此時的孔祥熙已不再是當年那個翩翩少年了。自美歸國后，他借天時、地利、人和等三種大勢，在仕途上平步青云，已身居南京國民政府工商部部長要職。當孔氏與滿臉皺紋的麥美德相會后，突然從記憶深處喚醒了自己美好的回憶，可謂別有一番滋味在心頭。當麥美德提出自己赴京的使命時，孔氏真誠地滿口答應。于是，在孔祥熙的直接過問下，1931年12月，南京國民政府教育部批轉山東省教育廳呈文，準予齊魯大學立案，承認其正式的合法地位。功績赫赫的孔祥熙就這樣擔任了該校的名譽校長。

“立案”后的齊魯大學，算是獲得了新的生命。校方抖起精神，以雄厚的美金作后盾，廣泛擴充校舍規(guī)模，聘請儒林名流前來任教，入校學生驟然增多，各系、科和課程設置日臻完備。與此同時，還仿效國內幾所著名大學，成立了以弘揚、研究中國民族文化為主旨的國學研究所，開設鐘鼎文、文字學、音韻學、古代文選、美學、考古等課程。為了與國內其它幾所著名大學的國學研究院（所）抗衡，齊魯大學專門把曾在河南安陽傳教多年的加拿大籍牧師明義士（James Mellon Menzies）調到齊大任教授，讓其在國學研究所從事研究，開講考古學課程。明義士號稱是博學多聞的“中國通”，對中國文化有著癡迷的情結和強烈的占有欲望。他在安陽傳教期間，借中國時局動蕩不安的時機，混水摸魚，常騎一匹老白馬往來于洹水岸邊，在傳經(jīng)布道的幌子下，大量搜求中國古代文物，僅收購、收藏殷墟甲骨就達5萬多片，這些古物大部分被偷運出境，入藏加拿大多倫多皇家博物館專為其開設的“明氏收藏專室”。來不及運走的文物，一部分折價賣于齊魯大學國學研究所?？箲?zhàn)軍興，明義士把一部分甲骨偷偷深埋入齊大的住宅底下，秘而不宣。直到抗戰(zhàn)結束，經(jīng)過幾番周折，這批寶物才重見天日。

1945年8月，日本投降，齊大師生陸續(xù)返校，經(jīng)過整修，學校于當年10月1日正式在濟南復校。1947年上半學期的在校學生為442名，其中文學院105名、理學院123名、醫(yī)學院203名、醫(yī)事檢驗技術專修科11名，教職員工70人。1948年濟南解放前夕，在部分師生的操縱下，齊大曾將部分人員和教學物資南遷，醫(yī)學院被遷往福州。濟南解放后1951年齊大被人民政府接管。1952年9月，隨著全國院校調整，齊魯大學被解體撤銷——神學院和國學研究所撤銷，文理學院所屬系科劃歸青島山東大學（今山東大學）、南京大學和山東師范學院（今山東師范大學），農(nóng)業(yè)?？苿潥w山東農(nóng)學院（今山東農(nóng)業(yè)大學），保留其醫(yī)學院更名為山東醫(yī)學院，校址由山醫(yī)接收，今為山東大學西校區(qū)。聲名顯赫，盛極一時的齊魯大學僅存在了短短的48個春秋便宣告壽終正寢，校園的師生如打散的群鳥，各奔東西，身后留下了一幢幢典雅、古樸、大方，充滿了異國風情的校舍建筑供后人憑吊。