蔡元培笑了，他早料到陳獨秀舍不得丟掉《新青年》，因此提議將《新青年》帶到北大，以吸引北大學者名流加入，那樣對《新青年》的發(fā)展也會有所幫助。蔡元培這個建議讓陳獨秀眼前一亮，最終決定接受邀請，但仍擔心自己不能勝任，因此留有余地，提出試任3個月，能夠勝任就繼續(xù)做下去，無法勝任再回上海，蔡元培點頭答應。

此次進京，不僅陳獨秀得到任職北大的機會，汪孟鄒也是收獲頗豐，為書局招股十余萬元，加上南方認股數(shù)萬元，以及“亞東”、“群益”原有資本，共有30余萬資金，為書局的成立奠定了基矗

回到上海后，高君曼聽說陳獨秀將到北大任職，非常高興。但此前陳獨秀考慮在老家全皖中學讀書的兩個兒子陳延年與陳喬年。他們已經(jīng)長大，應該讓他們出來闖一闖，于是在《青年雜志》創(chuàng)辦之后的1915年冬寫信讓兄弟倆來上海。

兄弟倆到上海后，先在陳獨秀家中小住了一段時間，隨后便搬出去自謀生路，白天在外打工，晚上到法租界法語學校讀書，夜里就住到編輯部店堂的地板上，每天的伙食都是大燒餅就自來水。當時延年17歲，喬年13歲，兄弟倆從來不向父親要錢。這讓高君曼心里十分難過，為此與陳獨秀爭論多次，而陳獨秀堅持要讓兩個孩子在外面吃苦，接受鍛煉。如今去北京，將兩個孩子留在上海，高君曼心里更覺得不是滋味。

在高君曼的要求下，去北京前，陳獨秀關照汪孟鄒，每月從《新青年》的發(fā)行費中拿出十幾元，貼補延年、喬年的生活。汪孟鄒連忙答應：“應該的，應該的，小兄弟倆太可憐了?！贝饲巴裘相u和陳獨秀的老鄉(xiāng)潘贊化受高君曼之托，多次為接濟小兄弟倆的事勸說陳獨秀，都沒有效果，如今陳獨秀總算動了“憐憫之心”，汪孟鄒高興得不得了，連稱高君曼“堪稱女中豪杰”。

1917年元月中旬，陳獨秀攜高君曼及一雙兒女入京，住在北京箭桿胡同9號。不料，陳獨秀出任北大文科學長后，在校內引起一場軒然大波，一些頑固守舊勢力對陳獨秀充滿敵意，章太炎弟子黃侃、馬裕藻等人對陳獨秀更是冷嘲熱諷，說他：“只不過能寫些筆記性文章，沒有獲得任何學位，竟來北大任文科學長，真是笑話。”

這些人都在《新青年》抨擊范圍內，認為陳獨秀打倒孔家店、提倡白話文的主張實屬“叛逆”，不屑與之為伍，更不愿在他手下任教。好在蔡元培對陳獨秀表示絕對的信任，力排眾議，將文科人事、行政全權交由陳獨秀負責，使陳獨秀用實際行動堵住了頑固守舊派的嘴，得以在北大立足。

陳獨秀結合蔡元培“兼容并包”、“思想自由”等辦學方針，對北大文科進行整頓改革。同時受蔡元培之命，邀請尚在美國即將畢業(yè)歸來的胡適到北大任教，還聘請了李大釗、劉半農(nóng)等新文化運動提倡者加入北大文科教授行列。這些人不僅成為陳獨秀整頓北大文科的主力，也成為《新青年》的骨干力量。陳獨秀在北大立足之后，隨即將《新青年》編輯部搬到北京。

此時，胡適應陳獨秀約稿，從美國寄回一篇《文學改良芻議》，刊登于《新青年》第2卷第5號，胡適在文章中主張以白話文代替文言文，被視為“文學革命發(fā)難信號”。陳獨秀對這篇文章欣賞之余，覺得不夠深刻，又在《新青年》第2卷第6號發(fā)表《文學革命論》，呼應胡適，提出“三大主義”：即“推倒雕琢的、阿諛的貴族文學，建設平易的、抒情的國民文學”；“推倒陳腐的、鋪張的古典文學，建設新鮮的、立誠的寫實文學”；“推倒迂晦的、艱澀的山林文學，建設明瞭的、通俗的社會文學”，將反封建的內容同反文言文的形式相結合，將胡適的“文學改良”發(fā)展成一場聲勢浩大的“文學革命”。