鐮倉幕府早期有兩個杰出的宗教天才人物，他們都在自己的內(nèi)心體驗(yàn)過佛教凈土宗的真諦。法然大概是第一個提出唱念阿彌陀佛的名字就可以得拯救的人，他認(rèn)為只是信仰，而不是教事或儀式在起作用。這些主張與舊的佛教派別相沖突，標(biāo)志著一個完全不同的教派——凈土宗的出現(xiàn)。法然之后是親鸞（1173—1262），他創(chuàng)立了另一個教派，教導(dǎo)人們在頌揚(yáng)阿彌陀佛的時候只要誠心祈禱一次就可以得救（一念凈信，往生成佛）。但是誠心信仰只是佛祖給予的禮物而非由個人的努力所能獲得的。親鸞認(rèn)為傲慢是凈化心靈的阻礙。他有以下名言：“連善人都往生凈土，惡人更不在話下。”親鸞的說法是壞人更不可能認(rèn)為自身為自己得救贖的本源，因此他們更傾向于全心全意信仰阿彌陀佛。

親鸞強(qiáng)調(diào)信仰本身的力量，這讓他打破了以前佛教的許多戒律：他吃肉，娶了一個尼姑（由此可見，凈土宗的僧侶可以結(jié)婚），主張只要心誠，不同職業(yè)的人可以平等地往生天國。被逐出京都后，他周游日本，建立了“凈土真宗”（16世紀(jì)耶穌會會士來到日本的時候，稱這個教派為“撒旦的基督教”）。

由于親鸞之后一些著名人物的宣揚(yáng)，以及簡單的教義和對信仰的依賴，凈土宗成為日本居統(tǒng)治地位的佛教門派，直至今天依然如此。除了比睿山的天臺宗之外，它同時還是日本中世紀(jì)唯一一個發(fā)展出政治和軍事力量的教派。作為一種宗教信仰，它認(rèn)為一個強(qiáng)大的教會可以保護(hù)塵世中那些得到拯救的人們。15世紀(jì)，由于農(nóng)民部分實(shí)現(xiàn)軍事化，一些信仰凈土宗的村子就建立了自衛(wèi)組織，他們偶爾會反抗封建領(lǐng)主。例如，凈土宗的軍隊(duì)曾統(tǒng)治加賀國超過一個世紀(jì)。到了16世紀(jì)晚期，這些團(tuán)體被消滅，凈土宗也被去政治化了。

第二個虔誠教派是日蓮（1222—1282）建立的，他認(rèn)為《妙法蓮華經(jīng)》能夠完美地體現(xiàn)佛陀的學(xué)說。他教導(dǎo)他的追隨者反復(fù)吟唱“南無妙法蓮華經(jīng)”，通常還要伴著疾速的鼓聲。就好像凈土宗反復(fù)念的“南無阿彌陀佛”和世界上其他宗教里類似的口頭咒語一樣，誦經(jīng)會引發(fā)一種宗教上的狂喜的狀態(tài)?！皩?shí)現(xiàn)內(nèi)在精神的轉(zhuǎn)換”是禱告派和冥想派的共同目標(biāo)。作為一個佛教徒，日蓮以他的不寬容和民族主義著稱。他譴責(zé)同時代的敵對教派的種種罪惡，并宣稱只有他的教派才能保佑日本。他預(yù)言了蒙古入侵，還將沉沒蒙古艦隊(duì)的“神風(fēng)”歸功于自己。甚至他的法號“日蓮”或“日之蓮花”也結(jié)合了日本國名中“冉冉升起的太陽”這一寓意和蓮花這一佛教的標(biāo)志。

禪宗

很早以前“冥想”就是日本僧侶修行的一部分。1200年前后幾十年，從中國宋朝學(xué)習(xí)歸來的僧侶將禪宗的教義和新的冥想方法傳入日本。1191年榮西（1141—1215）帶回了臨濟(jì)宗的教義，1227年道元（1200—1253）帶回曹洞宗的教義。鐮倉幕府的北氏統(tǒng)治者和京都的足利統(tǒng)治者，都曾光顧過臨濟(jì)宗護(hù)國禪寺。道元則在遠(yuǎn)離政治中心的日本西海岸創(chuàng)立了他的教派。