平清盛得知富士川戰(zhàn)敗，為挽回局勢重返京都。首先兵興福寺與東大寺以示武威。這時(shí)在信濃地區(qū)的相當(dāng)于源賴朝堂弟的源義仲（木曾義仲）已經(jīng)打出北陸道。在尾張地區(qū)的相當(dāng)于源賴朝伯父的源行家也舉兵奔襲京都。各地與源氏本無關(guān)系的武士也自行起事，戰(zhàn)亂擴(kuò)及全國。

這時(shí)就不能只說成是源氏與平氏間的權(quán)勢之爭了。各國的武士趁此時(shí)期侵占公領(lǐng)地與莊園，相對平氏政權(quán)所代表的古代權(quán)利而言，這就開始具有了新興武士領(lǐng)主們的革命戰(zhàn)爭的形式。翌年（公元1181年）2月，平清盛病歿。這給平氏以致命打擊。

公元1183年木曾義仲最先進(jìn)入京都。平氏則擁安德天皇逃至西國，后鳥羽天皇在京都即位。這就形成東西兩位天皇。進(jìn)入京都的木曾義仲因未能從朝廷獲致預(yù)期的賞賜而不滿。再加上由于戰(zhàn)亂和歉收，京城的糧食也不足，致使木曾義仲的軍隊(duì)肆意奸淫搶掠。不論是貴族還是群眾都為之憎恨。后白河院內(nèi)使木曾義仲與源賴朝相爭以收漁利，又催促源賴朝西征。源賴朝一方面以其弟源范賴與源義經(jīng)為將西上，自己則在鐮倉致力于鞏固政權(quán)。公元1184年設(shè)置了管理領(lǐng)地與貢賦關(guān)系及其他文件、也掌管財(cái)政與總務(wù)的機(jī)構(gòu)“公文所”（即后來的“政所”），以及判決有關(guān)御家人領(lǐng)地訴訟的“問注所”。

另一方面，源義經(jīng)的軍隊(duì)在公元1184年元月，在近江的粟津?qū)⒛驹x仲消滅。源義經(jīng)馬不停蹄地督促后白河院發(fā)出追剿平氏的“院宣”（院的命令）。經(jīng)攝津地區(qū)一谷及岐地區(qū)的屋島會戰(zhàn)，公元1185年（文治元年）3月，在長門的壇浦（下關(guān)海峽）全殲平氏軍隊(duì)。虛歲8歲的安德天皇攜帶著象征皇位的“三種神器”中的玉及標(biāo)志皇位的“三種神器”中的劍的復(fù)制品一起沉入了海底著者注：劍永遠(yuǎn)失落。放置“玉”的箱子后來被發(fā)現(xiàn)了。但真?zhèn)尾槐妗！?/p>

源賴朝創(chuàng)建幕府及其與朝廷的關(guān)系

木曾義仲與平氏滅亡后，后白河院策劃源賴朝與源義經(jīng)相爭。亦即因源義經(jīng)曾自作主張地接受過朝廷的官位并因此而與源賴朝之間產(chǎn)生隙罅。后白河院最大限度地利用這一點(diǎn)。在滅亡平氏6個(gè)月以后，很快地又對源義經(jīng)下了剿滅源賴朝的“院”令。后白河院雖如后來源賴朝所評論的那樣，是“日本第一大天狗”譯者注：“天狗”是指棲于深山中，赤臉、高鼻、可自由飛翔的想象中的怪物。常用于比喻對自己熟練的技能感到得意的人。的權(quán)術(shù)家。但這次“院”令因?yàn)闆]有投效源義經(jīng)的武士而徹底失敗。源義經(jīng)不得不立即帶著武藏坊弁慶等少數(shù)隨從潛逃，投奔日本本州島東北部的奧羽地區(qū)大豪族藤原氏門下。源賴朝立即派北條時(shí)政到京都譴責(zé)后白河院，并迫使其發(fā)出追捕源義經(jīng)的“院”令。不僅如此，源賴朝還以追捕源義經(jīng)等叛亂者為借口，使后白河院承認(rèn)他有權(quán)在各國設(shè)置“總追捕使”（即后來的守護(hù)）與“地頭”。

后白河院原想策劃有勢力的“武家”（武士集團(tuán))之間相爭來維持自己的勢力。但結(jié)果，反而使源賴朝的權(quán)勢得到飛躍發(fā)展以及“公家”（對武家而言，是天皇及貴族的總稱）勢力的削弱。

“守護(hù)”設(shè)于各國，擁有鎮(zhèn)壓叛亂者與殺人者以及指揮御家人和衛(wèi)戍京都的權(quán)限與義務(wù)。任此職的都是源賴朝信任的有勢力的武將?！暗仡^”原本是莊官的一種。但這時(shí)分設(shè)于各國的“地頭”都有權(quán)向公領(lǐng)地與莊園征收每反為五升稻谷的軍糧。戰(zhàn)亂結(jié)束后，雖停止征收軍糧，但仍握有管轄地區(qū)內(nèi)的警察權(quán)、征收權(quán)與土地管理權(quán)，并領(lǐng)受相當(dāng)?shù)耐恋刈鳛樾劫骸?/p>