就在清華國學院鳳凰涅（般+木）之際，中央研究院史語所超度重生，轉魂出世。1929年6月中旬，在傅斯年主持的所務會議上，正式?jīng)Q定全所分為歷史、語言、考古三個組，通稱一組、二組、三組。主持各組工作的分別是陳寅恪、趙元任、李濟“三大主任”。后又增設第四組——人類學組，由留美的“海龜”吳定良博士擔當主任。這一體制，直到史語所遷往臺灣都未變更。

萬事俱備，只欠東風，歷史語言研究所就要大顯身手了。當三個組的人員各就各位后，傅斯年以獨特的學術眼光和非凡的識見，很快為第一組找到了內閣大庫檔案，指定了漢簡與敦煌材料的研究范圍；為第三組劃定了安陽與洛陽的田野調查。二組的工作也相應地開展起來。

為了消除李濟此前所擔心“口號將止于口號”這一形式主義的疾痼，早在史語所正式成立之初，號稱眼觀六路，耳聽八方的傅斯年就于1928年8月12日，指派時任中山大學副教授、史語所通信員董作賓悄悄趕往安陽小屯殷墟，對甲骨出土地進行調查并收集甲骨了。

董作賓到達安陽后，通過實地調查得知，小屯地下埋藏的有字甲骨，并不像滿清遺老、著名古文字學者羅振玉等此前所說的那樣已被挖盡，他從當?shù)剞r民盜掘甲骨留下的坑痕作出判斷，殷墟規(guī)模龐大，地下遺物十分豐富，且遺址破壞嚴重，有組織的科學發(fā)掘已到了刻不容緩的緊要關頭。調查過后，董作賓向傅斯年寫了書面報告，頗為焦慮地說：“遲之一日，即有一日之損失，是則由國家學術機關以科學方法發(fā)掘之，實為刻不容緩之圖。”[2] 

得知此情，傅斯年驚喜交加，馬上籌措經(jīng)費，購置設備，調配人員，在蔡元培院長的大力支持下，組成了以董作賓為首的殷墟科學發(fā)掘團，其成員有李春昱、趙芝庭、王湘、張錫晉等專業(yè)人員和工作人員，另外還有一名董作賓的同鄉(xiāng)同學，時任河南省教育廳秘書的郭寶鈞。這次以尋找?guī)ё旨坠菫橹饕康挠薪M織的殷墟發(fā)掘，自1928年10月7日開始，至31日結束，前后共進行了24天，發(fā)掘土坑40個，揭露面積280平方米，掘獲石、蚌、龜、玉、銅、陶等器物近3000余件，獲得甲骨854片，其中有字甲骨784片，另有人、豬、羊等骨架出土。董作賓作為本次發(fā)掘的主持人，手抄有字甲骨392片，并做了簡單的考釋，這個成果與他前期的調查報告共同在后來史語所創(chuàng)辦的《安陽發(fā)掘報告》作為首篇文章刊載。如后來李濟所言，此次發(fā)掘與著述的問世，“不僅結束了舊的古物愛好者‘圈椅研究的博古家時代’，更重要的是為有組織的發(fā)掘這著名的廢墟鋪平了道路。”[3]