黃道周果然毫無懸念地兵敗被俘，押解至南京。清廷敬重黃道周博學(xué)忠義，派先前已降清的洪承疇勸降，黃道周對(duì)洪十分鄙視，作對(duì)聯(lián)譏刺之：“史筆流芳，雖未成功終可法；洪恩浩蕩，不能報(bào)國反成仇?！甭?lián)中將史可法與洪承疇對(duì)比，洪承疇觀之羞愧至極。仍然向清廷上疏請(qǐng)求免黃道周死刑，其時(shí)氣勢(shì)正盛的清廷也很高傲，不準(zhǔn)。黃道周絕食十?dāng)?shù)日求死。這中間，他的妻子蔡玉卿來信，居然鼓勵(lì)丈夫死：“忠臣有國無家，勿內(nèi)顧?！币馑际羌依锏氖掠形野才帕侠?，你不用操心，以堅(jiān)其志。

黃道周于南明隆武二年（1646）三月五日就義。臨刑前，盥洗更衣，取紙墨，畫一幅長松怪石贈(zèng)人，留遺言：“蹈仁不死，履險(xiǎn)若夷；有隕自天，舍命不渝?！奔磳⑿行蹋恢备S他的老仆痛哭不已，其情甚哀，黃道周安慰老仆說：“吾為正義而死，是為考終，汝何哀？”乃從容就刑。至東華門刑場(chǎng)，黃道周向南再拜，撕裂衣服，咬破手指，血書：“綱常萬古，節(jié)義千秋；天地知我，家人無憂?！贝蠛簦骸疤煜仑M有畏死黃道周哉？”

劊子手刀落，黃道周頭斷而身猶“兀立不仆”。斂其尸，從他的衣服里發(fā)現(xiàn)“大明孤臣黃道周”七個(gè)大字。

黃道周死后，家人收其遺物，得一小冊(cè)，黃道周書，“自謂終于丙戌，年六十二”。可見他是知道自己生死之命的。他既知自己生死，亦知明朝生死，其所舍身奮力扛持，無非是完成士大夫的氣節(jié)，將自己作為一塊千古戇頭，鋪墊在歷史的軌道下面。

一百年后，清朝乾隆皇帝為褒揚(yáng)黃道周忠節(jié)，謚“忠端”，乾隆帝稱贊黃道周：“不愧一代完人”。清道光四年（1824），旨準(zhǔn)黃道周從祀孔廟——清朝已經(jīng)不是一百多年前那種鐵血?dú)⒙镜尿姾烦鮿?chuàng)階段了，當(dāng)它步履從容，有了實(shí)力和底氣的時(shí)候，胸懷和眼光使它主動(dòng)地回顧歷史，涵養(yǎng)并容納如黃道周這樣的氣節(jié)之士，這才是一個(gè)王朝最強(qiáng)健的基因。王朝需要這種浩然之氣充塞于天地之間，這不僅是自己的體面，更是自己賴以生存和延續(xù)的正能量反應(yīng)堆。

應(yīng)特別補(bǔ)充的是，黃道周的遺孀蔡玉卿，于黃道周死后，每日以書寫《孝經(jīng)》，緬懷其夫。今日存世有黃道周書《孝經(jīng)》真跡，亦有蔡氏書《孝經(jīng)》真跡。世人無不愛賞其書法，而欲詳問其人其事，則今人鮮知矣。