在西南聯(lián)大的學生眼中，吳宓是“最有意思、最可愛、最可敬/最生動、最富于感染力和潛移默化力量”的一位教授，吳宓開設(shè)的課程是最為“叫座”的課程之一，吳宓的課堂也成了最為“叫座”的課堂之一。

1937年盧溝橋事變后，抗戰(zhàn)全面爆發(fā)，清華奉命南遷。時任清華教授的吳宓和其他清華師生一起離開北京，一路南行。于1938年3月抵達昆明后，吳宓就任西南聯(lián)大外文系主任，主講授“世界文學史”“新人文主義”“文學與人生”和“中西詩之比較”等課程，同時兼任“雪萊研究”“西方文學批評”和“比較文學”等研究生課程。

吳宓學貫中西，受歐美文學影響頗深，又精通多種外語，再加上他的詩人身份和嚴謹認真的學人風范，講課自然生動、豐富，深受學生敬重。吳宓在西南聯(lián)大講授“歐洲文學史”時，常把自己對歐洲文學的研究成果和獨到見解引入課堂，每次上課，書里都夾滿寫得密密麻麻的紙條。講課時，一路娓娓道來，課堂精彩紛呈。在涉及許多文學史典故，或者是作家的生卒年代時，記憶力超群的吳宓總能脫口而出，且毫無差錯，讓學生大為驚訝。那時，吳宓的“歐洲文學史”課成為當時西南聯(lián)大文學院最為“叫座”的課程之一，每堂課上教室里都人滿為患。

吳宓一生治學嚴謹，教學一絲不茍，在西南聯(lián)大學生中印象深刻。在學生眼中，吳宓從不缺課，也不曾早退，每堂課前必提前十分鐘到教室，擦凈黑板，做好課前準備。講課時內(nèi)容充實，條理清晰，從無廢話。授課中每遇學生提問，則有問必答，且態(tài)度熱情，解答時循循善誘，對學生多有啟發(fā)。吳宓在批改學生作業(yè)時更是認真細致，每逢佳句和精彩的地方必加以圈點，并寫出具體的評語。在給學生修改文章時，常用毛筆蘸紅墨水書寫，字跡工整，每涂改一字，必涂滿格，以免被人誤認，其治學之嚴謹可見一斑。

在西南聯(lián)大，吳宓再次推動了《紅樓夢》研究熱潮。作為中國《紅樓夢》研究的開拓者之一，吳宓對《紅樓夢》研究頗深，飲譽中外。大約在1940年至1942年間，陳銓教授在西南聯(lián)大做了一次《叔本華與紅樓夢》的學術(shù)演講，反響極為熱烈，正在從事“紅樓夢研究”的吳宓推波助瀾，使紅學迅速遍及西南聯(lián)大。吳宓紅學講座往往不像是演講，更像是在演出，常使觀眾沉醉其中，屏息凝神，如癡如醉。有次講演紅學，吳宓一人竟然分飾林黛玉、王熙鳳、薛寶釵和賈寶玉四人，且演得活靈活現(xiàn)，惟妙惟肖，令觀眾感佩不已。因深研紅樓，入書太深，吳宓不免受書中人物影響，有時竟在日常生活中興之所至，不免以書中人物自許，做出許多讓人大感訝異的事來。汪曾祺曾回憶說，吳宓在講《紅樓夢》時，對女學生關(guān)懷有加，見有女學生站著聽他講課，他便立刻停止講課，匆匆跑出教室，眾人不解，稍后，則見吳宓抱著凳子來到女生身邊——原來是去替女生找凳子。吳宓還經(jīng)常把自己比做《紅樓夢》中的賈寶玉，毫無忌諱地在課堂上公開宣稱：“女兒是水做的骨肉，男兒是泥做的骨肉，我見了女兒便清爽，見了男人便覺濁臭逼人?！?/p>

吳宓對自己的學術(shù)研究幾近虔誠，不容他人玷污。在西南聯(lián)大任教時，吳宓偶然聽人說起昆明街頭一家小飯館開張，飯館老板擬取名為“瀟湘館”。這本是生意人的攬客伎倆，可吳宓聽說后極為震怒，認為一個小小飯館竟然取名為“瀟湘館”，這分明就是對紅樓人物林黛玉的褻瀆，因為林黛玉在大觀園的住處就叫“瀟湘館”。于是，吳宓提著手杖前去勸說飯館老板不得妄用“瀟湘館”一名，孰料老板不聽，氣憤至極的吳宓不顧一切，舉起手杖一頓亂砸。礙于吳宓的社會聲望，飯館老板也不敢過于造次，只得忍氣吞聲，把“瀟湘館”改成“瀟湘食堂”，吳宓方才氣消。吳宓對紅學的癡迷在西南聯(lián)大成為一時佳話，眾多師生記憶深刻，甚至在若干年后還感佩不已。