太平軍李世賢部在進(jìn)取贛北、皖南失敗后，轉(zhuǎn)而向防衛(wèi)力量薄弱的浙江挺進(jìn)，連克浙西、浙北和中部許多名城重鎮(zhèn)。隨后由李秀成統(tǒng)帥號(hào)稱70萬(wàn)人的大軍，也由江西進(jìn)入浙江，決定集中力量經(jīng)營(yíng)東南。十一月二十八日，李秀成率各路太平軍一舉攻破浙江省城杭州。清廷浙江巡撫王有齡自縊而死。太平軍圍攻杭州的消息傳到北京，刑部高延佑等即上奏清廷，稱浙江巡撫王有齡等在太平軍進(jìn)攻下一籌莫展，應(yīng)改任左宗棠為浙江巡撫，則浙江可保。王有齡和杭州將軍瑞昌也自知無(wú)力挽回局勢(shì)，也曾主動(dòng)奏請(qǐng)左宗棠督辦軍務(wù)，代駱秉章為湖南巡撫的毛鴻賓等隨同呼吁，認(rèn)為只是統(tǒng)帶兵勇不能盡左宗棠之才，應(yīng)該授以封疆重任。曾國(guó)藩于是密奏清廷，稱王有齡于浙撫一職實(shí)難勝任，建議改任左宗棠撫浙。咸豐十一年十二月十四日（1862年1月23日），清廷根據(jù)曾國(guó)藩保薦，任命左宗棠為浙江巡撫，自此，左宗棠進(jìn)入上層統(tǒng)治集團(tuán)。

左宗棠立即向清廷上奏疏，分析國(guó)內(nèi)戰(zhàn)爭(zhēng)形勢(shì)，提出了征剿太平軍的戰(zhàn)略計(jì)劃：

浙江全省自金華、嚴(yán)州、處州失寧，紹興、寧波、臺(tái)州相繼淪陷，局勢(shì)全非。自江西入浙之道，遍地賊氛，勢(shì)非節(jié)節(jié)攻剿，不能深入。節(jié)節(jié)攻剿，又恐曠日持久，餉竭兵疲，先已自困，勢(shì)非蹈虛乘瑕，誘賊野戰(zhàn)不可。以東南大局見在言之，湖北江西一律肅清，皖北逆氛漸熄，群賊悉萃江浙二省。如各路統(tǒng)兵諸臣聲勢(shì)聯(lián)絡(luò)，力保完善之區(qū)，以規(guī)進(jìn)取，從此漸逼漸進(jìn)，庶可作士氣而掃賊氛，利戎機(jī)而速勘定。以江浙見在局勢(shì)言之，皖南守徽池以攻寧國(guó)、廣德，浙江守衢州以規(guī)嚴(yán)州，閩軍嚴(yán)遏其由浙竄閩以繞犯江西之路，然后餉道疏通，米糧軍火接濟(jì)無(wú)誤，諸路互相知照，一意進(jìn)取，得尺則尺，雖程功迂遠(yuǎn)，實(shí)效可期。此定之局也。

太平軍攻克杭州后，清廷十分震驚。當(dāng)時(shí)浙東、浙西、浙北，除衢州尚有清軍盤踞外，主要府縣均為太平軍李世賢、汪海洋等部所據(jù)有。曾國(guó)藩在上清廷的奏疏中分析浙江局勢(shì)，認(rèn)為“全浙唯衢州一府可以圖存”。于是清廷諭令左宗棠速入衢州，以圖金華、嚴(yán)州兩府，再圖收復(fù)全浙。左宗棠上奏疏，表白了自己不同意首先增援衢州的見解：

臣前奉諭旨辦浙江軍務(wù)，甫三日即接徽防將楊輔清犯徽之稟。臣深恐徽婺疏虞，則江西饒廣腹地，防不勝防，而衢州又成孤注。不得已派馬步三千交劉典，為固婺援徽之計(jì)。擬此軍由徽入浙，臣由玉山入浙。旋賊眾數(shù)萬(wàn)，已由遂安踞開化，逼婺東，與徽郡城相首尾，其勢(shì)又出官軍之后。頻年?yáng)|南賊蹤，每遇堅(jiān)城，必取遠(yuǎn)勢(shì)包圍，待自困而后陷之。辦賊之法，必避長(zhǎng)圍，防后路，先為自固之計(jì)，乃可以制賊而不為賊所制。臣若先入衢州，無(wú)論不能固江皖邊圉，亦且不能壯衢州聲援，一墮逆賊長(zhǎng)圍詭謀，又成糧盡援絕之局。故決計(jì)由婺入浙，先攻開化，以清徽郡后路，分軍由白沙關(guān)扼華埠，收遂安，俾饒廣西郡相庇以安，然后由遂安以援衢州，目前固不能舍衢前進(jìn)也……

左宗棠在上述兩個(gè)奏疏中提出了他“收復(fù)”浙江的戰(zhàn)略觀點(diǎn)。

第一，鑒于太平軍已占領(lǐng)浙江絕大部分地區(qū)，而左軍人數(shù)又少，因此必須采取“蹈虛乘瑕，誘賊野戰(zhàn)”的戰(zhàn)術(shù)，如果以較少的兵力節(jié)節(jié)攻剿，或打攻堅(jiān)消耗戰(zhàn)，都將無(wú)法達(dá)到預(yù)期作戰(zhàn)目的。

第二，由于太平軍經(jīng)常采取遠(yuǎn)勢(shì)包圍、截其后路的戰(zhàn)術(shù)，左軍進(jìn)取浙江時(shí)要特別注意“避長(zhǎng)圍、防后路”，只有先自固，然后才能在戰(zhàn)場(chǎng)上爭(zhēng)取主動(dòng)，即制太平軍而不能為太平軍所制?；谶@一點(diǎn)，他非常注意自己野戰(zhàn)兵力的運(yùn)用，以期適時(shí)捕捉戰(zhàn)機(jī)，在運(yùn)動(dòng)戰(zhàn)中殲滅太平軍主力，而決不可貪攻城奪地之利，以陷太平軍的包圍之中。

后期左宗棠在浙江對(duì)太平軍的征剿，基本上都是上述思想的引申。只是因?yàn)榍逭饾u增加了他統(tǒng)率的兵力，才使他可以有足夠的力量鞏固其所占地區(qū)，免去了后顧之憂，才在余杭、富陽(yáng)等城打了些攻堅(jiān)戰(zhàn)。