盡管他不贊同共產(chǎn)黨的階級(jí)斗爭(zhēng)理論，但那并不是他理論鋒芒的主要指向。他當(dāng)時(shí)所要著力反對(duì)的，恰恰是國(guó)民黨當(dāng)權(quán)派因清共而脫離民眾、喪失革命精神的官僚化的腐敗傾向，因此決不能因?yàn)榻璺磳?duì)共產(chǎn)黨的階級(jí)斗爭(zhēng)理論就包容官僚士大夫來腐化國(guó)民黨。他認(rèn)為“士大夫”乃是一種“觀念生活階級(jí)”，“這觀念生活階級(jí)在中國(guó)從來是統(tǒng)治階級(jí)的一端。他上面連綴于統(tǒng)治階級(jí)的軍閥，下面抑制著被統(tǒng)治階級(jí)的庶民。他的地位，和古代的巫覡祝宗，和后來的封建貴族相當(dāng)。它的構(gòu)成，是官僚和地主。它在經(jīng)濟(jì)上是剝削者，在政治上是支配者?！薄暗刂?、士大夫、官僚三者形成一個(gè)連環(huán)，深植其基礎(chǔ)于勞苦農(nóng)民的上面?！边@種種言論，引起國(guó)、共兩方的不滿。

1929年底，開辦新生命書局。次年應(yīng)上海商務(wù)印書館總經(jīng)理王云五之約，重返商務(wù)印書館，任總經(jīng)理的中文秘書。是年著有《中國(guó)之家族與婚姻》、《中國(guó)封建社會(huì)史》、《辯士與游俠》、《西漢經(jīng)濟(jì)史》等書；翻譯奧本海（Franz Oppenheimer）的原著《國(guó)家論》、《馬克思經(jīng)濟(jì)學(xué)說的發(fā)展》，及《各國(guó)經(jīng)濟(jì)史》（與薩孟武、樊仲云合譯）；另外編輯了著重討論中國(guó)社會(huì)性質(zhì)問題的《中國(guó)問題之回顧與展望》。他曾為商務(wù)印書館寫了一本《五權(quán)憲法》小冊(cè)子，未出館即為南京國(guó)民黨中央黨部下令禁止。這是父親一生中唯一一本已印好而未能面世的書。

那段時(shí)期，學(xué)術(shù)界有個(gè)流行的社會(huì)思潮，凡參加討論中國(guó)社會(huì)史者，無不以正統(tǒng)馬克思主義、辯證唯物論者自居，而排斥他人。父親也用功選讀馬克思與列寧的著作，以及批評(píng)馬克思主義的著作，他的思想方法接近唯物史觀，卻并不是唯物史觀。他重視馬克思、恩格斯的作品，更欣賞考茨基的著作，用心讀過他的《基督教的基礎(chǔ)》。然而他的思想方法仍不局限于此，他用的是社會(huì)的歷史的方法，簡(jiǎn)言之即社會(huì)史觀。父親的北大學(xué)生何茲全曾說：“他標(biāo)榜唯物史觀、辯證法。使他成名的、在學(xué)術(shù)上高出別人的，確是辯證法和唯物史觀。當(dāng)然他的史觀是不純的。正統(tǒng)的馬克思主義者，當(dāng)時(shí)都在戰(zhàn)場(chǎng)上和在地下，郭沫若、侯外廬、呂振羽等沒有機(jī)會(huì)也沒有可能進(jìn)入北大。”

1931年1月，應(yīng)聘南京中央大學(xué)（校長(zhǎng)朱家驊，法學(xué)院院長(zhǎng)郭心崧、政治系主任杭立武、法律系主任謝冠生）為法學(xué)院教授，在政治系講授中國(guó)政治思想史，在法律系講授中國(guó)法律思想史，同時(shí)在新生命書局出版的《社會(huì)與教育》周刊上，為文諷刺及批評(píng)時(shí)政和教育政策。由于言論過于尖刻煽動(dòng)，上海市黨部向黨中央檢舉他是反動(dòng)分子，中大校長(zhǎng)朱家驊不勝壓力，向黨政高層征詢意見。教育部次長(zhǎng)陳布雷（代理部務(wù)，部長(zhǎng)由行政院長(zhǎng)蔣中正兼）說：“我見過此人，他沒有別的，只是鋒芒太露?！边@件事后來由陳果夫、陳立夫二人出面協(xié)調(diào)，終得消弭。

8月，北上應(yīng)聘母校北京大學(xué)（校長(zhǎng)蔣夢(mèng)麟，文學(xué)院院長(zhǎng)胡適，法學(xué)院院長(zhǎng)周炳琳，政治系主任邱昌渭）為法學(xué)院教授。學(xué)校尚未開課，“九一八”沈陽事件發(fā)生，學(xué)生情緒激昂，應(yīng)邀至北大、師大演講，以“國(guó)民外交與國(guó)民戰(zhàn)”為題，提出“全民抗戰(zhàn)”的口號(hào)。此后在師范大學(xué)史學(xué)系、北平大學(xué)法商學(xué)院政治系、燕京大學(xué)社會(huì)學(xué)系、清華大學(xué)政治系、朝陽大學(xué)法律系擔(dān)任兼職教授，致力于法制社會(huì)史及政治思想史之教學(xué)與研究。

1932年，除授課之外，專心研究中國(guó)政治思想史。出版《中國(guó)政治思想史》第一、二卷。這年1月29日，汪精衛(wèi)到南京就任行政院長(zhǎng)，宋子文任副院長(zhǎng)兼財(cái)政部長(zhǎng)，蔣介石任軍事委員會(huì)委員長(zhǎng)。

1933年，出版《中國(guó)政治思想史》第三卷。1934年，出版《中國(guó)政治思想史》第四卷。其時(shí)持續(xù)了5年的社會(huì)史論戰(zhàn)已接近尾聲，父親覺得與其在理論上爭(zhēng)個(gè)你死我活而得不到結(jié)論，不如退而從書本著手，埋頭尋找支持理論的脈絡(luò)。12月，他創(chuàng)辦《食貨》半月刊，主張以史料的整理與分析為基礎(chǔ)，根據(jù)史實(shí)立論重寫中國(guó)社會(huì)史。他呼吁思想界與史學(xué)界講究正確的方法，搜集社會(huì)經(jīng)濟(jì)史料，以尋找社會(huì)發(fā)展的歷史法則。他在《食貨》創(chuàng)刊號(hào)的《編輯的話》里寫道：