1907年8月底，年屆四十的蔡元培由柏林遷往萊比錫。學(xué)期開(kāi)始后，在萊比錫大學(xué)哲學(xué)系注冊(cè)入學(xué)。有意思的是，他在學(xué)籍卡上所填寫(xiě)的年齡為35歲，他可能覺(jué)得40歲不能入學(xué)了。他聽(tīng)課并研究哲學(xué)、心理學(xué)、美學(xué)諸學(xué)科。在生活上，他開(kāi)始了素食，“一直吃到民國(guó)十年”，盡管后來(lái)因腿疾在醫(yī)生勸告下恢復(fù)了肉食，但還是偏重素食。

辛亥革命爆發(fā)后的次月，蔡元培動(dòng)身回國(guó)。這次留德前后四年，他與各方革命志士保持密切的書(shū)信聯(lián)系，除了求學(xué)之外，他還編著了《中國(guó)倫理學(xué)史》等一批學(xué)術(shù)書(shū)籍。

抵達(dá)上海后，蔡元培于12月7日回到杭州的家，探視夫人黃仲玉，子無(wú)忌、柏齡，女威廉。日記記載三個(gè)字：“返杭州?！?/p>

歸心似箭，為了家更為了革命事業(yè)。兩天后他又趕赴上海，隨后去南京。12月25日，孫中山由歐洲回抵上海。12月29日，蔡元培在南京出席臨時(shí)大總統(tǒng)選舉會(huì)議。候選人是孫中山、黎元洪和黃興3人。當(dāng)時(shí)17省代表參選，每省1票，孫中山以16票當(dāng)選中華民國(guó)首任臨時(shí)大總統(tǒng)，黃興得了1票（見(jiàn)《孫中山年譜長(zhǎng)編》第604頁(yè)）。

開(kāi)天辟地，辟地開(kāi)天。1912年1月1日，中國(guó)歷史上第一個(gè)共和政權(quán)——中華民國(guó)宣告成立。孫中山就任臨時(shí)大總統(tǒng)。1月3日，蔡元培進(jìn)入孫中山的內(nèi)閣，被任為中華民國(guó)第一任教育總長(zhǎng)。最初孫中山提名章太炎為教育總長(zhǎng)，因各省代表會(huì)中有不少反對(duì)者，因此改為提名蔡元培，由黃興向代表會(huì)說(shuō)明，經(jīng)投票一致通過(guò)。蔡元培曾力辭，但不允。

民國(guó)初創(chuàng)，如何用人、用什么人是一個(gè)難題。1912年1月12日，臨時(shí)大總統(tǒng)孫中山給教育總長(zhǎng)蔡元培有一封復(fù)信，收錄在《孫中山全集》第二卷中，其中主要談的是用人問(wèn)題，孫中山的主張是“惟才能是稱(chēng)，不問(wèn)其黨與省也”，具體談到章太炎，他說(shuō)那只是友誼上的小嫌隙，不能拿他跟“反對(duì)民國(guó)者”作比（見(jiàn)《孫中山全集》第二卷第19頁(yè)，中華書(shū)局1981年8月第1版）。在《蔡元培全集》第二卷附圖中，收錄了該信的手跡。

孫中山屬于意志非常之人，他曾對(duì)蔡元培說(shuō)：“我不善處成功，而善處失?。挥?，我的精神愈煥發(fā)?！倍诒姸嗟慕B興籍辛亥志士中，若要“論資排輩”，那么蔡元培先生當(dāng)然排在首位。然而，“蔡元培比起其他一些辛亥志士來(lái)，與孫中山的交往不能算是最密切的，他們之間的友誼既無(wú)洪波巨浪，也無(wú)傳奇色彩，用一句俗語(yǔ)來(lái)形容倒是很恰當(dāng)?shù)模骸又坏缢?！”學(xué)者胡國(guó)樞在《孫中山與蔡元培的真摯友誼》一文中如是說(shuō)（見(jiàn)《孫中山與浙江》一書(shū)第61頁(yè)，1986年8月第1版）。

后來(lái)袁世凱篡權(quán)，在北京就任臨時(shí)大總統(tǒng)之時(shí)，在就職典禮上，蔡元培代表孫中山致祝詞，希望袁世凱“為我中華民國(guó)造成鞏固之共和政體”（見(jiàn)高平叔撰著《蔡元培年譜長(zhǎng)編》上卷第419頁(yè)，人民教育出版社1996年3月第1版）。世人大多沒(méi)想到，袁氏當(dāng)國(guó)沒(méi)多久，他就做起了皇帝夢(mèng)，把共和拋在了腦后，恢復(fù)了帝制，毀掉了共和。更沒(méi)想到的是，這個(gè)袁大頭上得急也倒得快，現(xiàn)在看去簡(jiǎn)直就是一個(gè)山寨版皇帝。