我們每個人都從我們的祖先那里繼承了DNA，這意味著遺傳學(xué)家可以通過比較每個在世的人的DNA，利用畫族譜的方式追溯到人類最近的共同祖先。但事實(shí)上，由于你身體里的DNA有一半來自你母親的家族，另一半則來自你父親的家族，這使得破解遺傳信息困難到了不可能的地步。

遺傳學(xué)家們找到了一個巧妙的方法繞開這一問題，這就是關(guān)注線粒體DNA。線粒體DNA不像大多數(shù)DNA那樣有性繁殖，而是僅通過母本繼承（男性繼承他們母親的線粒體DNA，卻不遺傳下去）。我們曾經(jīng)一度擁有相同的線粒體DNA，所以線粒體DNA在你我身體中的任何不同一定是偶然變異的結(jié)果，而不是通過有性繁殖導(dǎo)致的。

1987年，遺傳學(xué)家麗貝卡·卡恩（Rebecca Cann）領(lǐng)導(dǎo)的小組發(fā)表了一項(xiàng)研究，研究全世界在世的人的線粒體DNA。他們在數(shù)據(jù)中區(qū)分了大約150種類型的線粒體DNA，并且意識到不管他們怎樣處理統(tǒng)計數(shù)據(jù)，總會得到三個關(guān)鍵結(jié)果：第一，非洲比世界其他地方基因更為多樣；第二，世界其他地方基因多樣性僅僅是非洲基因多樣性的子集；第三，最深遠(yuǎn)也就是最古老的線粒體DNA譜系都來自非洲。 他們很自然地得出這樣一個結(jié)論：世界上所有人共有的最近一個女性始祖一定曾經(jīng)生活在非洲—這個女性始祖被冠名為“非洲夏娃”。通過卡恩和她的同事的觀察，“非洲夏娃”是個“幸運(yùn)的母親”。在對線粒體DNA的變異率進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)估測后，他們得出結(jié)論，“非洲夏娃”生活在20萬年以前。

整個20世紀(jì)90年代，古人類學(xué)家們就卡恩小組得出的結(jié)論爭論不休。有些學(xué)者質(zhì)疑他們的方法（制作族譜的方式有成千上萬種，理論上一樣有效），也有些學(xué)者質(zhì)疑他們的證據(jù)（在最初的研究中，大多數(shù)“非洲人”事實(shí)上是非洲裔美國人），但是不管是誰重做樣本和數(shù)據(jù)，得到的結(jié)果都大致相同。唯一確實(shí)的變動是將“非洲夏娃”的生活年代后推到了距今15萬年前。問題的解決在于，20世紀(jì)90年代末，當(dāng)技術(shù)的進(jìn)步允許遺傳學(xué)家們檢驗(yàn)Y染色體上的核DNA時，“非洲夏娃”有了伴侶。同線粒體DNA一樣，Y染色體上的核DNA是無性繁殖的，但僅通過父本遺傳。研究發(fā)現(xiàn)，Y染色體上的核DNA同樣在非洲有最豐富的多樣性和最深遠(yuǎn)的譜系，這些證據(jù)指向一個生活在6萬~9萬年前的“非洲亞當(dāng)”和一個大約在5萬年前的非非洲變種祖先①。基因數(shù)據(jù)似乎完全支持這樣一個論斷：每個今天在世的人都是非洲人的后代，沒有人的血管里流淌著尼安德特人或者北京猿人的血液。

但是有些古人類學(xué)家還是不予置信，堅持認(rèn)為遺傳學(xué)的可信度不如他們觀察到的西方智人與尼安德特人、東方智人與直立人骨骼上的近似度。他們提出一個“多區(qū)域模型”以取代“走出非洲”模型。他們不情愿地承認(rèn)，或許人類最初的蹣跚學(xué)步確實(shí)發(fā)生在非洲，但是在此之后，在非洲、歐洲和亞洲間的人口遷移造成了快速的基因流動，某個地區(qū)有益的基因變異很快在幾千年內(nèi)到處擴(kuò)散。結(jié)果是，略有差異的現(xiàn)代人類在世界幾個地方同時分別進(jìn)化。這可以同時解釋骨骼和基因的證據(jù)，同時也意味著，東方人與西方人在生物學(xué)上確實(shí)是不同的。

和許多理論一樣，多區(qū)域分別進(jìn)化理論是模棱兩可的。有些中國科學(xué)家堅稱，中國是個例外，因?yàn)檎纭吨袊請蟆罚–hina Daily）所載的：“現(xiàn)代中國人類發(fā)源自現(xiàn)在中國的所在區(qū)域，而不是非洲。”