朱厚熜即位后，改年號為“嘉靖”，他執(zhí)政早期的大事件，最為出名的就是“大禮儀”之爭，即朱厚熜抗拒明朝皇室法統(tǒng)，拒絕認明孝宗朱祐樘為父，堅持要給自己已故的父親興獻王追贈皇號，因此引發(fā)了他與朝臣們長達十數(shù)年的政治斗爭，無數(shù)官員罷官去職。

朱厚熜登基早期，因“大禮儀”之爭，朝野內(nèi)耗不斷，但國家政治卻平穩(wěn)運行，民生穩(wěn)定正是根本。他除了革除堂兄朱厚照在位時的弊政，為朱厚照執(zhí)政期間獲罪的大臣恢復名譽，遏制宦官權力，嚴懲朱厚照時代的諸多“權奸”外，他做的極其重要的一個改革，就是整頓皇莊，即皇室直接掌握的莊田。從明英宗朱祁鎮(zhèn)在位時代開始，由于宦官勢力的膨脹，皇莊已經(jīng)成為明朝土地兼并的源頭，宦官們借著“皇莊”的名義濫收租稅，侵占土地。從嘉靖二年（1523）開始，朱厚熜對皇莊進行整頓，將原本由宦官管理的皇莊，除少數(shù)改為養(yǎng)蠶場外，盡數(shù)改為官田，并分配給農(nóng)民耕種，減免賦稅。此舉極大緩和了朱厚照時代極度尖銳的土地矛盾。

朱厚熜登基初期的另一個重要舉措，就是整頓“公費支出”。一是減免皇室對地方的征派，召回朱厚照時代遍布全國的鎮(zhèn)守太監(jiān)，縮減宮廷的消費預算。嘉靖初期的財政預算，居然比朱厚照時期縮減了百分之九十。二是整頓政府公務支出，尤其是驛站公務開支，頒布嚴格條令，禁止皇室子弟在驛站公款消費，并對地方各級政府的公務開支，都做了極其細化的規(guī)范。特別狠的一條是，如果所在府衙的財政支出，違反了國家的財政規(guī)定，那么超支的部分，則要由官員本人退賠。在朱厚熜登基的第一年，明王朝相繼發(fā)生了江南水災與甘肅叛亂等事件，但是國家的財政支出，卻比朱厚照執(zhí)政時代減少了近一倍。

朱厚熜非常自信，而他最不能容忍的，就是有大臣挑戰(zhàn)他的自信。嘉靖六年（1527），陽明心學開創(chuàng)者、大儒王陽明受命平定兩廣叛亂，事后給朱厚熜寫報告，文中表功說“經(jīng)過自己的努力，兩廣的叛亂已經(jīng)全部平定，百年之內(nèi)不會再發(fā)生戰(zhàn)爭”，朱厚熜看過后非但不喜，相反大怒，在批復中大罵王陽明狂妄自大。而終其一生，對于大臣們，他都保持著這種近乎狹隘的猜忌。