當(dāng)然，史學(xué)家追求的歷史真實(shí)不僅指現(xiàn)象的真實(shí)，也指原因的真實(shí)。古往今來(lái)一切有大成就的歷史家都力圖透過(guò)現(xiàn)象認(rèn)識(shí)本質(zhì)，在求得歷史細(xì)部真實(shí)的基礎(chǔ)上發(fā)現(xiàn)歷史各個(gè)細(xì)部之間的內(nèi)在聯(lián)系。但這兩個(gè)認(rèn)識(shí)歷史的過(guò)程從前后順序上講，總是求現(xiàn)象的真實(shí)為先，求解釋的真實(shí)為后。這是因?yàn)檫壿嬎季S中的歸納邏輯的路線是由個(gè)別到一般，而演繹邏輯的展開(kāi)只能在歸納邏輯順利完成之后。所以前者的真實(shí)是實(shí)現(xiàn)后者真實(shí)的前提，歷史細(xì)部的準(zhǔn)確是歷史歸納和進(jìn)一步演繹的先決條件。近代思辨的歷史哲學(xué)家設(shè)計(jì)的形形色色的歷史模式和所謂規(guī)律之所以在現(xiàn)代失去了魅力，就是因?yàn)樗麄兤毡閷?duì)經(jīng)驗(yàn)的歷史缺乏深入細(xì)致的考察，造成體系越大，漏洞越多的弊病。因此，旨在求得現(xiàn)象真實(shí)的實(shí)證方法仍然是史學(xué)研究不可替代的第一道工序。

由于顧誠(chéng)對(duì)南明史各個(gè)細(xì)部（具體的時(shí)間、地點(diǎn)、人物和事件）的實(shí)證與復(fù)原相對(duì)真實(shí)可信，所以顧誠(chéng)的第二道工序－－無(wú)論是對(duì)南明史局部的概括還是全局的概括，便具有了史實(shí)和邏輯的雙重力量，顯示出作者的智慧和洞見(jiàn)。比如他擴(kuò)大了傳統(tǒng)南明史的內(nèi)涵，拋棄了僅著眼于幾個(gè)朱家小朝廷的做法，把大順軍余部、大西軍余部、鄭成功的“?？堋币约捌渌麧h族與少數(shù)民族的抗清斗爭(zhēng)也納入南明史，認(rèn)為如果不是這種抗清力量的大換血，南明政權(quán)根本不可能維持20年之久。 

他堅(jiān)決否定明清的代換具有必然性的成說(shuō)，指出歷史必然性不是上帝的代名詞，它只能通過(guò)人們主動(dòng)的歷史實(shí)踐來(lái)開(kāi)辟行進(jìn)的道路。如果說(shuō)有歷史必然，那也只有一個(gè)，就是社會(huì)要發(fā)展進(jìn)步，其間穿插著迂回曲折。至于統(tǒng)治王朝的更迭則大抵是偶然因素，只不過(guò)人們太習(xí)慣于將既成事實(shí)當(dāng)作歷史必然了。以明為例，自萬(wàn)歷中期以降，覆亡雖不可避免，但有可能接替明的新王朝絕非清一家，大順政權(quán)、孫可望政權(quán)均在可能之列，同時(shí)也不排除長(zhǎng)期分裂的局面。就清而言，八旗兵根本不是什么天兵天將，老弱丁壯不過(guò)十萬(wàn)，力量對(duì)比起初并無(wú)優(yōu)勢(shì)。歷史給了各方同樣的機(jī)遇，甚至給了大順軍更多的有利條件，但在這種“博弈”過(guò)程中抓住機(jī)遇的卻只是清軍，其因在于它的競(jìng)爭(zhēng)者犯了更多和更嚴(yán)重的錯(cuò)誤，用書(shū)中的話(huà)說(shuō)：“漢族各派抗清勢(shì)力的失敗在很大程度上是自己打倒了自己”。作者指出，這樣的錯(cuò)誤通過(guò)歷史創(chuàng)造者的主觀努力本來(lái)是可以避免的，這也正是歷史經(jīng)驗(yàn)和教訓(xùn)具有價(jià)值的原因。如果把既成事實(shí)誤作歷史的必然，那等于說(shuō)封建史籍中所謂“天命眷顧” 的說(shuō)法是合理的了，而借鑒歷史上的成功經(jīng)驗(yàn)、避免重蹈失敗的覆轍也就無(wú)從談起了。從認(rèn)識(shí)論的角度說(shuō)，顧誠(chéng)強(qiáng)調(diào)人的能動(dòng)作用，拋棄傳統(tǒng)機(jī)械決定論的“必然性”，使用了現(xiàn)代統(tǒng)計(jì)決定論的或然性或概率性，這無(wú)疑更符合歷史實(shí)際。 

他一反習(xí)見(jiàn)的認(rèn)識(shí)，將清王朝的建立看作是破壞并阻礙了社會(huì)生產(chǎn)力進(jìn)步、打斷了中國(guó)歷史正常的發(fā)展進(jìn)程的一個(gè)事件，是中華民族內(nèi)部一個(gè)落后的、人數(shù)不多卻又十分驃悍的滿(mǎn)族的上層人士同漢族中最反動(dòng)的官紳地主勾結(jié)在一起，竊取農(nóng)民大起義勝利果實(shí)的產(chǎn)物。其基本論據(jù)為：明中期以前，我國(guó)在世界上處于領(lǐng)先地位。中期以后在科學(xué)技術(shù)等方面雖漸有落后，但到明末為止同西方的差距仍然不大，末代皇帝崇禎還孜孜引進(jìn)西方科技和新知識(shí)。大順軍接管整個(gè)黃河流域也對(duì)社會(huì)生產(chǎn)力幾乎未造成破壞，且狠狠打擊了嚴(yán)重阻礙生產(chǎn)力發(fā)展的貴族官紳勢(shì)力。如果這一勢(shì)頭不被滿(mǎn)族貴族和變節(jié)的吳三桂等漢族官紳打斷，中國(guó)社會(huì)將在明代既定的基礎(chǔ)上實(shí)現(xiàn)較快的發(fā)展，近三百來(lái)年的歷史也許是另一種樣子。而清的建立卻以全國(guó)生產(chǎn)力的大幅度破壞為代價(jià)，穩(wěn)定后的統(tǒng)治雖被人吹捧為康雍乾盛世，但正是在所謂盛世期間，中國(guó)同西方社會(huì)發(fā)展水平的距離越拉越大。換句話(huà)說(shuō)，顧誠(chéng)認(rèn)為明清的易代乃是影響中國(guó)近現(xiàn)代歷史進(jìn)程的一個(gè)重要關(guān)節(jié)點(diǎn)。當(dāng)然，他并不否認(rèn)清王朝的積極歷史作用，即“對(duì)于多民族國(guó)家的奠定起了重要的積極作用?！睆亩苊饬苏J(rèn)識(shí)的偏頗。