9月15日，四川省發(fā)生反對(duì)鐵路國(guó)有運(yùn)動(dòng)，風(fēng)潮甚熾，民意已不可侮。

10月31日，四川鐵路風(fēng)潮日盛一日，革命黨人紛紛歸國(guó)。黃氏也感到不久將有大事發(fā)生，不得不及早安排歸國(guó)之計(jì)。

11月12日，武昌起義的稍息傳到，黃氏欣喜之余，繞室多回未知所措。而同居的日本友人已來(lái)祝賀。

4日，留學(xué)生召開全體大會(huì)，決議一齊回國(guó)，做革命軍的后援。

15日，革命軍占領(lǐng)上海。黃氏決定歸國(guó)，向?qū)W校申請(qǐng)休假兩個(gè)月，又向同盟會(huì)的左仲遠(yuǎn)借30日元，另用衣服和書籍做抵押又得30日元。至郵船公司購(gòu)船票時(shí)，始知一星期內(nèi)的船票已售清，故只有等待下周的船期。

16日，各地督軍宣告獨(dú)立。第六鎮(zhèn)統(tǒng)制吳祿貞(日本士官學(xué)校畢業(yè))在石家莊首先發(fā)電贊成共和，清廷大為震怒。

22日，黃氏與友人二十余人登上歸國(guó)之途。船上擠滿了留學(xué)生。船長(zhǎng)為三等艙的留學(xué)生供給二等伙食。

27日，黃氏抵上海。是日?qǐng)?bào)紙全部報(bào)導(dǎo)革命軍的消息。

28日，黃氏到中國(guó)公學(xué)訪黃兆祥，黃氏告以南京政府將于短期內(nèi)成立。

29日，上海各界在張園召開國(guó)民大會(huì)。太太和小姐們紛紛揖獻(xiàn)貴重金飾。

30日，日本某報(bào)章刊出干涉革命的議論。黃氏讀后憤極，寫了《就武昌起義請(qǐng)日本政府及國(guó)民嚴(yán)守中立》一文。

12月1日，左仲遠(yuǎn)從日本返，宿日本旅館。黃氏往訪仲遠(yuǎn)，與他一齊赴南京會(huì)宋教仁，陳述自己的意見(jiàn)。2日晚，返上海。

14日，張園開大會(huì)，歡迎孫中山。

17日，黃氏等數(shù)十人推熊秉三為首領(lǐng)，組成共和協(xié)會(huì)。

18日，黃氏發(fā)函促湖南都督譚延闿撥款接濟(jì)東京留學(xué)生歸國(guó)。

1912年1月，黃氏返長(zhǎng)沙會(huì)譚延闿。日本留學(xué)生中也有些人加入省政府工作。

2月18日，黃氏離長(zhǎng)沙，29日抵東京。

3月17日，黃氏宿于小石川的蒼龍窟，埋首溫習(xí)功課。因自武昌起義以來(lái)約有半年，頭三個(gè)月請(qǐng)假返國(guó)，而再過(guò)兩個(gè)月便屆畢業(yè)之期，為了應(yīng)付八科的畢業(yè)考試，故非用功不可。

25日，黃氏托早大友人代購(gòu)《早大講義錄》。

4月2日，張少留拋下岡本母子，獨(dú)自返國(guó)。黃氏對(duì)岡本甚表同情。

6月24日，考試完畢。

7月1日，黃氏往大森租房子。

5日，東京友人來(lái)函，得知畢業(yè)考試已合格。黃氏見(jiàn)到八年間的苦辛總算有了結(jié)果，心情舒暢。

7日，黃氏寫信告訴家人畢業(yè)的消息，并囑以后不必再寄信來(lái)。

12日，屋主之妻做壽司款宴黃氏，魚則火烤而食。

17日，黃氏歸國(guó)。五大箱書籍則托郵船公司代運(yùn)。與向北翔、張凌云一起從新橋出發(fā)，送行的有9人。18日，一行人從橫濱乘大疑丸號(hào)輪船返國(guó)。

24日，抵北京。

黃氏歸國(guó)后，黃氏的友人中有不少人在政界中活動(dòng)，而他的周圍也常有宋教仁、熊秉三等人來(lái)往，從事政治活動(dòng)。1913年4月刊行的留日共和黨人士的機(jī)關(guān)報(bào)《讜報(bào)》（在東京印刷，上海發(fā)行)，其發(fā)起人有黃尊三、彭世躬、何迺祺和蔡培等人。但黃氏似乎始終以教育事業(yè)為主業(yè)。他做過(guò)中國(guó)公學(xué)、江漢大學(xué)、民國(guó)大學(xué)等教授(最后任民國(guó)大學(xué)的總務(wù)長(zhǎng))。在此期間，他從日本郵購(gòu)了不少書，翻譯出版的書似也不少。在他的日記中記錄由他編譯的書即有8種之多，是著作抑是譯述則無(wú)從知道。在《中譯日文書目錄》中載錄了兩種，確知是他翻譯的：

姊崎正治著，黃尊三重譯：《釋社會(huì)問(wèn)題》，內(nèi)務(wù)部編譯處，1920年。

穗積重遠(yuǎn)著，黃尊三、薩孟武譯：《法律進(jìn)化論》共二冊(cè)(商務(wù)印書館之法政名著本），1929—1930年。