契卡幾乎剛一創(chuàng)建即開始執(zhí)行一項特殊任務。一九一八年九月五日，捷爾任斯基接到指示，要求契卡貫徹執(zhí)行列寧的紅色恐怖政策。在針對列寧的一次未遂刺殺之后開展的這場恐怖行動——逮捕、監(jiān)禁、屠殺——比此前幾個月隨心所欲的恐怖行動更有組織，矛頭直接指向那些被懷疑在“后方”從事破壞革命的活動的人，實際成為內(nèi)戰(zhàn)的重要組成部分。它血腥，無情，殘忍——開展這場行動的人想要讓它達到的正是這種效果。紅軍的喉舌《紅星報》這樣對它作了描述：“沒有憐憫，沒有寬恕，我們要對敵人大開殺戒，成千上萬地消滅他們，讓他們被自己的血泊所淹沒。為了列寧流出的血……我們要讓資產(chǎn)階級血流成河——讓他們流血流得越多越好……”

紅色恐怖對于列寧的權(quán)力斗爭至關(guān)重要。所謂的“專設集中營”對于紅色恐怖同樣至關(guān)重要。關(guān)于紅色恐怖的第一項法令甚至提到了集中營。這項法令不僅要求逮捕并且監(jiān)禁“資產(chǎn)階級的重要代理人、地主、工廠主、商人、反革命的神職人員、反蘇維埃的軍官”，而且要把他們“用集中營隔離起來”。盡管沒有關(guān)于囚犯人數(shù)的可靠數(shù)字，到一九一九年年底時，蘇聯(lián)已經(jīng)有了二十一個記錄在案的集中營。到一九二○年年底時，這個數(shù)量增加了四倍，達到一百零七個。

不過，在這個階段，集中營的目的仍然不夠明確。囚犯必須從事勞動——但是為了什么目的？勞動意味著對于囚犯的教育改造？還是為了羞辱他們？或者認為這是幫助建設蘇維埃的新國家？不同的蘇聯(lián)領導人和不同的機構(gòu)各有自己不同的答案。一九一九年二月，捷爾任斯基本人發(fā)表了一篇熱情洋溢的演說，鼓吹集中營對于資產(chǎn)階級在思想方面的教育改造作用。他說，新的集中營將讓那些被囚禁的人從事勞動；因為那些紳士不勞而獲；因為不進行強迫他們就不會干活兒。應當把這種懲罰施加于那些在蘇維埃機構(gòu)里面上班卻不認真對待工作的人、拖拖拉拉的人以及諸如此類的其他人……我們將以這種方式創(chuàng)辦勞動的學校。