明后期的黨爭是統(tǒng)治集團(tuán)內(nèi)部矛盾激化的表現(xiàn)，它貫串于萬歷以后整個(gè)政治生活中，一直延續(xù)到南明。崇禎在位的十七年間黨爭基本上限于在朝、在野的官紳當(dāng)中；弘光以后軍閥勢(shì)力介入，朝中文臣往往以武將為靠山，使黨爭變得更加復(fù)雜尖銳。在一定意義上可以說，黨爭是導(dǎo)致明朝滅亡的一個(gè)重要原因。

南明第一個(gè)朝廷——南京政權(quán)從醞釀建立開始，就發(fā)生立福、立潞的爭議，所謂“立賢”、“立親”不過是表面文章，實(shí)質(zhì)上是不同利益集團(tuán)為爭奪新政權(quán)壟斷地位的一場爭斗。弘光即位的時(shí)候，全國已處于四分五裂的狀態(tài)，清朝、大順、以至張獻(xiàn)忠的大西政權(quán)都面臨一個(gè)爭取人才為己所用的問題，弘光政權(quán)也不例外。在爭取人才方面，史可法是比較清醒的，當(dāng)五月初起草監(jiān)國詔書時(shí)，原稿起用廢臣一款內(nèi)有“除封疆（指任職期間所管地方失守）、逆案、計(jì)典、贓私不準(zhǔn)起用”一語，他認(rèn)為“國事之?dāng)姆浅＃瞬胖畢R征宜廣，未可仍執(zhí)往時(shí)之例”，把這句話刪去。一兩天后正式發(fā)布時(shí)，連史可法也不知道是怎么回事，仍照原本發(fā)出。后來史可法上言又引馬士英奏曰：“監(jiān)國詔書，據(jù)閣臣史可法疏謂，逆案等事俱抹去，而呂大器添入之。是以戎臣而增減詔書也?！笨傊?，集中于南京附近江浙人文薈萃之地的一批官僚（他們大多是東林—復(fù)社人士）有一個(gè)如意盤算，一方面趁北都陷沒，朝臣除極少數(shù)“死節(jié)”以外幾乎都投降了大順政權(quán)成為“從賊偽官”；一方面又以不準(zhǔn)起用“逆案”等舊例為理由阻擋另一批在野官紳入仕，這樣可以為自己控制從中央到地方的全部要津鋪平道路。由于歷史的原因，他們擔(dān)心福王朱由崧即位可能掀翻逆案，使自己在政治上失勢(shì)。朱由崧不得不憑借四鎮(zhèn)武將的支持登上帝位，由此形成武將無功封爵、跋扈自雄的局面。四鎮(zhèn)的遙控朝政，使東林—復(fù)社黨人壟斷朝政的圖謀遭到重大挫折，這本來是他們自己種下的苦果。然而，一貫以清流自命的東林—復(fù)社骨干從來不肯承認(rèn)自己私心自用，而是集中火力攻擊投機(jī)取巧的馬士英和他援引的阮大鋮，似乎事情全壞在馬阮亂政，掀翻逆案，正人君子連袂而去，眾小翩翩入朝，終于導(dǎo)致南京弘光政權(quán)的覆亡。這種觀點(diǎn)由黃宗羲創(chuàng)立的浙東史派發(fā)揚(yáng)光大，流傳三百多年，至今尚未廓清。

弘光初立的時(shí)候，大臣多是東林—復(fù)社人士心目中的正人君子。這種局面沒有維持多久，姜曰廣、高弘圖、張慎言、劉宗周等人相繼被排擠出朝。然而，這并不是掀翻逆案的結(jié)果，直到弘光朝廷覆亡，列名魏忠賢逆案中的人物極少起用。何況，弘光朝廷面對(duì)的是“大順”和清方，起用不起用逆案官紳無關(guān)大局。清兵進(jìn)入北京后留用大批降闖官員、禮聘逆案首魁馮銓，是其成功之策，而不是失敗之著。弘光朝廷內(nèi)部矛盾醞釀和激化始終是圍繞“定策”問題展開的。就東林—復(fù)社骨干人士而言，本意是從幫派利益出發(fā)反對(duì)迎立福王，福王既立，“天位已定”，東林—復(fù)社骨干人士希望破產(chǎn)。四鎮(zhèn)和及時(shí)轉(zhuǎn)舵的馬士英以定策之功自詡，洋洋得意。東林—復(fù)社人士妬意倍增，他們既不敢把矛頭指向“當(dāng)今皇帝”，只好把馬士英作為攻擊的靶子。

馬士英固然不是救時(shí)之相，但把他打入另冊(cè)，列入《明史》奸臣傳是毫無道理的。至于把他同阮大鋮掛在一起稱之為“閹禍”更是無中生有。馬士英熱衷于權(quán)勢(shì)，這在明末官場上是一種極為普遍的現(xiàn)象。在政治態(tài)度上，他原來傾向于東林—復(fù)社，陳子龍自撰年譜云：“貴陽（指馬士英），先君同籍也，遇予亦厚。其人儻蕩不羈，久歷封疆。于門戶之學(xué)，非素所深研也?！倍诺谴骸渡缡率寄氛f：“南中建國，貴陽馬士英為婁東（指復(fù)社首領(lǐng)張溥）好友，一時(shí)擁戴竊柄，甚引重東林，起用錢（謙益）、徐（）、陳（子龍）、夏（允彝）諸君子?！瓘?fù)社中失節(jié)者（指在北京投降大順政權(quán)）貴陽陽加嘆恨，陰為矜憐，悉欲置末減。及福藩恣用私人，搜羅珰孽，而阮大鋮輩盡起而謀國是，外則附貴陽以招權(quán)納賄，內(nèi)則實(shí)為珰人翻局之計(jì)?！睎|林—復(fù)社人士抨擊馬士英最激烈的是他起用阮大鋮。由于阮大鋮名列崇禎初魏忠賢逆案，于是把掀翻逆案作為馬士英的一條主要罪狀，全線出擊。然而，這條罪名能否成立很值得研究。