二月十五日以后，漫長的陰雨天總算結(jié)束，沉寂多時(shí)的戰(zhàn)場，再次炮火連天。程學(xué)啟每天都在最前線，白天奔馳于各營督戰(zhàn)，夜晚則在露天炮臺(tái)上坐到天明，目不交睫，如醉如狂。李鴻章奏報(bào)：“十五日后，天色晴霽，炮具完備，程學(xué)啟仍督隊(duì)晝夜轟打，以期速拔堅(jiān)城。提督銜記名總兵何安泰，系程學(xué)啟所部最為出色之將，謀勇兼裕，因爬城過猛，中槍殞命，實(shí)堪悼惜。該總兵紀(jì)律嚴(yán)明，愛民恤士，陣亡之日，勇丁痛哭，恨不身代，靈輿所過，百姓?qǐng)?zhí)香泣送者數(shù)十里?！?/p>

程學(xué)啟剛剛送走他的愛將，幾天后，便輪到他自己了。

十六日開始，淮軍連續(xù)三天強(qiáng)攻嘉興城。李鴻章描述戰(zhàn)況甚詳：“自十六日起，滾營扎逼北門城根，護(hù)設(shè)開花大炮，猛攻三晝夜，轟坍城垣百數(shù)十丈，我軍搶搭浮橋，城頭悍賊拼死堵?lián)簦甘?、槍炮、藥桶、噴筒迸落如雨。程學(xué)啟懸重賞購死士數(shù)百爬城，四次不得。上至十八日申正二刻，程學(xué)啟親率勇士大呼殺入，眾隊(duì)繼進(jìn)，城上逆尸枕藉，猶有悍賊二三千人，以洋槍排抵缺口，程學(xué)啟肉薄以登，致被槍子打中左太陽偏后，深六七分，長一寸余，登時(shí)暈倒?！?/p>

淮軍見主帥身先士卒重傷，紛紛從廢墟中一躍而起，奮勇爭先，經(jīng)過一番惡戰(zhàn)，終于將嘉興收復(fù)。挺王劉得功戰(zhàn)死，榮王廖發(fā)受被擒，梟首示眾。

程學(xué)啟被急送到蘇州搶救。李鴻章趕到病榻前探視，心痛不已。程學(xué)啟雖然氣息未絕，但“語言蹇澀，神色昏迷，伏枕流涕，但以殺賊未盡為恨”。經(jīng)過調(diào)養(yǎng)，傷勢(shì)本來已漸漸好轉(zhuǎn)，但有一些碎骨卡在喉間，醫(yī)生說暫時(shí)無法取出。一日程學(xué)啟發(fā)起怒來，自己用手挖碎骨，結(jié)果傷及咽喉，連續(xù)六日水不能咽。據(jù)身邊的人說，當(dāng)他處于半昏迷時(shí)，曾喃喃囈語“君亦降人也”。

程學(xué)啟是最早學(xué)習(xí)洋槍洋炮的將領(lǐng)，謀勇兼?zhèn)?。他與戈登的關(guān)系，在蘇州殺降之前，一度親密如兄弟。戈登稱程學(xué)啟是“滿清官員中最好的一位”，甚至準(zhǔn)備把常勝軍的指揮權(quán)交給程學(xué)啟。后來盡管殺降事件令他們的關(guān)系蒙上陰影，但戈登對(duì)程學(xué)啟的作戰(zhàn)能力還是相當(dāng)肯定，并認(rèn)為程學(xué)啟是改革中國軍隊(duì)的最佳人??

李鴻章寫信給郭嵩燾，悲哀地說：“失此良將，左臂頓折，從此不敢輕議征伐矣！”他給曾國荃的信，寫得更是沉痛感人：“程方忠軍門于初十日子刻仙逝。此公用兵方略，為十余年來罕有之將，公以贈(zèng)我而無完璧歸公，徒深痛惜。渠欲俟嘉、常復(fù)后，一往金陵圖報(bào)大德，所志不遂，赍恨何窮??戈登聽到程學(xué)啟的死訊后，竟痛哭失聲，特意向李鴻章要了程學(xué)啟打仗時(shí)隨身帶的兩面軍旗，作為留念。

三月二十一日，李鴻章上折為程學(xué)啟請(qǐng)恤，詔旨追贈(zèng)為太子太保，入祀昭忠祠，宣付國史館立傳，又加三等輕騎車都尉世職，予謚忠烈。