“御家人”服于源賴朝的管理。但他一死（公元1199年）各豪族就恃功互爭(zhēng)權(quán)勢(shì)與領(lǐng)地。北條時(shí)政與其子北條義時(shí)等正面擁立第二代將軍源賴家之母北條政子（源賴朝之妻，北條時(shí)政之女），壓制源賴家，并決定以北條時(shí)政等13人的集體意見來(lái)裁決“御家人”的訴訟。源賴家對(duì)此進(jìn)行反擊，并欲削減各豪族的領(lǐng)地而將其重新分予近臣。

從此，將軍家族內(nèi)部之爭(zhēng)以及北條氏與其他武將們的流血斗爭(zhēng)就混戰(zhàn)不已了。在這場(chǎng)斗爭(zhēng)中，從源賴朝舉兵以來(lái)各豪族的功臣名將梶原景時(shí)、比企能員、畠山重忠與和田義盛等各族相繼被消滅，將軍源賴家的長(zhǎng)子源一幡及源賴家本人都遭殺害。公元1203年，源賴家之弟源實(shí)朝就任第三代將軍。他曾想壓制北條氏以接近京都朝廷并憧憬公家文化。這就引起了擁立他的北條政子們的不滿。北條義時(shí)消滅和田氏，兼任“政所別當(dāng)”（即后來(lái)的“執(zhí)權(quán)”官)與“侍所別當(dāng)”，掌握幕府全權(quán)后，唆使源賴家的遺子源公曉為報(bào)其父之仇，在鶴岡八幡宮殺害了源實(shí)朝。隨后，北條義時(shí)又以殺害朝將軍之罪，殺了源公曉（公元1219年）。源賴朝之子孫就此全絕。被敬畏為尼將軍的北條政子及其娘家的北條氏就篡奪了幕府。

承久之亂

源賴朝死后的20年間，幕府內(nèi)部不斷的斗爭(zhēng)屢屢誘發(fā)了地方武士的大小叛亂，但都被輕易地鎮(zhèn)壓下去。這時(shí)，公家方面，由后鳥羽上皇執(zhí)掌“院”政。他見到幕府的內(nèi)訌與各國(guó)武士的叛亂，認(rèn)為這是推翻幕府的絕妙良機(jī)。后鳥羽院說(shuō)通了南都北嶺的僧兵，依靠公領(lǐng)地與莊園的非御家人的武士，做了舉兵的準(zhǔn)備。當(dāng)時(shí)，源實(shí)朝已死，幕府雖申請(qǐng)迎后鳥羽上皇之子為將軍，上皇拒絕此請(qǐng)，同時(shí)并要求幕府停止在其愛妾

菊的莊園里設(shè)置幕府的地頭?！皥?zhí)權(quán)”官北條義時(shí)堅(jiān)決地駁回了這一要求，并迎源賴朝血統(tǒng)的兩歲的貴族之子為將軍（公元1219年）。

后鳥羽上皇因其寵妾的愿望未能滿足就愈益憎恨幕府，更加致力于準(zhǔn)備舉兵，終于在公元1221年（承久三年）向各國(guó)的武士下達(dá)了剿伐北條義時(shí)的院令。后鳥羽上皇原忖度院令一旦下達(dá)，各國(guó)武士會(huì)望風(fēng)來(lái)此受命，在鐮倉(cāng)也必然會(huì)出現(xiàn)有實(shí)力的內(nèi)應(yīng)。但這不過是對(duì)迂腐的舊天皇制權(quán)威的幻覺而已。

這一時(shí)期在幕府內(nèi)部繼續(xù)著的內(nèi)訌，并不是武家政權(quán)的削弱，而是作為真正的領(lǐng)主與武士階級(jí)政權(quán)進(jìn)行純潔化過程的表現(xiàn)。北條氏并不像平清盛和源賴朝那樣出自值得夸耀的名門，而不過是伊豆島上的一個(gè)小領(lǐng)主。只是憑借其政治洞察力與手腕，當(dāng)身為一介被流放罪人的源賴朝舉起反旗時(shí)，就最先參加，而且以自己的力量構(gòu)筑起了現(xiàn)在的地位。他與關(guān)東大豪族之間的對(duì)抗與斗爭(zhēng)是新型與舊型封建領(lǐng)主之爭(zhēng)，是新型封建領(lǐng)主走向勝利的集中表現(xiàn)。因此，即使在后鳥羽院發(fā)布剿伐北條義時(shí)的院令時(shí)，他們也是充滿自信與勇氣的。北條政子與北條義時(shí)毅然決定要把敵人消滅在他們據(jù)點(diǎn)里。“御家人”牢固地團(tuán)結(jié)在他們的周圍。另一方面，“院”方所依靠的南都北嶺的僧兵和非御家人的武士，只動(dòng)員了不多的人。幕府軍則以北條義時(shí)之子北條泰時(shí)為大將，從鐮倉(cāng)出發(fā)，僅兩三天甚至連堪稱做會(huì)戰(zhàn)的戰(zhàn)爭(zhēng)都未發(fā)生就占領(lǐng)了京都。這就稱之為“承久之亂”。