鳥，就是中國血統(tǒng)的外來移民之孫。就這樣，日本才開始創(chuàng)造出高超的造型藝術，產(chǎn)生了堪稱做學術的學術。太子還親自向高麗僧學佛經(jīng)，隨后甚至還能向天皇講授。