其次，轉移到重慶的政府官員帶走了大部分先進的通信設備，因此軍隊各部之間無法進行有效聯絡。

再次，中國軍人來自全國各地，相互之間連面對面的溝通都有語言障礙。一位當時在南京做護工的人回憶說，中國軍醫(yī)說粵語，而士兵們卻說普通話，這種情況在醫(yī)院導致了無窮無盡的混亂。

最后，軍隊中有很多“士兵”是在一夜間成為軍人的，他們并非自愿從軍，而是被從鄉(xiāng)下抓壯丁或強行征召入伍的。相當多的人在來南京之前從未持過槍。由于彈藥短缺，所以極少被浪費在教新兵如何射擊上。那些有作戰(zhàn)經驗的士兵大部分也都是剛從上海前線撤退回來，他們饑腸轆轆，疲病交加，多數人精疲力竭，甚至無力完成在城中修建掩體和挖掘戰(zhàn)壕等必要的防御工作。

最糟的是，中國士兵幾乎沒有凝聚力和目標感。在一份關于南京戰(zhàn)況的報告中，一位中國軍官注意到，每當中國軍隊占領一個陣地后，就會顯得無所事事，寧愿虛度時光也不會主動幫助正在附近與日軍交戰(zhàn)的其他中國部隊。顯然，指揮官們的情況也不盡如人意。該報告注意到，中國指揮官們彼此之間缺乏信任，正因如此，日軍得以從一個陣地推進到另一個陣地，將中國軍隊各個擊破。

12月9日，日軍飛機開始在南京附近空投松井石根起草的招降傳單。傳單寫道，“保護無辜百姓和城內文化遺跡”最好的辦法是投降。傳單上允諾日軍將“冷酷無情地對待反抗的人”，但會“仁慈寬厚地對待非戰(zhàn)斗人員和對日本沒有敵意的中國軍人”。傳單要求守衛(wèi)南京的軍隊在24小時內，即在第二天中午之前必須投降，“否則，將使用一切可能的戰(zhàn)爭恐怖手段”。

唐生智在公開場合對日本這一最后通牒的條款表示極度憤慨。他把傳單擲到地上，并口授了兩道命令，傳達給所屬部隊。第一道命令是，嚴禁部隊臨陣脫逃。“我們的部隊必須誓死奮戰(zhàn)，保衛(wèi)前線的每一寸領土。如果有人膽敢不遵守命令，擅自撤退，必將受到嚴厲懲處。”第二道命令是，嚴禁任何軍事機構私自用船渡江。任何軍事機構擁有的船只都必須移交運輸部統一管理。唐生智指派第78軍負責指揮和處理運輸事宜，并警告說，任何將船只用于私人目的的軍事人員，一經發(fā)現，必將嚴懲。