1862年夏，太平軍西北遠征軍在陳德才、賴文光率領(lǐng)下攻打西安的時候，因為回民在升山村砍竹爆發(fā)了漢回沖突。據(jù)謠傳團練武裝開始發(fā)出“秦不留回”的雞毛傳帖。本已經(jīng)緊張的漢回關(guān)系終于引發(fā)了回民對自身存亡的極度擔憂。西安有傳言說漢人要有大舉動。8月26日渭南回民郭克裕進入鳳翔城后被捉，回民集眾要求釋放。

團練借此機會散布“回民即將造反”的謠言。為此，8月28日回民集中于東關(guān)馬家巷口，以崔偉（崔偉是陜甘回民起義十八營之首）為首領(lǐng)宣布起義。崔偉的起義是為了爭奪民族生存權(quán)，而起義的目的就是推翻晚清政府。當?shù)卦S多漢人也都加入了起義隊伍，漢回一同向欺壓剝削他們的晚清政府發(fā)動了進攻。

起義之初，回民派人向各地漢民解釋此次起義皆是因官府和團練要妄圖殺回民導致。在此期間，當?shù)夭簧贊h民和四川川勇參加了回民起義。

28日進攻鳳翔城的時候，團練因為懼怕回民響應，誘殺城內(nèi)48家回民。自此，在團練和官府的鼓噪下，漢回矛盾越來越深。到了1864年，崔偉領(lǐng)導的鳳翔回民起義成為十八營中的一營。而為了支持回民起義，1866年陶茂林和雷正官等部下官兵先后拒絕與回民對抗。

1867年1月23日，在灞橋十里坡西捻軍殲滅湘軍3000人。而西捻軍與太平軍的不同就在于，西捻主動聯(lián)合回民，而太平軍卻不與回民聯(lián)系。3月西捻軍與回民起義軍會合于鳳翔地區(qū)。然而，1867年12月為救東捻軍，西捻軍大部分回師山西。

崔偉領(lǐng)導下的鳳翔回民起義軍可以說是與漢民合作最好的一支起義軍。1872年11月見左宗棠的政策保證了回民的利益，而且回民起義失敗的命運不可逆轉(zhuǎn)，崔偉率部請降，其部下編為左宗棠五大親兵馬隊之一的旌善馬隊。