另外一種知識依賴“理解力”。所謂理解力，就來自對于現(xiàn)實事物的觀察、試驗和歸納，它不能依賴頭腦的“冒測”，不能依賴“信心”，而是依賴現(xiàn)實中手的勞作、眼睛的觀察，只有當頭腦被手的勞作所證實，當事實糾正了“人心的冒測”時，真正的知識才能形成。這種真正的知識，就是科學。

培根指出，神學和經院哲學長于語言論辯，這是因為：語言乃是建立在抽象的邏輯和范疇之上的結構，而抽象的邏輯和范疇之間的聯(lián)系與轉變，依賴的只能是想象力，比如說，我們在現(xiàn)實中面對的是千姿百態(tài)、各式各樣的樹，但是“樹”這個概念是現(xiàn)實中根本不存在的，要理解“樹”這個概念，我們只能依賴想象力。而培根指出：妄圖用“現(xiàn)實中根本就不存在”的東西去解釋現(xiàn)實，這本身就是虛妄。

因此，培根對于經院哲學的批判不是與之辯論，而是指出“想象力”與“理解力”是不同的，即人們在頭腦中“想象”一個事物，與在現(xiàn)實中通過試驗和觀察“理解”一個事物是完全不同的。培根把經院哲學的思維方式稱為“人心的冒測”，簡單地說就是“獨斷論”；他把自己確立的新的認識方式稱為“對自然的解釋”。培根認為，前者僅僅是在辯論中征服論敵而已，并不是在行動中征服自然。培根表示，對于“真理”，應該求助于“自然和經驗的光亮”，必須誓絕那些無謂的“黨爭”，而經院哲學和神學一樣，無非是靠動員人的聯(lián)想和想象去制造一個幻想的世界，因此，它必然是幻覺的、浮夸的和半詩意的：

迷信以及神學之糅入哲學，這對哲學的敗壞作用則遠更廣泛，而且有著最大的危害，不論對于整個體系或者對于體系的各個部分都是一樣。因為人類理解力之易為想象的勢力所侵襲正不亞于其易為普通概念的勢力所侵襲。那類好爭的、詭辯的哲學是用陷阱來困縛理解力；而這類哲學，由于它是幻想的、浮夸的和半詩意的，則是多以諂媚來把理解力引入迷途。

在培根看來，文藝復興也是從基督教中脫胎出來的，“人文學者”身上還帶著教士的影子，他們爭來爭去，爭的無非還是些抽象的概念：

大家都知道，自從基督教取得信仰，力量強大以來，絕大多數(shù)的才智之輩都投身于神學去了；最高的報酬都施于這個事業(yè)，各種各樣的幫助也都極其豐富地提供給這個事業(yè)；這種對于神學的專注主要地占據了屬于我們西歐人士的那歷史的第三階段或時期培根把西方的“學術革命”分為三個歷史時期，即古希臘時期、古羅馬時期和他所處的文藝復興時期。這里說的“第三階段或時期”指當時的文藝復興時期。；而就在此時文獻亦正開始興盛，宗教的爭論也正開始興起，這就又加強了這種情況。

為什么神學和經院哲學有礙于人類理解力的發(fā)展？這就是因為它們把知識活動束縛在人的頭腦之中，它們依賴的工具是不可靠的想象、聯(lián)想和幻想，它們限制著人類的觀察能力，而對經驗的鄙視則阻礙了對自然的探索和了解：

人們認為，若與那種局于感官、限于物質的一些實驗和特殊的東西保持長久而密切的接觸，就有損于人心的尊嚴；特別是因為那些東西要搜求是費力的，要沉思是不值的，要講述是粗俗討厭的，要實踐是不夠曠放的，而其數(shù)目又是無限，其精微處又是過于纖細。這樣，對于經驗，且不說是予以放棄或處理不善，乃竟是以鄙視的態(tài)度而加以排斥；因而最后就走到了這樣一種地步：真正的道路不只是被放棄了，而竟是被鎖斷和堵絕了。