蔡元培用人依舊是只看能力，不重出身，梁漱溟當時只有24歲，蔡元培讀了梁漱溟的一篇文章，便邀請梁漱溟來北京大學講印度哲學。

思想自由，兼容并包

蔡元培一向提倡學術自由，即使每一科的教員持有不同主張，只要“言之成理，持之有故”，蔡元培都允許他們并存，這樣學生才有更多的選擇余地。

在北大，胡適等人提倡白話文，而劉申書等人維護文言文。蔡元培既承認白話文在應用上很方便，日后勢必盛行，又不完全否認文言文。蔡元培拿寫字作比喻：“我們寫字，為應用起見，自然要寫行楷，若用篆隸寫藥方，當然不可；若是為人寫斗方或屏聯(lián)，作裝飾品，既寫篆隸章草，有何不可？”

在1918年的《北京大學月刊》發(fā)刊詞中，蔡元培第一次提出了“思想自由，兼容并包”。他把大學比作人的身體，人體器官分左右，骨肉有剛有柔，看似相反，實際相輔相成。蔡元培說：“各國大學，哲學之唯心與唯物論，文學、美術之理想派與寫實派，計學之干涉論與放任論，倫理學之動機論與功利論，宇宙論之樂天觀與厭世觀，常樊然并峙于其中，此思想自由之通則，而大學所以為之大也?！?/p>

“思想自由，兼容并包”成了北京大學的校訓與辦學方針，也正是基于這一點，我們可以看到當時的北京大學有以陳獨秀、魯迅、劉半農(nóng)、胡適、李大釗等提倡新文化運動的新派人物，也有辜鴻銘、黃侃、劉師培等學術成績斐然的舊派學者。

教師之間講課針鋒相對成了北京大學常見的現(xiàn)象，學術與真理在這種唇槍舌劍的交鋒中自由前行。中國向來沒有思想自由的傳統(tǒng)，蔡元培卻偏偏要引進在國外大學盛行已久的自由之風，大有開先河之意。北京大學后來成為了新文化運動中心，與蔡元培的自由理念是分不開的。

北大的自由不僅體現(xiàn)在思想上，學生聽課也很自由。

北京大學的課程不僅對本校學生開放，外校人員也一律來者不拒。梁漱溟的課頗為“叫座”，教室常常擠滿了前來聽課的人，其中有一半都不是本校學生，其中有外校學生，甚至社會上的好學之人?！芭月牎背闪吮贝蟮奶攸c，沈從文就在北大旁聽了很多課程，他甚至還冒充北大學生參加過考試，成績及格并且得到了3角5分錢的獎學金。

溝通文理與選科制

蔡元培調整了北大的學科設置，他提出大學為研究學理的機關，要偏重文理科的發(fā)展，并將北京大學的文理科內容逐步充實，同時調整了法科，去掉了工科。

隨著教育實踐的深入，蔡元培發(fā)現(xiàn)文理分科漸漸顯露出弊端，文科中的史學、文學皆與科學有關，若文科學生與理科隔絕，必然流于空疏；理科又與哲學緊密相關，若理科學生與文科隔絕，視哲學為無用，就會陷入機械的世界觀。文理各種科學多有交匯之處，難以分離，蔡元培提出溝通文理的教學辦法，得到了學校的贊同。

蔡元培還效仿歐美，向教育部提案，將大學的“年級制”改為“選科制”，并由北京大學試辦。蔡元培曾在演講中說：“知教育者，與其守成法，毋寧尚自然；與其求劃一，毋寧展個性?！彼匾晫W生的個性，強調個人稟賦的自由發(fā)展，而當時大學實行的年級制，學生必須修滿規(guī)定的年限方可畢業(yè)，學生的教育自由受到了阻礙。

1919年，選科制率先于北大實施，后全國大學爭先效仿。

1922年，教育部也將此制度在大學之中普遍推行，甚至規(guī)模較大的中學也實行了選科制。在教育部推廣選科制之前，蔡元培便說過“新教育必將改年級制為選科制”，一語成真。