除了對原罪的定義，對原罪的處理同樣成為焦點，主要分為三派：

一派為大赦派，以經濟學家張維迎為代表。張維迎表示，“政府是不是可以考慮實行一個稅收特免政策，也就是說從現在開始，過去的事既往不咎，因為過去的事很多是由歷史條件造成的，如果我們想要所有的企業(yè)都按照單純的稅率交稅的話，沒有幾個企業(yè)可以生存下來，所以能不能從現在開始，再有任何人敢偷稅漏稅就更加嚴厲地懲罰，這樣企業(yè)家就能夠放下思想包袱，從現在開始，大膽地為國家做貢獻，為國家納稅。中國的企業(yè)家是愿意交稅的，我們應該找到一個雙贏的辦法?！?/p>

一派為清算派。認為民營企業(yè)家的確有原罪，而且要徹底清算，沒收他們的財產。

一派為折中派。折中派既不贊成大赦，也不認同清算，認為應以證據為標準，如果證據確鑿就追究。

到底什么是民營企業(yè)的原罪，以及如何處理原罪，民間與學術界爭得面紅耳赤，官方倒表現得干脆利落。2004年1月，河北省委、省政府批轉了省委政法委《關于政法機關為完善社會主義市場經濟體制創(chuàng)造良好環(huán)境的決定》（以下簡稱《決定》），稱為民營企業(yè)經營者營造寬松的發(fā)展空間。對民營企業(yè)經營者創(chuàng)業(yè)初期的犯罪行為，已超過追訴時效的，司法部門不得啟動刑事追訴程序。該文件提出民營企業(yè)經營者創(chuàng)業(yè)初期的犯罪行為，超過追訴時效的，司法機關不得啟動刑事追訴程序。在追訴期內的，要綜合考慮犯罪性質、情節(jié)、后果、悔罪表現和所在企業(yè)當前的經營狀況及發(fā)展趨勢，依法減輕、免除處罰或判處緩刑。

然而，隨著宏觀調控的開始，媒體很快扭轉風向，把焦點指向宏觀調控政策以及產權改革，明星經濟學家郎咸平再次成為爭論的關鍵人物。

直到2006年年末，又一批重量級富豪落馬：福禧投資控股有限公司董事長張榮坤被捕，廣東順德金冠涂料集團董事局主席周偉彬被刑拘，創(chuàng)維集團前董事局主席黃宏生受審，天發(fā)集團董事長龔家龍因“涉嫌經濟犯罪”被刑拘，新華人壽董事長關國亮因遭調查而辭職，原科龍電器董事長顧雛軍等9名高管刑事訴訟案再次開庭審理……富豪落馬，再次引發(fā)對民營企業(yè)原罪的熱論，這次熱論也被媒體評價為“規(guī)模更大，規(guī)格更高?！?/p>

《中國經濟周刊》對此的評論是，“與2004年的那場大討論相比，這一次的討論主題更明確、層次也更高，如有專家專門著作論原罪的起因與分類以及對構建和諧社會的影響等，政府官員也高調表態(tài)等?！?/p>

2006年11月，中共中央統戰(zhàn)部副部長，全國工商聯黨組書記、第一副主席胡德平接受《南方周末》采訪時提出，“對于清算‘第一桶金’的說法，說得不好，這是在否定改革的巨大成績。”“如果不考慮歷史的環(huán)境條件，一味用法律、用憲法大帽子扣下來，非常嚇人，但不能服人?！?/p>

12月17日，“第六屆重慶民營企業(yè)家年會”上，時任重慶市委書記汪洋指出，“民營經濟創(chuàng)業(yè)初期的‘不規(guī)范’既是其與生俱來的‘胎記’，也正是其生機勃勃的活力所在?！?/p>

12月27日，全國政協副主席、中共中央統戰(zhàn)部部長劉延東表示，“目前社會對‘原罪’問題、‘第一桶金’討論得很多，我在這里也給大家吃一個定心丸，中央（發(fā)展非公經濟的政策）絕對不會變化的。這個決心是堅定的?！薄拔覀冞€是主張不爭論，還是用實踐和歷史來回答?！?/p>

民營經濟的原罪到底是誰之過，無論是將其歸咎為民營經濟本身還是當時不完善的制度，恐怕都有失偏頗。

民營經濟的參與者在很長時間內都社會聲譽不佳，民營經濟參與者經營與管理的不規(guī)范，甚至有違反法律的行為，成為導致他們社會聲譽不佳的主要根源。

部分民營企業(yè)家獲取財富的方式飽受質疑。民營企業(yè)出生便面臨著殘酷的生存考驗。奔走于產業(yè)中下游的民營企業(yè)家中，不免有人利用關系，利用掌握的資源，利用改革開放政治體制上暫時的盲點，為生存鋌而走險，鬼神之道來者不拒，把國有財產據為己有、打制度擦邊球，甚至突破政策與法律的底線。部分民營企業(yè)一開始就有了原罪。承認某階段某群人的過錯，是我們對待歷史應有的客觀態(tài)度，“前事不忘后事之師”，這是一種勇敢的進步。

如果把原罪這頂帽子扣在所有民營企業(yè)家的頭上，也是片面而缺乏公正的。由于民營企業(yè)的原罪是歷史問題，歷史已不可逆轉，對待原罪較為理性的態(tài)度是社會對原罪的適度寬容。

對原罪定義乃至討論它的外延不是最終目的，如何對待原罪才是最重要的經濟和法律命題。在制度大變革的背景下，民營企業(yè)家會在灰色的空間中游走。所以，如果是歷史、制度的原因，再加上企業(yè)家當時的盲目沖動與“群體性經營幼稚”造成的結果，最后只讓民營企業(yè)家來埋單，未免太過殘酷；所以，如果以某些群體作為徹底的負面樣板，試圖“趕盡殺絕”，是社會集體理性思考能力的怠惰與市場經濟的不幸。因此，原罪是歷史，贖罪才是現世。更何況，那些因為不抵市場風險而悄然隕落的經濟先烈們，一樣打上原罪的烙印，并沒有人追究他們的罪過，但卻非要讓這些頂著財富光環(huán)的幸存者鋃鐺入獄，一樣是不公平的。不妨讓這些有“達則兼濟天下”能力的人，將功贖罪。在不損害企業(yè)家精神與市場化動力的條件下，用非暴力的方式，給企業(yè)家贖罪的機會，洗去罪責才最現實與最迫切的。

如果非要對民營企業(yè)的原罪窮追不舍，那么，就只能陷入“原罪不止，懲罰不息”的漫長而廣泛的“原罪大清洗運動”中。到那時，倒下的不止是一批人，還有一大批企業(yè)，甚至整個行業(yè)。給這些戴著原罪帽子的企業(yè)家以機會贖罪，也是給整個民營經濟的發(fā)展以機會。