東晉僧人多，這就造成了社會矛盾。林子大了，什么鳥都有。很多人為了逃役而落發(fā)，也有把寺廟當做避風港，犯了罪逃去的。還有少數(shù)不法僧人破戒，破壞出家人形象的。不一而足。

桓玄下山后，就在考慮佛教泛濫的問題。他是從政的，從政治角度考慮，要沙汰僧人。另外也是想樹威，為自己登臺做準備。

這也是自佛教傳來后，中國捏著權柄的人首次提出整頓沙汰僧人，所以影響大。

他和僚屬們討論說：一縣有數(shù)千人出家，這樣下去，既阻礙了社會發(fā)展，污染了民風民俗，又敗壞了佛教形象。他提出了沙汰沙門的原則和辦法：能說經者、經常修習練功者、不和流俗一道者，這些人不在沙汰之列。但是“唯廬山道德所居，不在搜簡之例”。桓玄對慧遠還是尊重的。

消息傳到山上，慧遠神態(tài)嚴肅了。雖說廬山不在搜簡范圍，但他生怕當權者以沙汰為借口，打擊沙門。再說佛教界的問題確實也嚴重，佛門的墮落也對佛教發(fā)展不利。他修書給桓玄，提出自己的看法，對不該沙汰的又增加了幾項。比如修建寺塔、造佛像、供奉舍利者等。據說這次整頓，慧遠保護了不少僧人。其實這樣做，對佛教界也有好處。有些平日不好下手的，也可以借政界下手。

慧遠讓人將信送出后，立馬著手對廬山內部的僧尼進行整頓，擬定了若干節(jié)度僧尼的規(guī)定，并為之作序推行，如：《法社節(jié)度序》、《外寺僧節(jié)度序》等。

這天，弟弟慧持來告辭，說要到成都一帶傳揚教化，峨眉山水好，也好弘教?；圻h有些不舍，慧持也很悲傷，但還是堅持要走。

后來慧持到了成都，和當?shù)卮淌方缓?。有一年，蜀郡內亂，慧持避亂到鄲縣。有個叫道福的，很兇殘，帶兵來到鄲縣，到處殺人。道福來到寺中，眾僧人很害怕，紛紛逃跑了。慧持在房中盥洗，神色安詳。道福來到慧持身邊，慧持彈指灑水，淡然自若，道福愧悔而汗流滿面，灰溜溜地走了。出了寺門之后，道福對手下人說：“道德高尚的人就是與眾人不—樣。”公元412年，慧持卒于成都龍淵寺中，終年76歲。消息傳到廬山，慧遠自是悲痛不已。