在大部分起義軍渡河進(jìn)入山西以后，陜西的農(nóng)民起義并沒有消沉下去，有好幾支起義軍仍然在當(dāng)?shù)貓?jiān)持斗爭(zhēng)。崇禎四年九月，神一魁重新起義，占領(lǐng)了寧塞縣城。不久發(fā)生內(nèi)亂，神一魁被部將黃友才等殺死。十一月，譚雄部起義軍兩次攻入安塞縣。明陜西總督洪承疇派副總兵曹文詔圍攻寧塞的黃友才部，自己帶著副總兵李卑會(huì)合總兵王承恩往攻安塞。這時(shí)，一座城、一朵云、薛紅旗等率起義軍三千多人，從魚河川（在榆林縣境）出發(fā)，突然進(jìn)抵安定城下?！俺侵胸毭窈薷蝗恕?，為之內(nèi)應(yīng)，起義軍遂克安定(43)。明總兵王承恩到達(dá)安塞后，誘殺譚雄等五人(44)，移兵進(jìn)攻安定，起義軍被迫撤走。與此同時(shí)，混天猴部義軍攻克甘泉縣，奪得餉銀十萬(wàn)八千兩，處死知縣郭永圖。河西兵備道張?jiān)实且脖粨魯?45)。接著，這支起義軍又攻克葭州，兵備道郭景嵩斃命。陜西總督洪承疇急忙檄調(diào)曹文詔、張全昌部合剿。五年正月，混天猴派部卒偽裝米商進(jìn)入宜君縣，乘夜里應(yīng)外合奪取了縣城。接著又占領(lǐng)了保安、合水二縣。

這個(gè)時(shí)候，原屬神一魁部下的郝臨庵、劉六（劉道江）、可天飛等部也在甘肅慶陽(yáng)、環(huán)縣一帶重新起義，四出攻擊，一時(shí)活躍得很。崇禎四年十二月，黃友才和劉五、郝臨庵、可天飛等部圍攻環(huán)縣，明署縣印同知趙應(yīng)蘭驚惶無(wú)措，自縊身死。洪承疇調(diào)甘肅總兵楊嘉謨、寧夏總兵賀虎臣來(lái)救。黃友才被官軍火銃擊死，可天飛和郝臨庵率領(lǐng)部眾撤往甘肅環(huán)縣以北，地名東川、西川的高山深澗地帶。崇禎五年二月，可天飛、郝臨庵又圍攻慶陽(yáng)府城。洪承疇派臨洮總兵曹文詔領(lǐng)兵來(lái)救。三月十三日，曹文詔和甘肅總兵楊嘉謨，同起義軍作戰(zhàn)于西壕，起義軍大敗，犧牲了一千多人(46)。四月，不沾泥張存孟在西川設(shè)立十七哨六十四寨，領(lǐng)兵進(jìn)攻米脂、葭州。明延綏巡撫張福臻、陜西總兵王承恩等統(tǒng)馬、步兵三千與洪承疇會(huì)合，向起義軍發(fā)起猛攻。不沾泥戰(zhàn)敗，和劉民悅一起被官軍俘斬于綏德。七月，混天猴也被明軍馬科部擊殺于延水關(guān)。

官軍依仗優(yōu)勢(shì)兵力，屢次擊敗留在陜西的起義軍?？偠胶槌挟牎㈥兾餮矒峋殗?guó)事、巡按御史金蘭等即抓緊時(shí)機(jī)，部署對(duì)起義軍設(shè)在鐵角城一帶的基地（今甘肅環(huán)縣北）進(jìn)行圍剿。鐵角城山高溝深，形勢(shì)險(xiǎn)要，歷來(lái)是官府統(tǒng)治薄弱的地方。郝臨庵、可天飛等部長(zhǎng)期在這里“分地耕牧”(47)，“為持久計(jì)”(48)。崇禎五年八月，洪承疇一面調(diào)集大軍進(jìn)剿，一面派出間諜“借招撫為名，前赴各賊營(yíng)，授以密計(jì)，與以重賞，潛行反間，令其以賊殺賊?！?49)農(nóng)民軍勢(shì)不能敵，一些動(dòng)搖分子紛紛投降。其中如白廣恩率部投降后，立即充當(dāng)了明政府鎮(zhèn)壓農(nóng)民起義的劊子手。他領(lǐng)著官軍直奔起義軍首領(lǐng)可天飛（何崇謂）的營(yíng)地何家老寨，可天飛不幸陣亡。叛徒白廣恩用起義農(nóng)民的鮮血，換得了自己的加官晉級(jí)，后來(lái)一直升到總兵，明亡前夕朱由檢還授予他蕩寇將軍的稱號(hào)。十月，新任延綏巡撫陳奇瑜派總兵王承恩，往剿一座城、薛紅旗部起義軍。一座城被叛徒喬六郎所殺，薛紅旗和一字王（拓先靈）也在骨都寺為明靖邊兵備道戴君恩擊殺。十一月，曹文詔等部官軍追剿郝臨庵、獨(dú)行狼部于陜西耀州錐子山，起義軍敗北，撤入鳳凰山。監(jiān)軍道樊一蘅見山險(xiǎn)難攻，派間諜進(jìn)入起義軍中，引誘不穩(wěn)定分子殺害郝臨庵、獨(dú)行狼，拿著他們的首級(jí)向官軍投降。這時(shí)，洪承疇以為大勢(shì)已定，就食言自肥，從投降人員中拉出四百名所謂“猙獰慓悍者”慘加殺害，充分暴露了反動(dòng)統(tǒng)治者的陰險(xiǎn)狡猾(50)。至此，在陜西堅(jiān)持斗爭(zhēng)的各支起義軍，基本被明政府血腥鎮(zhèn)壓下去。據(jù)明巡按御史范復(fù)粹崇禎六年的奏報(bào)，陜西起義軍在作戰(zhàn)中被殺的有三萬(wàn)六千六百多人。至于一般群眾遭到官軍殺戮蹂躪的更是不計(jì)其數(shù)。

陜西的農(nóng)民起義一時(shí)沉寂了下去，而進(jìn)入山西的起義軍卻越戰(zhàn)越強(qiáng)。他們象決堤的洪水一樣，沖入明帝國(guó)的腹心地區(qū)，把農(nóng)民革命逐漸推向高潮。