陜西的起義農(nóng)民被淹沒在血泊中后，明廷即著手加強山西的圍剿力量。崇禎五年十二月初七日，臨洮總兵曹文詔奉命和部將馬科、曹變蛟等人一道，帶領(lǐng)“逐一挑選、屢經(jīng)戰(zhàn)陣”的馬步兵丁三千五百人由甘肅慶陽開拔，經(jīng)潼關(guān)渡河，前往“山西蒲州、河津賊聚等處，轉(zhuǎn)至平陽、潞安一帶各賊四犯地方”(51)。明廷對曹文詔部入晉會剿寄予很大希望。朱由檢親自批準給他先加升一級，授權(quán)“節(jié)制秦，晉諸將?！?52)馬科、曹變蛟等也分別升官以資鼓勵。統(tǒng)治者希冀把陜西的戰(zhàn)果擴大到山西，一場圍殲山西起義軍的戰(zhàn)斗就要開始了。

為了對付鏖集山西的官軍，起義軍采取了避實就虛的策略。崇禎六年正月，他們東跨太行山進入畿輔地區(qū)，出現(xiàn)在順德（今河北省邢臺地區(qū)）、真定（今正定）兩府境內(nèi)。這使明政府深感不安。給事中孟國祚上言說：

“畿南咽喉重地，順德為大平原，千里直走京師，非有河山為之蔽也。今晉有曹文詔、張應昌；豫有左良玉、鄧玘，賊將何之乎？昔之秦驅(qū)于晉，晉驅(qū)于豫者，今轉(zhuǎn)而驅(qū)之順德矣?！?53)

為了堵御起義軍進入畿南平原地帶，保護京師的安全，明廷急忙抽調(diào)通州兵二千，昌平兵二千，會同保定總兵梁甫部八千人，配合大名兵備道盧象升和山西官軍夾剿。

在同官軍作戰(zhàn)中，起義軍充分發(fā)揮了流動作戰(zhàn)的優(yōu)越性，他們在晉、冀、豫三省接境地區(qū)不斷轉(zhuǎn)移，避開官軍的重兵，相機出擊。這就使官軍處于被動挨打的地位，統(tǒng)治階級內(nèi)部的矛盾也激化了。兵部指責“河南不塞太行之險，揖賊使入，不得無罪?！?54)河南的鄉(xiāng)紳們向朝廷請求，由陜西總督洪承疇兼管山西、河南軍務。兵部同意了這個方案，認為可以統(tǒng)一事權(quán)，防止各省互相推諉，便于全面部署對起義軍的圍剿。兵部還建議洪承疇移駐三省交界的潼關(guān)，監(jiān)制山西、河南二巡撫和曹文詔、鄧玘、張應昌三總兵。可是，這時朱由檢還不愿意讓臣下掌握較大的權(quán)力，沒有同意。他把起義軍活躍于三省歸咎于官軍作戰(zhàn)不力，派太監(jiān)陳大奎、閻思印、謝文舉、孫茂霖為內(nèi)中軍，分別出任曹文詔、張應昌、左良玉，鄧玘四鎮(zhèn)的監(jiān)軍。這件事進一步暴露了朱由檢獨夫民賊的反動本質(zhì)。他的統(tǒng)治越是不穩(wěn)，就越不相信人。在他看來，太監(jiān)是自己身邊的親信，派到軍中充當耳目，可以防止文武官員的欺蒙。實際上，宦官們擅長的只是巧言令色騙取皇帝的信任，借以招權(quán)納賄。在軍事上他們完全是外行。所謂“監(jiān)紀功過”，不過是給他們提供一個發(fā)財?shù)臋C會罷了。地方上的文武官員，為了讓他們在皇帝面前說點好話，從貪污所得中分給一些油水，也就串通一氣，互為表里了。以懲治閹黨而一度博得好評的朱由檢，在失望之余，終于走上了萬歷、天啟兩朝重用宦官的老路。

起義軍在畿南地區(qū)同官軍作戰(zhàn)互有勝負。由于當時起義農(nóng)民的力量還敵不過官軍，華北大平原上又無險可據(jù)，在朝廷逐漸加強這一帶防守力量以后，起義軍就轉(zhuǎn)入太行山區(qū)。明潞王分封在衛(wèi)輝府（府治在河南汲縣），他眼看農(nóng)民軍在豫北的力量越來越大，封地岌岌可危，乃上疏告急，請求朝廷“早行剪薙，毋輕視賊?！?55)朱由檢特命倪寵、王樸任總兵，太監(jiān)楊進朝、盧九德為監(jiān)軍，統(tǒng)京營兵六千往豫北征討義軍。官軍倚仗優(yōu)勢兵力，逐漸把起義軍主力壓縮在河南省的黃河以北地區(qū)。明政府以為北有重兵，南扼大河，可以把起義軍消滅在這里。