這些部隊的到來改變了南京的面貌，他們在街道上挖掘壕溝，埋設電話線，在城市的十字路口架設鐵絲網——十字路口開始變得如戰(zhàn)場一般。中國軍隊還在城墻上設防，沿著古老的垛口設置機關槍據點。他們關閉了所有城門，只有3座城門保留狹窄的通道用于軍事運輸。他們用高達20英尺的沙袋將城門封堵，然后用木料和角鐵進行加固。有的城門用混凝土完全封死。

12月初，軍隊不顧代價和對平民的傷害，決定在城墻四周放火燒出一條1英里寬的作戰(zhàn)區(qū)。這一行動的代價是無法估算的。沿著城市外圍地區(qū)的清理消耗了大量的汽油和彈藥，營房、農業(yè)研究實驗室、一所警察培訓學校以及中山陵公園內的宅邸全部化為灰燼。在鄉(xiāng)村，士兵們將小草棚、茅草屋頂的農舍、樹木、竹林和灌木叢付之一炬，甚至南京的大部分郊區(qū)也未能幸免。軍隊把住在下關和城墻南門周圍的居民趕進城里，然后放火燒掉他們的村舍。他們警告那些房屋將被燒掉的居民必須在幾小時內搬出去，否則以間諜罪逮捕他們。軍方的理由是，此次焚燒屬于戰(zhàn)略行動，目的是摧毀任何可能被侵略者利用的建筑。但一位外國記者指出，其實被燒焦的斷壁殘垣同完好無損的建筑一樣，都可以被日軍用作遮擋炮火的掩體。他推測，這次焚燒實際上是中國人在“發(fā)泄自己的憤怒和挫敗感”——希望留給日本的只是一片焦土。

南京就這樣做好了迎接敵人入侵的準備。任何有點兒能力、判斷力、財力或機會的人都選擇出逃。所有博物館的藏品都被打包運走，12月2日，數百箱珍寶（幾乎是整個中華民族的文化遺產）都被裝船運往城外安全的地方保存起來。6天之后，即12月8日，蔣介石夫婦及其軍事顧問都乘飛機離開南京。毫無疑問，日軍對南京的圍攻即將開始。

數十年來，南京大屠殺的謎團之一是，為什么在這么多部隊都已準備就緒的情況下，南京城卻在短短4天之內（即1937年12月12日夜晚）迅速淪陷。畢竟，這些部隊擁有足夠的彈藥，至少能堅持5個月。因此，許多幸存者、記者和歷史學家將潰敗的原因歸結為部隊軍心渙散，失去斗志。他們還把唐生智看作罪人，在軍隊最需要他的時候，他卻丟下他們，棄城逃跑。

后來，根據新的文獻資料，歷史呈現出某種不同的面貌。首先，在淞滬會戰(zhàn)中，日本空軍擁有近3 000架戰(zhàn)機，相比之下，中國的300架空軍戰(zhàn)機根本不值一提。就兩國空軍的其他指標來看，中國也根本不是日本的對手。在淞滬會戰(zhàn)中，意大利人訓練的中國飛行員有勇無謀，對城市亂加摧殘，他們將炸彈投在西方船只附近，甚至投在公共租界擁擠的街道和房頂上。

當然，即使是一支糟糕的空軍也比完全沒有強。這就是唐生智所面臨的窘境。12月8日，蔣介石及其顧問離開南京那天，所有的中國空軍也隨之撤離。接下來4天的戰(zhàn)斗中，唐生智得不到任何關于日軍調動的空中偵察情報，致使附近山上造價昂貴的炮臺遠未發(fā)揮應有的作用。