正式訓(xùn)政開始后的當(dāng)天晚上，楊崇伊到天津向榮祿出示訓(xùn)政之詔。一看老太后那邊動(dòng)手了，榮祿即將袁世凱招來，三人商議，想保全皇帝也不行了，而且再不揭密譚嗣同之事，自身不保。與其等著人家揭露，不如自己先裸。于是著楊崇伊于9月22日乘11時(shí)20分的專列離津回京。本來當(dāng)天早晨有令停止京津火車，以便捕拿逃逸的康有為。但楊崇伊一介御史，竟然能打破禁令乘專列回京，肯定是負(fù)有重要使命，那就是受榮祿之托向太后告密。粗略估算，太后應(yīng)在當(dāng)晚前后得到密報(bào)。據(jù)說，當(dāng)天太后還單獨(dú)審問光緒一次，應(yīng)該是得到密報(bào)后，娘倆親自對質(zhì)上了。9月23日，慈禧太后才有了大動(dòng)作：第一，在勤政殿舉行訓(xùn)政典禮。所謂的典禮，更像審判廳。慈禧拿出了查抄的各種信件，其中有楊銳、林旭依據(jù)皇帝旨意催促康有為離京的信函。太后問是誰的主意，光緒說是楊銳的主意；又問圍園弒母一事，光緒說不知道。太后大怒。囚禁光緒皇帝于瀛臺，將近御各太監(jiān)看押，另派太監(jiān)二十名以隨侍的名義監(jiān)視皇上。光緒從此除了早朝被拉去做太后的木偶外，其余時(shí)間均不得自由出入。第二，密諭捉拿譚嗣同等軍機(jī)四貴及張蔭桓、徐致靖等人，先行革職，交由邢部衙門審訊。

袁世凱事后的補(bǔ)告，加重了政變的程度。9月25日，政府即諭內(nèi)閣，皇帝久病不治，京外如有好醫(yī)生，請內(nèi)外臣工保薦。同時(shí)召榮祿進(jìn)京，其直隸總督一職著袁世凱暫行署理。

9月26日，榮祿離津赴京。據(jù)袁世凱《戊戌日記》，榮祿行前，他與榮祿相約，誓死保皇上。一方面，兩人對光緒還是比較同情的，認(rèn)為是維新黨人害了皇上；另一方面，如果不保全皇上，康梁亂黨不會罷休，外國人也會乘機(jī)干涉。

問題是榮祿所謂的保全既是暫時(shí)的，也是有限的。

所謂的暫時(shí)表現(xiàn)在，他接到進(jìn)京圣旨的當(dāng)天，清廷發(fā)出上述光緒帝求醫(yī)的上諭，這預(yù)示太后要廢掉光緒帝了。而他進(jìn)京后，光緒只是暫時(shí)沒病了，可以隨太后參加一些公務(wù)活動(dòng)；之后，光緒就永遠(yuǎn)病了，老太后甚至給他找上了新的接班人端郡王載漪的兒子溥雋。

所謂的有限表現(xiàn)在，榮祿建議無需審訊就殺掉譚嗣同等人，他的建議被接受了。榮祿怕在審訊中牽涉到光緒帝，但是光緒已被老太后審得跳進(jìn)黃河也洗不清了。總之，你知道也好不知道也好，反正有負(fù)于我。其實(shí)，審審也許有好處。第一，楊銳若把真密詔拿出，光緒不只沒有圖謀太后的意思，就是變法，也僅是問大家如何能不惹太后不高興而已。第二，省得康有為拿著篡改過的偽詔在外頭忽悠了。既有辱改革家的名號，還讓光緒背了黑鍋。按黃彰健先生的說法是：如果康真心保皇，則應(yīng)該宣布楊銳所奉真密詔；然卻終未宣布，只宣布求救偽密詔，不是曲突徙薪而是火上加油。按王照的說法是：“太后與皇上之仇，遂終古不解?！钡谌_不審而誅的先河，到了義和團(tuán)時(shí)代，徐用儀、聯(lián)元、立山、許景澄、袁昶等五個(gè)主和派也是不審即殺，制造出“庚子被禍五大臣”事件。第四，讓外國人看得目瞪口呆，更加認(rèn)定，中國政府真是野蠻政府，這么多高級官員，說殺就殺了，法律何在哉？