6月4日，衫村急電東京，報告：“昨夜在袁世凱敦促下，朝鮮政府正式交付了請求清國出兵的公文。清國北洋水師威海衛(wèi)基地已經出航四艘軍艦駛向天津，為赴朝清兵的商船護航，日本政府應迅速對應派遣軍隊進駐朝鮮?！鼻鍑畬Τr事態(tài)的快速反應，引起日本政府的高度警覺，政府根據臨時內閣會議作出的出兵議案，決定搶先完成在朝鮮的軍事部署。

6月5日，日本戰(zhàn)時大本營在參謀本部內設立，下達向朝鮮增派混成旅團的動員令。歸國休假中的駐朝公使大鳥圭介，依照政府對朝鮮的既定方針，緊急湊集70名海軍陸戰(zhàn)隊員趕赴朝鮮。在仁川港與停泊在那里的5艘日艦匯合，臨時從各艦抽調海軍隊員加入先遣陸戰(zhàn)隊，組成總員488名的臨時戰(zhàn)斗序列，趕往京城日本領事館。伊藤首相考慮到日清兩國外交上的均衡，不贊成派遣大規(guī)模軍隊赴朝。但軍方強硬派主張必須打敗清國在朝鮮的軍事力量，雪“甲申事變”日本敗北之恥，把清國勢力趕出朝鮮。伊藤對清國一貫的弱勢外交，在國會內早已讓許多人感到厭倦，正在組織力量試圖推翻伊藤內閣。伊藤沒有別的選擇只能順應軍方的要求，采取承諾對應的立場。

6月12日至18日，混成旅團第一批先發(fā)部隊完成了仁川登陸的軍事行動。23日混成旅團主力包圍京城，28日混成旅團全部登陸完畢，兵員增至8,000名，超過牙山清軍2,000名的兵力數量。在清日兩國朝鮮出兵問題上，日本的情報準確、對應迅速、兵力占明顯優(yōu)勢。從地理位置上來看，清軍駐防牙山偏僻之地，孤兵獨處，前后無援。日軍駐防京城，兵臨城下控制京畿，朝鮮近海日艦巡航警戒，兩國第一輪軍事對峙日本占據了絕對優(yōu)勢。

外交紛爭

清國出兵朝鮮的決定，啟動了清日兩國十年前簽訂的《天津條約》中之約定，“今后朝鮮國若有重大變亂事件，清日兩國如要派兵，須事先相互行文知照?！?月6日，外務省電信課截獲李鴻章指示駐日公使汪鳳藻，知會日本政府清國出兵的電報。6月7日，清國駐日公使汪鳳藻向日本外相遞交照會公文，文中聲明：“此番清國派兵援助朝鮮乃我朝保護屬邦之舊例，清國政府依據1885年清日《天津條約》中第三條規(guī)定，特知會日本政府。”

日本外相立即回復照會：“承知貴國出兵朝鮮，但日本歷來不承認朝鮮是清國屬國。日本政府為應對朝鮮之亂，保護本邦在朝居民安全，也準備向朝鮮派出若干軍隊。”9日，清國總理衙門再致照會日本：“清國保護屬國之行動，乃應朝鮮政府鎮(zhèn)定國內民亂之請求。然貴國派兵僅為保護居留民安全，故無需派遣大軍入朝并不得進入朝鮮內地。”日本拒絕了清國的要求，表示“日本派遣軍隊入朝，是根據日朝《濟物浦條約》主旨以及日清《天津條約》之約定，屬于條約分內之舉動與清國的主張無關。”日本為介入朝鮮事務的軍事行動，牽強附會制造了出兵的“合理名分”。

全州陷落，清日兩國出兵，在國內外政治軍事壓力下，6月10日朝鮮宮廷向農民軍妥協，命全羅監(jiān)司金鶴鎮(zhèn)與農民軍談判。雙方達成《全州和議》，政府承諾了農民軍的要求。（1）停止迫害起義者和東學教徒，政府與東學黨人合力維持社會秩序。（2）查明貪官污吏的罪行，加以嚴懲。（3）嚴懲橫暴富豪。（4）嚴懲不良儒林兩班。（5）燒毀奴婢文書。（6）改善七種賤民待遇，不得強制白丁戴平壤笠。（7）許青年寡婦再嫁。（8）廢除一切擾民的苛捐雜稅。（9）任用官吏打破門閥界限，錄用人才。（10）嚴懲私通日本者。（11）取消一切公私債務。（12）土地應平均分配。合約達成后，農民軍退出全州城，解散返回故里。

日本派大軍入朝震驚了清國朝廷，命令袁世凱盡快通過外交途徑尋找退兵方案。袁世凱驚恐之極，生怕自己的過失給清國釀出被動戰(zhàn)事，也想極力挽回不利局面。6月15日，袁世凱和大鳥會談，雙方達成“即時同時撤兵”的約定。就在大鳥準備在合意書上簽字時，衫村代理公使提出，撤兵條約應報本國政府知曉的建議，大鳥因此暫緩簽字。清日兩國駐朝公使代表，早期確實尋求過用外交手段解決朝鮮問題的做法，原因是大鳥公使那時并不了解伊藤和陸奧欲取朝鮮的戰(zhàn)略意圖。