清末10年，商務印書館完成了從印刷工場到出版巨子的蛻變，確定了其在出版業(yè)的地位，并且成為晚清以來，普及、傳播新知新學的文化重鎮(zhèn)。到1910年，商務印書館已是晚清僅有的15家資產(chǎn)超過百萬元的企業(yè)之一。商務在張元濟的手中實實在在地推動了中國文明的進步。但是隨著民國的到來，商務印書館開始面臨競爭。

在教科書出版領域，商務面臨著中華書局的挑戰(zhàn)。經(jīng)過多年發(fā)展，商務在教科書方面本是一家獨大，但民國成立后，商務印書館所編的教材顯得不合時宜，而后起之秀中華書局所編教材的內(nèi)容恰恰符合民國政府的需要，這對商務印書館造成了沖擊。不過好在商務的核心人物張元濟、夏瑞芳、鮑咸恩等人都曾到海外考察過，能接受新事物，也能轉換思想，所以在教科書不占優(yōu)勢的情況下，迅速轉向工具書、文史哲書籍、地圖、數(shù)學書籍等方面，商務的業(yè)內(nèi)老大地位依然難以動搖。

1914年年初，商務印書館出了一件大事。一天傍晚時分，張元濟和夏瑞芳忙完公事，從發(fā)行所下樓準備回家。張有事回到樓上，夏瑞芳便自行登車要離去，沒料到一名刺客突然沖向夏瑞芳開槍，夏當即倒地，送到醫(yī)院后不治身亡。

夏瑞芳的去世，對商務是個重大損失，張元濟由此不得不把更多精力花在商務的管理方面。在他的主持下，商務印書館開始系統(tǒng)出版善本古籍。這是商務歷史上的一個重大變化，這意味著張元濟不但重視西學的傳播，也同樣重視中國文化的傳承和發(fā)揚。在當時民國新成立，政局還不大穩(wěn)定的情況下，張元濟著手做古典文獻的整理出版，是需要相當勇氣的。

其實，張元濟收集圖書的歷史可以追溯到更早。1909年商務印書館的涵芬樓圖書館建成前，張元濟就通過蔡元培的介紹，收了徐友蘭的熔經(jīng)鑄史齋藏書。雖然張藏書不為個人，但久而久之，也獲得了藏書家和版本學家的美名。張元濟曾說：“吾輩生當斯世，他事無可為，惟保存吾國數(shù)千年之文明，不至因時事而失墜，此為應盡之責。能使古書流傳一部，即于保存上多一份效力。吾輩炳燭余光，能有幾時，不能不努力為之也?！?/p>

張元濟對古籍的珍愛還和他的歐洲之行有關。1910年，張元濟來到法國國家圖書館的時候，正值敦煌典籍被盜兩年。他向圖書館的負責人要求查閱他們收藏的敦煌典籍。在一間密室里，他見到了流失國外的古老文獻。他想仔細觀看，并抄下目錄，以便以后再來翻拍、影印，但是沒能如愿。

雖然張元濟沒能抄印敦煌典籍，但他卻是第一個在海外尋訪被劫典籍的中國人。尋訪幾近湮滅的古籍成為他畢生最重要的一項工作，尋書、藏書、編書、出書，他把這看做為這個災難頻仍的民族續(xù)命的大事業(yè)。

隨著熔經(jīng)鑄史齋五十多櫥的圖書入藏，涵芬樓成立。涵芬樓是張元濟專為儲藏古籍所建的書室。