在黃河流域長期戰(zhàn)亂的刺激下，塢堡組織迅速發(fā)展。所謂塢堡組織，是以宗法血緣關(guān)系、鄉(xiāng)黨關(guān)系為紐帶實行聚族而居的具有耕以自存、戰(zhàn)以自保性質(zhì)的半獨立地方社會自治組織。在五胡十六國時期，塢堡組織的規(guī)模迅速膨脹，前秦時僅關(guān)中地區(qū)就有此類組織3000余處。

塢堡組織成為北方獨立于州縣體制之外的社會基層組織，使政府與社會間出現(xiàn)脫節(jié)，政權(quán)必須獲得塢堡組織的支持才能保持有效的社會控制。北方各割據(jù)政權(quán)的軍事力量雖然可以輕而易舉地摧毀任何一個塢堡，卻無法逐一削平散布各地的數(shù)以千計的塢堡組織，因而不得不滿足于塢堡組織懾于其武力威脅的表面服從。而當(dāng)其軍事實力削弱時，塢堡組織即重新自行其是，各割據(jù)政權(quán)對地方的統(tǒng)治也就馬上全面崩潰了。五胡十六國政權(quán)普遍存在驟興驟亡的特點，未能很好地解決塢堡組織問題是重要原因之一。

由于塢堡組織的存在，分割了本應(yīng)隸屬于國家的土地和人民，嚴重影響了國家的稅收，并使國家和社會脫節(jié)。孝文帝的一系列改革政策，或多或少都是為了徹底摧毀塢堡組織在地方上的勢力，將國家對社會的控制貫徹到最基層。其中最重要的、相互配合的三項政策是均田制、租調(diào)制和三長制。

為了保證國家的賦稅來源，孝文帝于485年頒布均田制，按一定標準，授予所有年滿15歲的男女一定數(shù)量的土地，使之能夠擺脫世家大族的控制，成為國家統(tǒng)治下的小自耕農(nóng)。與均田制相配合的是租調(diào)制，規(guī)定：獲得土地的農(nóng)戶，除成年男子負擔(dān)出征、鎮(zhèn)守等兵役，以及其他一些勞役外，一夫一婦每年要交納帛或布1匹，粟2石。這也才是均田制真正的意義之所在——使國家可以從自耕農(nóng)階層獲得穩(wěn)定的勞役和稅收。

在推行均田制的第二年，孝文帝又正式確立了三長制為北魏的基層政權(quán)組織。規(guī)定：五家為鄰，設(shè)一鄰長；五鄰為里，設(shè)一里長；五里為黨，設(shè)一黨長。此為“三長”。“三長”的職責(zé)是，檢查戶口、征收租調(diào)，征發(fā)兵役與勞役?？梢哉f，三長制是均田制、租調(diào)制得到貫徹的保障。這些措施的核心無疑在于培育掌握在國家手中的自耕農(nóng)階層，摧毀塢堡組織、世家豪族對平民的控制，是國家與世家在爭奪勞動力。

與此同時，孝文帝也對北魏的中央官制進行了改革。他重用來自南朝的王肅，參考魏晉南朝的制度，對北魏的官制、軍號進行改革，使北魏政權(quán)組織進一步漢化。在任用官吏時，賞賢任能，重視漢族人才，凡有才能的人，不論其出身、民族、門望和地域都可以得到重用。提高了官員隊伍的素質(zhì)和政府的工作效率。