亂后的處置是嚴(yán)厲的。幕府將后鳥羽上皇流放到隱岐島，在舉兵上態(tài)度消極的順德與二御門二上皇也分別被流放到佐渡與土佐（后來的阿波）。虛歲年僅4歲還不諳世事的仲恭天皇，就因?yàn)槭琼樀律匣手佣粡U（皇位），并于九條殿被幽禁終生。另外，幕府還設(shè)置“六波羅探題”官監(jiān)視皇室，由北條泰時親自當(dāng)?shù)谝蝗蔚奶筋}，同時還任三河以西地區(qū)的總督。

此后，歷代都由北條氏一族任此官職。從此，皇位的繼承也要取得幕府的同意，甚至制定年號也須經(jīng)幕府批準(zhǔn)。幕府還沒收了全國各地三千多處“院”方及其朋黨的貴族、武士和僧侶的領(lǐng)地，并委“御家人”為各該領(lǐng)地的地頭。這稱為“新補(bǔ)地頭”以區(qū)別于源賴朝以來的地頭（稱“本補(bǔ)地頭”）。還按莊園土地每11町步分予1町步的比例撥給新補(bǔ)地頭田地，并令免貢賦及其他負(fù)擔(dān)。這種“免田”隨后就成了地頭蠶食莊園的立足點(diǎn)。

鐮倉幕府的專制與貞永式目

趁承久之亂的良機(jī)，幕府的統(tǒng)治伸向了一直未能染指的皇室與貴族的莊園。幕府壓制朝廷，名副其實(shí)地實(shí)行了武士階級的專政。承久之亂后的公元1224年，北條義時歿，北條泰時任“執(zhí)權(quán)”。在其執(zhí)政的18年間，設(shè)置了次于“執(zhí)權(quán)”的“連署”（官）。建立了由北條氏一門及三善與大江等掌管實(shí)務(wù)的官僚組成的11人的“評定眾”，與“執(zhí)權(quán)”和“連署”一起商討并決定重要政務(wù)。如此，鐮倉幕府就成為以“執(zhí)權(quán)”為首的，以北條氏一門為核心的一種封建領(lǐng)主的專制的權(quán)利。將軍雖如往常仍在京都任職，但較之過去更成為一種單純的牌位了。

在這里確立的武士階級國家，不久就有了自己的憲法。這就是1232年（貞永元年）的《御成敗式目》即(《貞永式目》)五十一條。它是按照武家的“道理”，將“武家的習(xí)俗與民間的法理”加以成文化與體系化。其第一條就規(guī)定修葺神社，鄭重祭祀，并認(rèn)為：“神因人之敬而增威，人因神之德而添運(yùn)?！币簿褪钦f，神與人（武士）有著相互的利益關(guān)系，這是以前所沒有過的思想。大概這還是始終重視以一族的氏神為核心進(jìn)行聯(lián)合的“武家的習(xí)俗”吧。第二條是修理塔寺，崇敬佛門，禁止貪占寺院財(cái)物，認(rèn)為“寺院與神社雖異，崇敬斯同”。第三條以下是以“守護(hù)”與“地頭”等有關(guān)御家人的身份、任務(wù)、權(quán)限、領(lǐng)地的繼承與轉(zhuǎn)讓以及處理其他問題為中心的行政、民事、刑事與訴訟的規(guī)定。

《式目》中還有嚴(yán)厲告誡近年“守護(hù)”與“地頭”侵犯并對抗“國司”、“本所”與“領(lǐng)家”的權(quán)限，而且還扣押貢賦等情的項(xiàng)目。這反映了承久之亂后“守護(hù)”與“地頭”蠶食公領(lǐng)地和莊園等情日趨增多的事實(shí)以及幕府要維護(hù)公家利益的方針。因承久之亂，幕府雖然那么不留情地懲辦了天皇們，但仍不能否定公家本身的存在。這是為什么？其理由：第一，是幕府本身在經(jīng)濟(jì)上仍與公家一樣是依靠莊園制，所以，御家人侵犯了“本所”與“領(lǐng)家”的利益，對幕府也是不利的。第二，是為了聯(lián)合有著各自的領(lǐng)地并以割據(jù)分散為本性的領(lǐng)主階級。正如在《式目》第一條標(biāo)榜崇敬神社那樣，有必要加強(qiáng)聯(lián)合者權(quán)利的精神權(quán)威，作為這種精神權(quán)威，就不能不利用皇室的權(quán)威。而皇室就是也為武家所信仰的諸神中的大神即天照大神的子孫，而且是世襲了這個國家有史以來的最高君主地位的。第三，是為了鞏固北條氏的地位，就必須確立上下的名分與秩序。“守護(hù)”與“地頭”這種對抗上級身份的“本所”與“領(lǐng)家”的思想，不久也就會成為反抗“執(zhí)權(quán)”的了，這是不能容許的。這一切也就是承久之亂后北條氏之所以自己未當(dāng)將軍即使是個裝飾品也不得不迎皇族（或攝關(guān)家）當(dāng)將軍的原因。