航空業(yè)員工懷疑聯(lián)盟會(huì)使他們失去工作，或擔(dān)心工資福利降低。例如，SPA（天合聯(lián)盟)成員的一些員工就擔(dān)心，天合聯(lián)盟一些高成本的航空公司成員會(huì)把一些活動(dòng)轉(zhuǎn)移到韓國(guó)航空運(yùn)營(yíng)商，這樣可以受益于相當(dāng)?shù)偷某杀窘Y(jié)構(gòu)和更有利的勞工條約。53他們認(rèn)為，這樣做的后果會(huì)對(duì)在法國(guó)的雇員和總部設(shè)在發(fā)達(dá)國(guó)家（如美國(guó)的公司雇員）的公司員工造成失去工作和高工資的風(fēng)險(xiǎn)。

許多聯(lián)盟正在遭受不穩(wěn)定的痛苦，就是因?yàn)橐粋€(gè)或多個(gè)合作伙伴把聯(lián)盟作為過(guò)渡安排，他們?cè)诘却粋€(gè)更好的替代機(jī)會(huì)。

例如，SAS和新航，曾經(jīng)是分別是優(yōu)飛聯(lián)盟和全球卓越聯(lián)盟的成員，他們放棄這些聯(lián)盟而加入星空聯(lián)盟。維持合作關(guān)系受到的挑戰(zhàn)非常嚴(yán)重，以至于在2003年，跨大西洋的航空公司聯(lián)盟——西北航空公司和荷航的聯(lián)盟維持了14年的合作運(yùn)行，竟成為最持久的聯(lián)盟關(guān)系。54隨著非股權(quán)聯(lián)盟會(huì)表現(xiàn)出較高的瓦解可能性，航空公司聯(lián)盟不穩(wěn)定的情況也各不相同。

在聯(lián)盟管理中，其關(guān)鍵問(wèn)題包括：組建聯(lián)盟之前的準(zhǔn)備工作不夠充分；樂(lè)觀預(yù)測(cè)潛在的收益；合作伙伴之間的不相容；關(guān)系管理不善，即使是小問(wèn)題的談判，付出的決策成本也過(guò)高，甚至合作伙伴的承諾和服務(wù)水平輕微的變化都需要經(jīng)過(guò)談判決定。對(duì)于缺乏足夠的準(zhǔn)備，一個(gè)觀察員曾經(jīng)這樣指出，“聯(lián)盟有點(diǎn)像是婚姻，企業(yè)經(jīng)常在許多問(wèn)題上看法一致，以為他們已經(jīng)有了一個(gè)共同的基礎(chǔ)，然后最可能出現(xiàn)的是，事情從開(kāi)始就已經(jīng)出錯(cuò)?！?5瑞航首席執(zhí)行官菲利普?布魯季索的看法是，“人們說(shuō)聯(lián)盟總是在浪費(fèi)時(shí)間?；税胩鞎r(shí)間去討論一些小事，我們都在為同樣的事情戰(zhàn)斗，這就是不合并。當(dāng)你不再是獨(dú)立的時(shí)候，你就得不斷地與別人談判?！?6

聯(lián)盟成員在服務(wù)跨越方面的變化是另一個(gè)被關(guān)注的地方，尤其是代碼共享聯(lián)盟。在達(dá)美航空公司和維珍航空公司之間的互換機(jī)位協(xié)定協(xié)議就存在這類差異，比如有的達(dá)美客戶并不喜歡維珍的服務(wù)概念，而卻要乘坐維珍公司運(yùn)營(yíng)的共同代碼航班旅行。在這方面，一位業(yè)內(nèi)分析師指出，“聯(lián)盟不是建立一個(gè)無(wú)縫服務(wù)產(chǎn)品的膠水?！?7