即使這位強大的將軍也必須依靠守護大名及其軍隊。為了加強軍事力量，將軍授予他們征收賦稅的權(quán)力，管理所轄地區(qū)司法、行政和軍事的權(quán)力，以及招募各自臣屬的御家人的權(quán)力。但是這些做法給他的繼任者留下了隱患。數(shù)代之后，地區(qū)領(lǐng)主對將軍本人的忠誠變?nèi)?，而上述?quán)力使得他們獨立起來。守護大名與將軍的關(guān)系瓦解了，武士家臣對守護大名的忠誠也變?nèi)趿?，新的地方武士團開始在足利統(tǒng)治下的各國誕生了。

農(nóng)業(yè)、商業(yè)和中世紀的行會

中世紀日本的人口數(shù)目一般只能粗略估計，最近的研究成果指出，1200年人口有600萬，1600年人口有1600萬。鐮倉中期，周期性爆發(fā)的饑荒阻礙了人口發(fā)展。但是鐮倉后期和足利時代人口大量增長，即使到了戰(zhàn)國時代也只是略微放慢。人口增長的一個因素是瘟疫和饑荒有所減少，也可能是出生率有所增加。另一個因素是15到16世紀商業(yè)、手工業(yè)和城市的發(fā)展。第三個因素是耕地的擴大和農(nóng)業(yè)技術(shù)的改進。鐵刃工具有所普及（盡管彌生時代鐵器就傳入日本，但一直到平安后期才大量生產(chǎn)）。人們培育出新的水稻品種，改進灌溉和排水系統(tǒng)。輪作制度得到推行，秋季和冬季人們在旱地里種上蔬菜，到了春季和夏季人們就在水田里種上水稻。

奈良和平安早期，農(nóng)業(yè)幾乎是經(jīng)濟的全部。日本沒有貨幣，幾乎不發(fā)展商業(yè)，除了奈良這座依靠朝廷撥款發(fā)展的寺院城市和京都這座高消費的城市以外就沒有再大的城市。政府模仿中國建立鑄幣廠，但貨幣很少流通。稅收用谷物或勞力支付，有限的商業(yè)活動大多屬于物物交換，拿去交換的通常是絲或谷物。手工業(yè)者附屬于貴族家庭或寺院進行勞作。農(nóng)民們在經(jīng)濟上自給自足。

從平安后期開始，稅收定額制造成地方上集中越來越多的農(nóng)業(yè)生產(chǎn)剩余（耕種者本人不一定能得到這些剩余）。這種趨勢在鐮倉幕府和足利時代慢慢加強，武士們從莊園的收入中獲得越來越多的份額。伴隨上述現(xiàn)象，手工業(yè)者脫離貴族家庭開始為更廣闊的市場進行生產(chǎn)。早期進行貿(mào)易的大宗商品主要是軍事裝備，后來清酒、木材、紙張、植物油、鹽和海產(chǎn)品也逐漸商品化了。對銅幣的市場需求出現(xiàn)，由于日本此時已經(jīng)不再鑄造貨幣，就從中國大量進口。

鐮倉幕府時期，出現(xiàn)了經(jīng)營手工產(chǎn)品的獨立商人，貿(mào)易網(wǎng)絡(luò)甚至遍及全島。手工業(yè)者與商人行會往往通過繳納一定費用獲取在某一地區(qū)的專賣權(quán)，這點與歐洲中世紀的情況并無不同。京都的行會將費用交給權(quán)勢貴族或寺院，后來交給足利幕府。在其他地區(qū)，行會則從守護大名那里取得特權(quán)。從鐮倉幕府以來，許多地方會在河邊或十字路口舉行定期集市。今天日本的一些地名就源于此。四日市，現(xiàn)在是一個工業(yè)城市，最初的意思為“每月逢四集市”，是一個每月四日、十四日、二十四日定期舉行集市的地方。15世紀以來，這種集市出現(xiàn)得越來越頻繁，直到最終出現(xiàn)永久性的市鎮(zhèn)。