朱祐樘是中國歷史上僅有的兩位保持一夫一妻生活的皇帝之一。一生除了張皇后外再無嬪妃。但物極必反，不但張皇后本人好奢華，張皇后的兩個哥哥--張延齡與張鶴齡，更成了弘治朝至正德朝一霸。朱祐樘曾不顧“祖制”約束，為這哥倆在京城開商號，等于默許他們搞“官倒”。這哥倆的主要惡行，除了搶男霸女外，就是大肆圈占土地。對他們的行為，朱祐樘有時候也采取一些啼笑皆非的處理方法：一次大理寺核查土地，秉公處理了張家兄弟強(qiáng)搶民田的案子，張皇后聞訊大怒，跑到朱祐樘處哭鬧。結(jié)果朱祐樘耍起了“兩面派”，先在張皇后面前假裝生氣，斥責(zé)大理寺辦案不公，等著把張皇后哄高興了，趕快偷偷派太監(jiān)去大理寺傳旨，內(nèi)容很荒唐：“這次核查土地，你們做得對，每人賞白銀一百兩。但是我今天夸獎你們的事，一定一定要保密啊，千萬不能讓皇后知道??！”包庇外戚也成為其政治污點(diǎn)之一。

朱祐樘的另一大弱點(diǎn)，就是偏聽偏信，雖然有“納諫”的美名，但他的“納諫”是有底線的，一是不能批評他父親當(dāng)年的行為，二是不能牽涉他所信任的宦官。前者如他登基初最信任的老臣王恕，僅因為王恕寫了本書，標(biāo)榜自己在朱見深時代直言進(jìn)諫的光榮事跡，并委婉批評朱見深的過錯，接著就被朱祐樘打發(fā)回家養(yǎng)老了。后者如弘治五年（1492）著名的“兩京之獄”，南京和北京的言官們，集體彈劾南京鎮(zhèn)守太監(jiān)蔣琮等人的貪贓枉法行為，本來朱祐樘還猶豫不決，但蔣琮對朱祐樘辯解說：“這些御史們，就知道彈劾皇宮里的人，從來就不知道彈劾文官?！币痪湓捑图て鹬斓v樘怒火，接著作出了一個極不公正的處理：所有涉案的宦官，一律無罪，所有涉案的言官，輕則降職，重則罷免！《明史》上對此的評價是：從此言路漸稀。

朱祐樘執(zhí)政最大的失策，就是忽略了對兒子朱厚照的培養(yǎng)。作為朱祐樘的獨(dú)苗，當(dāng)時的太子，后來的明武宗朱厚照，在朱祐樘執(zhí)政時代最大的毛病，就是貪玩。朱祐樘在世時，講官吳寬就給朱祐樘訴苦說：“東宮的講學(xué)，太子經(jīng)常曠課，而且伺候太子的太監(jiān)們，更巧立名目，幫太子偷懶。”而當(dāng)時幫朱厚照偷懶的幾位宦官，便是后來把持朝政，以“九千歲”劉瑾為首的“八虎”。