設(shè)置“守護”與“地頭”，在法律上雖不是排斥“國司”和莊園的“本所”與“領(lǐng)家”的權(quán)利，但由“鐮倉殿”委任的御家人掌握軍事、警察、征稅與土地管理等最重要的權(quán)利，不外乎是“鐮倉殿”實質(zhì)上已統(tǒng)治了全國。

接著，源賴朝又推薦親鐮倉派的公卿（大臣等三品以上的高官貴族的通稱）九條兼實為攝政，以改革朝廷。當時，他曾向九條兼實說過“這次是草創(chuàng)天下”，但實際上武士階級的國家正是在這時創(chuàng)建起來了。

但因基礎(chǔ)還不甚穩(wěn)固，原設(shè)于各國的地頭到了第二年很快就不得不有所收斂，而只在沒收平家的領(lǐng)地及出現(xiàn)過造反者的莊園范圍內(nèi)設(shè)置。這時的天皇制國家還有相當勢力，權(quán)利雖由公家和武家分享，但這與平清盛只不過是原封不動地劫持了舊天皇制機構(gòu)相比，顯然有質(zhì)的不同。這是武家獨創(chuàng)的政權(quán)。這個政權(quán)就是鐮倉幕府著者注：幕府源出于漢語的出征中的將軍軍幕之意。在日本，原來是指近衛(wèi)大將軍的公館或指他本人。后來源賴朝任右近衛(wèi)大將軍（后又任征夷大將軍），他在鐮倉的公館遂被稱之為幕府。由此就轉(zhuǎn)而稱呼以武將資格組建的政權(quán)與政務(wù)辦公廳為幕府。但源賴朝政權(quán)實質(zhì)上是本書上述設(shè)置“守護”與“地頭”時成立的，因此，鐮倉幕府也可看成是這時成立的。。

幕府對全國的統(tǒng)治在逐步加強。在推翻平氏那年年末，源賴朝在搜捕其余黨的名義下，設(shè)置了九州各國總追捕使（即后來的“鎮(zhèn)西奉行”）。公元1189年，令奧羽地區(qū)的藤原泰衡將其隱匿的源義經(jīng)殺掉。爾后，又剿滅了藤原泰衡本人。10年的戰(zhàn)亂到此結(jié)束了。公元1192年，后白河院歿后，源賴朝當上了期望已久的征夷大將軍。

但幕府的基礎(chǔ)是薄弱的。在經(jīng)濟上，幕府的基礎(chǔ)僅為沒收平家的莊園、“關(guān)東御領(lǐng)”（在關(guān)東的領(lǐng)地）和源賴朝獲得的稱為“關(guān)東御分國”的知行國以及幕府能委派“地頭”的稱做“關(guān)東御口入地”的莊園。在這一點上，源賴朝的幕府、平氏政權(quán)及以前的貴族政權(quán)在本質(zhì)上并無不同。源賴朝本人也是因為其祖先是從天皇系統(tǒng)派生出來的源家嫡系的“貴種”而當上了武家的首領(lǐng)，他本人不是領(lǐng)地的經(jīng)營者，在這一點上與平清盛也無不同。

因有這樣的弱點，即使肆無忌憚地咒罵后白河上皇個人是個大“天狗”的源賴朝，也不能漠視天皇（上皇）的地位及其權(quán)威。正如在追剿木曾義仲、平氏和源義經(jīng)時要請求發(fā)出“院”令、設(shè)置守護與地頭時也要向朝廷提出申請并要得到批準那樣，他就是借天皇制的權(quán)威，使自己的行動具有權(quán)威，具有合理合法性的。由于源賴朝是這個樣子，所以就不能從根本上摧毀皇室、貴族、大寺院與大神社對莊園的統(tǒng)治。因而，他們的政權(quán)的物質(zhì)基礎(chǔ)就保留下來了。

北條氏取代源氏

源賴朝政權(quán)之所以強于平氏政權(quán)，是因為有著組織實際生產(chǎn)與統(tǒng)治人民的軍事力量以及把領(lǐng)主與名主階級組織成為“御家人”。而且在為期10年的戰(zhàn)火中，源賴朝的非凡的統(tǒng)率力和政治手腕，還鍛煉了這一組織。源賴朝制造借口相繼地消滅了對追剿平氏有大功的骨肉兄弟（皆為異母兄弟）的源義經(jīng)與源范賴。這一方面雖然是為了打倒有可能成為自己競爭者的人，但另一方面也是為了顯示這一點即為確立“御家人”忠于“鐮倉殿”的道德，即使是有大功的骨肉至親，但要叛逆源賴朝也是不容的。