軍事征討方面，康熙完成了先輩未完成的事業(yè)，奠定了一個自蒙古王朝以來版圖最龐大的中華帝國之基礎。他最大的成就是鎮(zhèn)壓三藩之亂。我們記得清朝在征服中國過程中得到了許多漢族降人的幫助。吳三桂曾打開山海關大門迎接多爾袞，此后他為滿洲人東征西討，并將桂王趕到緬甸，清廷加封他為平西王以作獎賞，授命鎮(zhèn)守云南。尚可喜和耿繼茂原是前明駐遼東軍隊的統(tǒng)帥，投降了滿洲人，分別被封為坐鎮(zhèn)廣東的平南王和坐鎮(zhèn)福建的靖南王，此三人便是所謂的“三藩”。吳三桂統(tǒng)領一支十萬多人的大軍，而另外兩人也各統(tǒng)率二萬人的軍隊。在1667年之前，三藩的軍隊每年耗費清廷約2，000萬兩——超過全國總開支的一半以上——但同時他們在各自轄地內又完全自行其是。

三藩對清廷來說如鯁在喉，順治帝之所以不得不容忍他們，是因為新王朝不敢冒挑起一場內戰(zhàn)之險，但當康熙掌權時，清王朝已相當穩(wěn)固，于是決定撤藩，并削奪三個藩王的兵權。

吳三桂的反應是在1673年12月28日公開叛亂，自稱“天下都招討兵馬大元帥”，并宣布建立新的王朝“周朝”。他下令恢復明朝的服飾和發(fā)式；軍隊掛白旗，士卒穿白色號服白色是治喪用的顏色，大約是穿著用來悼念明朝的滅亡。，宣稱要反清復明。另兩個藩王與他合流，一時間清朝似乎要被推翻了。滿洲旗人無法打敗他們，于是康熙起用了一些漢族將士，到1681年，經過八年苦戰(zhàn)，三藩終于敉平。兩年后國姓爺孫子鄭克塽。統(tǒng)治的臺灣也被收復，置為福建省的一個府（見前節(jié)）。

一當擺脫了內戰(zhàn)，康熙便要面對由西北部的厄魯特蒙古人和東北部的俄羅斯人引起的兩個難題。這兩個難題相互聯(lián)系在一起，因為厄魯特人和俄羅斯人似乎很可能結成一個反對清王朝的聯(lián)盟。俄羅斯人已征服了西伯利亞并抵達黑龍江；17世紀40至50年代中來自西伯利亞的哥薩克人已不斷地侵襲黑龍江地區(qū)，1666年他們修筑了雅克薩城作為前哨基地，威脅到滿洲人的故土。幾乎與此同時，在17世紀70年代中，厄魯特人的一支、準噶爾部（西部蒙古人）的大汗噶爾丹（1644？—1697年）掌權，他企圖建立一個中亞帝國。他在1679年征服了東突厥斯坦，1687年入侵外蒙古，打敗喀爾喀人（東部蒙古人），推進到克魯倫河。這樣，他與俄羅斯人的聯(lián)盟似乎是不可避免的了。

為防止這一事態(tài)的出現(xiàn)，康熙的策略是首先在雅克薩打垮俄羅斯人，然后與他們簽訂一項帶有懷柔性質的條約。1685年，他派將軍彭春進攻雅克薩，將其夷為平地。次年俄國派來了增援部隊，修整了新的要塞。一支清軍征討部隊被派去圍困雅克薩，但當康熙得知一個由費要多羅（Fedor AGolovin）率領的俄國外交使團已經上路的消息，他為了爭取俄國人的好感，便撤除了圍城，準備與該使團進行談判。